В ходе акции пострадала также значительная часть украинского населения. В уничтожении украинцев принимали участие укомплектованные поляками отряды вспомогательной полиции и жандармерий, подчинявшиеся немцам. Часть украинских крестьян пострадала в ходе боевых действий отрядов Армии Крайовой против отрядов УПА. Отдельные отряды Армии Крайовой, вопреки приказам своего командования о недопустимости участия в «пацификационных» акциях против украинских сёл, переходили к «слепым» акциям возмездия.

Боевые столкновения с польскими подразделениями продолжались и после войны, во время проведения операции «Висла» — насильной депортации украинцев из-за «линии Керзона». На Украине точные подсчёты погибших не проводились. Число погибших с украинской стороны оценивается в несколько тысяч человек. При этом одни историки пишут о количестве погибших украинцев только на Волыни от 2 до 3 тысяч, другие о том, что в 1943–1944 гг. непосредственно от действий подчиняющихся Армии Крайовой польских вооружённых формирований погибло не менее 2 тысяч гражданских украинцев.

К осени 1943 г. многие районы Волыни стали «этнически чистыми». Так, в отчёте СБ (район Млынив Ровенской области) за 1-10 сентября 1943 г. сказано: «За отчётный период ликвидировано 17 польских семей (58 человек)…Местность в целом очищена. Ляхов чистокровных нет. Дело смешанных семей рассматривается».

Кроме поляков уничтожались и «прочие элементы», которые, по мнению СБ, могли быть «почвой для советской власти». Так, в апреле 1943 г. были зарублены депутат Верховного Совета УССР крестьянка Хомич Калина Аврамовна, её 7-месячная дочь и мать. Как «нестойкий элемент» внутри организации, в начале мая 1943 г. СБ был убит вместе со своим окружением референт Краевого провода ОУН на ПЗУЗ Василь Ивахив («Йосип Сонар», «Сом»), хотя в пропагандистских изданиях ОУН(б) говорилось, что он был убит в бою с немцами.

В начале 1943 г. краевой провод возложил на СБ следующие задачи: проводить физическое уничтожение военнопленных Красной армии; уничтожить польское население; «ликвидировать» дезертиров из УПА и избивать шомполами уклоняющихся от призыва; устранять скрывающихся в лесах евреев; «контролировать» лояльность самих оуновцев.

С приближением Красной армии к ЗУЗ в конце 1943 г. перед СБ была поставлена задача: «Проводить чистку всего элемента, который будет представлять угрозу в подсоветской действительности. Использовать фронтовой хаос с целью массовой ликвидации враждебных элементов, а ими в первую очередь являются: а) организованные члены большевистского подполья, б) партизанские отряды, в) активные симпатики большевиков, г) москали-пленные, которые политически активизируются, д) польский способный к борьбе руководящий элемент, который станет помогать советской оккупации…».

«Чистка всего элемента» началась в январе 1944 г. В первую очередь снова уничтожался «польский элемент», во вторую — «коммунистические сексоты».

СБ уничтожались семьи тех, кто добровольно пошёл служить в Красную армию, кто «вышел из леса» или не захотел идти в него. Так, 26 ноября 1944 г. в селе Испас Выжницкого р-на Черновицкой области было уничтожено 15 семей (41 человек) за отказ взрослых мужчин «идти в лес».

После окончания Второй мировой войны под пристальным вниманием СБ оказались вступающие в колхозы — в селениях, поддержавших создание колхозов, рекомендовалось применять «пяткование» — уничтожение каждого пятого жителя. Для того чтобы быть зачисленным в «помощники советов», достаточно было пустить на постой или накормить солдат и офицеров Красной армии, сдать зерно фронту и т. д.

