Комиссия по перемирию уже в конце марта 1918 г. считала крайне желательной посылку в Одессу «Гебена», появление которого быстро навело бы порядок; в дальнейшем «Гебен» явился бы прикрытием наступления армии на Севастополь. Однако 25 марта Морской генеральный штаб в Берлине принял решение, что единственный в этот момент боеспособный корабль турецкого флота может быть использован только в самой критической обстановке. В середине апреля армия начала наступление на Севастополь. Предполагалось обезвредить русский Черноморский флот, захватить предполагавшиеся в главном военном порту богатые запасы и использовать их для военных целей на родине. Согласно Брест-Литовскому мирному договору русские военные корабли надлежало разоружить. Это условие до сих пор не было выполнено. На германской стороне подозревали, что русский флот со всеми исправными военными и торговыми кораблями отправится в Новороссийск. Чтобы помешать этому намерению, Ребейр-Пашвиц сообщил Морскому генеральному штабу в Берлине, что он намерен с «Гебеном» и «Гамидие» крейсировать перед Севастополеми и рассматривать все выходящие оттуда корабли в качестве неприятельских.

30 апреля оба корабля вышли в море и в ночь на 1 мая заняли позицию перед Севастополем. Саблин намеревался остаться со всем флотом в Севастополе и там разоружить корабли, если германский командующий разрешит поднять украинский флаг, показывающий переход флота к дружественной германцам Украинской республике. Депутация, посланная с этим предложением к генералу Кошу в Симферополь, вероятно, по недоразумению не была принята. В связи с этим Саблин, с его точки зрения вполне справедливо, заподозрил немцев в намерении напасть и захватить флот силой, и когда 30 апреля на Северной стороне в Севастополе показались первые германские войска, он вышел в море с обоими дредноутами, 15 современными эскадренными миноносцами и 10 пароходами и направился под высоким крымским берегом в Новороссийск. Он не отвечал на безрезультатный огонь некоторых германских полевых батарей.

Вследствие того, что «Гебен» еще не пришел в Севастополь, русский флот беспрепятственно прибыл на следующий день в Новороссийск. 1 мая в 15 ч Севастополь был занят германскими войсками без боя. Ввиду того что не было известно, все ли укрепления заняты германскими войсками, в особенности Балаклавские, «Гебен» и «Гамидие» вошли 2 мая в Севастопольскую бухту в полной боевой готовности (на них была пробита боевая тревога); сведения, свободен ли от мин входной фарватер, были получены предварительно по указаниям русских офицеров. Оставшиеся корабли Черноморского флота, а именно, 7 линейных кораблей старого типа, крейсер «Очаков» («Кагул»), «Память Меркурия», несколько неготовых к выходу в море новейших эскадренных миноносцев, миноносцы, 14 подводных лодок и множество вспомогательных и торговых судов имели крайне запущенный вид; почти на всех отсутствовал личный состав или имелся налицо в очень незначительном числе. Для охраны кораблей на них были тотчас же посланы германские отряды, которым одновременно поручалось установить готовность кораблей. Среди русских кораблей находился также турецкий крейсер «Меджидие», подорвавшийся на мине у Одессы 3 апреля 1915 г. Русские исправили на нем минные и торпедные повреждения и начали приводить корабль в готовность и вооружать заново, переименовав его в «Прут»; но за несколько месяцев перед тем работы были прерваны, и, таким образом, корабль остался в незаконченном виде; 13 мая Ребейр-Пашвиц приказал торжественно поднять на нем турецкий флаг, а позднее «Гамидие» отвел крейсер на буксире в Константинополь. Вице-адмирал Гопман и члены навигационно-технической комиссии прибыли в Севастополь 8 мая.

В порту находился также дредноут «Императрица Мария», который от внутреннего взрыва в носовой части перевернулся вверх килем. Тяжелые башни линейного корабля вывалились; попытки поднять его, производившиеся под руководством русского инженера, еще продолжались, но затем в связи с недостатком угля немцы ограничили их сохранением корабля на плаву при помощи сжатого воздуха. На верфях немцы нашли значительные запасы военных материалов и корабельного снаряжения. Русское управление работало сравнительно хорошо, на верфи осталось большинство прежних служащих. С помощью присланного из Германии морского личного состава и служащих с верфей в течение июня был восстановлен некоторый порядок на верфях. Между прочим, для нужд германских войск восстановили и центральную мощную радиостанцию и госпитали.

