Стабильность восстановилась с восшествием на престол Ипполито Альдобрандини — сына выдающегося флорентийского адвоката, которого Медичи изгнали из родного города. Он принял имя Климента VIII (1592-1605). Во многих отношениях он воплощал в себе идеалы контрреформации. Он вел подлинно благочестивую жизнь, ежедневно молясь и медитируя целыми часами, исповедовался каждый день и пятнадцать раз в год обходил в торжественном паломническом шествии семь главных храмов города. К несчастью, его аскетизм губительно отразился на его слабом здоровье — его мучила подагра, и с течением времени он все более полагался на двух своих племянников, Чинцио и Пьетро, которым он (вкупе со своим четырнадцатилетним внучатым племянником) даровал красные шапки. В условиях, когда эти двое взяли на себя основную часть груза административной работы, он смог посвятить значительное время ученым занятиям. В 1592 году он опубликовал исправленный текст Вульгаты (безнадежно искаженный Сикстом V), а также пересмотренные тексты архиерейского обрядника и требника. Через четыре года появился значительно расширенный Индекс, впервые в истории содержавший запрет на иудейские книги. Здесь сказалась нетерпимость — грех, никогда не оставлявший Климента. За годы своего понтификата он активно поощрял инквизицию, которая отправила на эшафот более тридцати еретиков; среди них оказался и бывший доминиканец Джордано Бруно, встретивший смерть 17 февраля 1600 года на Кампо деи Фьори, где доныне стоит его статуя.

Если говорить о политике, то наиболее важным решением Климента, долго откладывавшимся и принятым весьма неохотно, стало признание Генриха IV королем Франции. Генрих, бывший гугенот, принял католичество в 1593 году (ему приписывается знаменитая фраза: «Париж стоит мессы»). Климент по-прежнему колебался; лишь после того, как Генрих короновался в Шартре на следующий год, он наконец последовал совету своего нунция, отменил приговор Сикста V об отлучении и признал его королем. У него имелись все основания пожалеть об этом, когда 13 апреля 1598 года Генрих издал Нантский эдикт, расширявший права гугенотов; им дозволялось открыто исповедовать свою веру повсюду, за исключением некоторых городов (в частности, Парижа); в гражданских правах он уравнял их с католиками. Нечего и говорить, что в Испании это вызвало взрыв ярости, который он счел возможным проигнорировать, уверенный в надежности собственных позиций.

Климент VIII скончался 5 марта 1605 года. Если позиции папства укрепились при нем, то произошло это во многом благодаря тщательно продуманным юбилейным празднествам, на которые в Рим прибыло не менее полумиллиона пилигримов. Наконец-то город после долгих усилий пап XVI века стал соответствовать своей роли — столицы христианского мира. В прошлом столетии католическая церковь перенесла несколько тяжелых ударов: Англия и Шотландия оказались безвозвратно потеряны для нее; в Испанских Нидерландах голландские последователи кальвинизма отразили все попытки короля Филиппа сокрушить их; в Германии император Максимилиан II выказывал опасные признаки симпатии в адрес лютеранства; во Франции Нантский эдикт во многом свел на нет эффект от обращения в католичество Генриха IV. Но Рим обрел доселе невиданное великолепие; и 80 000 верующих, видевших, как в полночь 31 декабря 1599 года папа в ходе торжественной церемонии отворил Porta Santa — Святые врата, стали свидетелями величайшего успеха контрреформации.

После смерти папы Климента Священная коллегия избрала понтификом кардинала Алессандро деи Медичи; тот принял имя Льва XI (1605). Именно ему во многом принадлежала заслуга того, что Климент снял отлучение с Генриха IV; после этого он два года провел во Франции в качестве папского нунция. Он отличался искренним благочестием и острым умом, так что, вероятно, из него получился бы превосходный папа; однако ему уже перевалило за семьдесят, и он успел провести на троне всего двадцать шесть дней, а затем внезапно скончался от простуды. Король Генрих, который потратил 300 000 скудо, чтобы обеспечить его избрание, был отнюдь не в восторге. Льву наследовал сиенец, кардинал Камилло Боргезе; ему исполнилось всего пятьдесят два года, и можно было ожидать, что его правление продлится долгое время. Ему оказалось суждено провести на троне шестнадцать лет.

Папа Павел V (1605-1621), как он решил назваться, был столь же благочестив, сколь и его предшественник, но далеко уступал ему в уме. Он совершенно не способен был понять, что папство в настоящее время приобрело статус одной из европейских держав и от средневекового идеала абсолютного господства папского престола лучше отказаться. Павел, однако, попытался следовать ему и немедленно столкнулся с соперником в лице Венецианской республики. Венецианцы вовсе не думали о том, чтобы поставить под вопрос свой долг повиновения Святому престолу в вопросах веры; в то же время свою политическую независимость они считали священной и неприкосновенной. Кроме того, само существование их города зависело от международной торговли; как можно было ожидать, что они станут подвергать дискриминации еретиков — тем более что прежде они не поступали так с неверными?

Уже при Клименте VIII они одержали несколько побед. Несмотря на значительное давление со стороны Святого престола, они сумели отстоять свои права на городок Ченеда (ныне Витторио-Венето); затем в 1596 году венецианские печатники и книготорговцы каким-то образом добились заключения особого конкордата, позволявшего им продавать — правда, на особых условиях — книги из Индекса. Когда Климент выразил республике порицание за то, что она позволила сэру Генри Уоттону привезти с собой протестантские богослужебные книги и молиться по англиканскому обряду в его домовой часовне, Венеция решительно отвечала: «Республика никоим образом не может обыскивать багаж английского посла, ибо об этом человеке известно, что он ведет тихую и безупречную жизнь и никогда не совершал никаких скандальных поступков». Папа не настаивал, и сэр Генри, никем не тревожимый, продолжал молиться на прежний лад в течение всех четырнадцати лет своей службы в качестве посла в Венеции.

Павел V, однако, отличался куда менее сговорчивым характером. Теперь папские легаты, как никогда прежде, часто искали аудиенций дожа, дабы уговаривать и убеждать его. Почему сенат недавно запретил строительство новых религиозных сооружений в городе без специального разрешения? Напрасно венецианцы доказывали, что стало невозможно содержать в порядке даже существующие храмы и монастыри, которые уже заняли половину города: подобные нехитрые аргументы просто не принимались во внимание, и сообщения от папы начали звучать в новом, угрожающем тоне. Таким образом, с самого начала правления нового папы две силы вступили в непримиримое противоборство. Венецианцы изо всех сил старались сохранить со Святым престолом хорошие отношения и даже включили фамилию Боргезе в списки родовитых семей города; но долго сохранять вежливую мину им не удалось.

Гроза разразилась в конце лета 1605 года, когда двое высокоученых клириков (впоследствии выяснилось, что один из них вовсе не был священнослужителем) подверглись обвинению со стороны венецианских властей: один — в неоднократных посягательствах на честь своей племянницы, другой — в «убийствах, мошенничестве, насилии и всевозможных жестоких действиях в отношении своих подчиненных». В обоих случаях Совет десяти отдал приказ начать немедленное расследование и взял на себя ответственность за суд над преступниками и их наказание. Папа немедленно ринулся в атаку. Эти двое заключенных, возражал он, были клириками и, следовательно, находились вне юрисдикции республики. Их немедленно следует передать церковным властям.