Преследованию и уничтожению подвергались и молодые украинки, подозреваемые в сексуальных связях с советскими солдатами. Этих так называемых «москалек» — уничижительное прозвище, которым обзывали некоторых украинок, считавшихся «красноармейскими шлюхами», — относили к категории самых ненавидимых и презираемых врагов Украины. Член СБ Ровенского района А. Грицюк, арестованный советскими органами в конце 1944 г. по обвинению, выдвинутому против него местной женщиной, оставил типичное признание о том, как повстанцы уничтожали предполагаемых «москалек»: «В середине января 1944 г. в селе Ясеничи, по приказу "Дуба", я убил жительницу села 19–20 лет, украинку по национальности. Убийство было совершено путём удушения верёвкой ("путованием"). Труп был захоронен жителями на месте казни. В конце января 1944 г. в деревне Грушвица я принял участие в убийстве другой женщины, набросив на шею петлю, которую затянули члены районной СБ "Ничай" и "Крюк"…».

К 1945 г. СБ сформировалась в самостоятельную структуру, по существу, уже стоявшую над ОУН. В приказе от 30 апреля 1945 г. главного референта СБ Арсенича-«Михайло», в частности, указывалось: «…Районные референты СБ отчитываются перед своими местными проводниками только устно, и то о делах, которые их касаются (организационные вопросы и оперативную работу)… Местные проводники не имеют права контролировать почту СБ или же отчёты, которые идут наверх».

Эсбисты, как и сотрудники Особых отделов в Красной армии, подчинялись только своим непосредственным руководителям. Такая структура организации в условиях оккупации и военных действий была наиболее эффективной.

В 1945–1946 гг. Красная армия и Внутренние войска нанесли ОУН и УПА сокрушительные потери. На конец 1945 г. против повстанцев на Западной Украине действовали 9-я стрелковая дивизия ВВ, 4 стрелковых бригады, 18-й кавалерийский полк и 22 отдельных стрелковых батальона ВВ (всего около 50 тыс. человек). Кроме этого были войска Украинского пограничного округа (около 21 тыс. человек) и войска Прикарпатского военного округа — одна танковая и две общевойсковые армии, — всего около 600 ООО человек. Оперативную деятельность против ОУН проводили органы НКВД-МГБ. Апогеем борьбы стала «большая блокада» 1946 г. С 1 декабря 1945-го по 10 февраля 1946 г. против ОУН и УПА было проведено 15 562 операций, в ходе которых было уничтожено свыше 4,2 тыс. повстанцев и подпольщиков, захвачено в плен и задержано свыше 9,4 тыс. причастных к ОУН и УПА, ликвидировано 130 вооружённых формирований.

Гарнизоны внутренних войск НКВД были размещены во всех райцентрах. Мелкие формирования ВВ размещались и в крупных сёлах. Лишь на территории Волынской области находились 3400 бойцов ВВ, а на территории Ровненской — 3100. После окончания операции часть войск была переведена в другие регионы СССР, а остальная часть была размещена в районах наибольшей активности оуновского подполья.

В результате «большой блокады» в конце 1945 — начале 1946 г. УПА прекратила свою деятельность в качестве военной организации, хотя официально она была упразднена 30 мая 1947 г. С этого времени прекращают свою деятельность Военно-полевая жандармерия УПА и СБ УПА, а подполье ОУН переходит к методам глубоко законспирированной борьбы, применяя тактику засад, террора и диверсий. Упраздняются областные проводы, а их функции переходят к надрайонным, а функции подрайонных проводов — кустовым. Распускается ряд рефентур, начиная с надрайонных проводов и ниже, продолжают действовать только организационные проводники, референты СБ и референты пропаганды.

На фоне этих изменений СБ получила огромные полномочия, которые постоянно расширялись. По данным Д. Веденеева и Г. Быструхина, после реорганизации в состав референтуры СБ надрайонного провода входили: референт — руководил проводом и отвечал за противодействие агентуре врага; зам. референта — отвечал за назначение кадров СБ в подчинённых проводах, обучение сотрудников СБ, следственную работу и архив; комендант боёвки СБ — укомплектовывал и обучал личный состав боёвки, руководил текущей деятельностью боёвок подчинённых проводов; технический референт — руководил канцелярией, отвечал за отчётность, тиражирование учебной литературы; следователь (следователи) — проводил допросы, обобщали полученные материалы. В состав «ведущего звена» — референтуры СБ районного провода — входили: референт, зам. референта, технический референт, связной (связные) с руководством, следователи (следователь), комендант боёвки СБ.