Следующей задачей флота являлось введение в строй русских легких морских сил для несения дозоров у крымского побережья и в Азовском море и охраны торгового судоходства против пиратства. Оставалось невыясненным, чего можно было ожидать от русских морских сил, скрывшихся в Новороссийск. Для решения этого вопроса 52-й корпус намеревался двинуть сухопутные силы против Новороссийска и просил о немедленной поддержке со стороны морских сил.

Командующий флотом намеревался запереть Новороссийск с помощью подводных лодок и мин; кроме того, в его планы входила воздушная атака под прикрытием «Гебена» и поддержка переброски германских войск через Керченский пролив на Таманский полуостров. Морской генеральный штаб в Берлине желал возвращения «Гебена» в Константинополь, в соответствии с чем сообщил германскому верховному командованию, что корабль не сможет принять участия в намеченной операции. Однако командующий флотом сумел отвести эти затруднения, явно обусловленные турецким влиянием, и «Гебен» временно остался в Севастополе. Пребывание его там использовали для ввода его в док. При постановке на якорь на «Гебене» лопнула паровая труба, проходившая через отделение, еще заполненное водой со времени получения минной пробоины, ввиду чего всю тяжелую работу по отдаче и уборке якоря приходилось выполнять вручную. Одновременно со свежей покраской подводной части было крайне необходимо обследовать отсеки, получившие пробоины 20 января. На судостроительном заводе имелся док достаточных размеров, но вследствие отсутствия рабочих всю работу пришлось выполнять своими силами. 7 июня корабль встал в док (последний раз он стоял в доке 4½ года тому назад). За короткое время, имевшееся в распоряжении, удалось только очистить днище и покрасить его, а также исправить паропровод к якорному шпилю; к заделке пробоин не приступали; 14 июня «Гебен» уже вышел из дока.

Германское правительство начало переговоры с советским правительством, чтобы добиться возвращения русских кораблей из Новороссийска в Севастополь. Хотя трудно было ожидать их участия в операциях и восстановления их боеспособности, тем не менее все же общая безопасность требовала их разоружения и германского контроля над ними. Об обстановке на этих кораблях с различных сторон приходили самые противоречивые известия. На некоторых кораблях будто бы царил полный хаос, но другая часть их, находившаяся под командой старых офицеров, была еще боеспособна. UC-23, державшаяся на позиции перед Новороссийском, сообщала 3 июня приблизительно те же сведения. Корабли имели на гафелях андреевские флаги, а на фор-стеньгах — красные. Командующим флотом был адмирал Саблин. После неоднократного обмена телеграммами Берлина с Москвой 13 июня правительства договорились, что корабли должны вернуться в Севастополь в течение 6—10 дней. Германское правительство признавало корабли собственностью России и объявляло, что намерено вернуть их после заключения общего мира. Московское правительство послало в Новороссийск приказ о подготовке к переводу кораблей в Севастополь, который должен был последовать не позднее 19 июня. Получив этот приказ, адмирал Саблин сложил с себя командование; его заместитель, капитан 1 ранга Тихменев, 16 июня запросил по радио германское командование, прося указаний по выполнению перехода в Севастополь. Ребейр-Пашвиц отвечал, что в 9 ч 19 июня корабли должны находиться перед Севастополем с орудиями, закрепленными по-походному и открытыми орудийными затворами, с боевым запасом в погребах. После постановки на якорь кораблям предстоял осмотр особой комиссией. 18 июня Тихменев сообщил коменданту Севастопольского порта, что русский флот войдет на следующее утро в составе линейного корабля «Воля», шести эскадренных миноносцев и вспомогательного крейсера. Остальные корабли не могли прибыть по техническим причинам, так как не хватало личного состава и буксиров. 19 июня корабли прибыли под андреевским флагом в Севастополь. При проходе мимо «Гебена», на котором была пробита боевая тревога, линейный корабль «Воля» отсалютовал флагом.