Руководство движением всего флота на участке Саратов – Астрахань опять, как и в навигацию 1942 г., сосредоточилось в Сталинграде. Оба пароходства – «Волготанкер» и НВРП – работали в самом тесном контакте с командованием Волжской военной флотилии. Каждый рейс по Нижней Волге требовал от речников много сил и энергии, мужества и мастерства. Ширина судового хода не превышала 60—70 м, река была заминирована и засорена останками затонувших кораблей. Особенно тяжело приходилось в ночное время, т.к. было недостаточно бакенов, береговых знаков и др. элементов путевой обстановки. Капитаны вынуждены были сутками не покидать ходовых рубок и мостиков.

В мае – июне 1943 г. для переоборудования под тральщики и трал-баржи были отобраны 165 самоходных и несамоходных транспортных судов. Противоминная оборона речной коммуникации на участке от Астрахани до Батраков обеспечивалась тральными силами Волжской флотилии и Астраханской военно-морской базы, а противовоздушная – силами и средствами войск ПВО страны, Волжской флотилии, оперативной группы ПВО транспортной службы Волжского бассейна.

В этот период противовоздушная оборона Волжской водной коммуникации была значительно усилена. Флотилия располагала 287 орудиями мелкокалиберной зенитной артиллерии, 92 крупнокалиберными пулеметами и 53 пулеметами М-1. Кроме того, 12 канонерских лодок были вооружены 85-мм зенитными орудиями. В 198 взводах ПВО, сформированных и вооруженных в мае – июне, и в 31 отстойном пункте насчитывались в общей сложности 221 зенитное орудие, 308 зенитных пулеметов и 173 прожекторных установки. Действия всех этих сил и средств ПВО координировал штаб Волжской флотилии. Корабельная береговая зенитная артиллерия, зенитные орудия и пулеметы взводов ПВО бассейна Волги и транспортных судов, истребительная авиация использовались по единому плану.

Гидрографическая служба флотилии во главе с капитаном 2-го ранга И. Ф. Новоселовым обеспечивала действия тральных сил и ограждение протраленных фарватеров и минных банок. На каждом боевом участке был сформирован военно-лоцманский пункт. В связи с переоборудованием большого количества транспортных судов под тральщики и формированием речных аварийно-спасательных отрядов численность личного состава флотилии возросла с 7827 до 11 116 человек. Если на 1 апреля на флотилии были 1201 офицер, 2155 старшин и 4471 матрос, то к 30 июня численность офицеров составила 1367, старшин – 2756, матросов – 6993 человека. Несмотря на это, людей по-прежнему не хватало. Некомплект по офицерскому составу достигал 10,5%, а по старшинскому и рядовому составу – 15%.

Бронекатера и сторожевые катера 4-й бригады речных кораблей при конвоировании транспортов и нахождении в засадах на боевых участках оказывали противодействие минным постановкам авиации противника на участке от Камышина до Копановки. 13 канонерских лодок 3-й бригады речных кораблей, находившиеся в оперативном подчинении начальника пароходства «Волготанкер», использовались для буксировки и противовоздушной обороны нефтеналивных судов. Остальные канонерские лодки конвоировали наиболее важные караваны нефтеналивных судов. Береговые и плавучие зенитные батареи обеспечивали ПВО отстойных пунктов и мест базирования тральных сил флотилии.

С 17 мая все наиболее крупные и важные караваны судов (нефтеналивные баржи грузоподъемностью более 5000 т, военные транспорты с личным составом и грузами) совершали переходы в охранении канонерских лодок, бронекатеров и сторожевых катеров. Возглавлял конвой один из командиров конвойных кораблей. При этом применялся ряд методов конвоирования: эстафетный, сквозной (непрерывный), частичный, комбинированный и усиленный. Эстафетное конвоирование заключалось в том, что боевые корабли прикрывали суда от воздействия авиации противника лишь в пределах своего участка, передавая их дальше соседнему участку. При сквозном конвоировании корабли охранения сопровождали транспортные суда от пункта выхода до порта назначения или на всем опасном участке. Суть частичного конвоирования состояла в том, что бронекатера и сторожевые катера прикрывали транспорты только в пределах своих подвижных огневых позиций, дальше суда шли самостоятельно, осуществляя ПВО своими огневыми средствами. При комбинированном конвоировании корабли охранения, обычно канонерские лодки, во время всего перехода одновременно выполняли и роль буксиров. Усиленное конвоирование осуществлялось кораблями охранения совместно с кораблями, находившимися на подвижных огневых позициях.

Наиболее эффективными оказались эстафетное и частичное конвоирование. Эти методы требовали минимального количества кораблей охранения, исключали скопление их в отдельных районах, позволяли сохранять четкую организацию ПВО во всей операционной зоне флотилии. При таком конвоировании экипажи кораблей охранения в пределах своих участков хорошо знали обстановку, способы действий вражеской авиации и поэтому могли оказывать ей активное противодействие. И в этом случае не нарушался принцип непосредственной и оперативной подчиненности таких кораблей. Основная часть конвойных кораблей распределялась по боевым районам, которым они подчинялись в оперативном отношении. Помимо кораблей охранения, ПВО транспортных судов осуществляли постоянные и маневренные отстойные пункты, которые прикрывались береговыми и корабельными зенитными средствами, дозорными кораблями и истребительной авиацией.

Таким образом, на всем пути следования транспортных судов в границах операционной зоны флотилии обеспечивались непрерывное наблюдение за действиями вражеской авиации и минной обстановкой, ПВО транспортных судов на переходах, в отстойных пунктах, местах погрузки и разгрузки. Конвоированием, наряду с систематическим тралением и уничтожением мин, достигались непрерывность и относительная безопасность перевозок.

19 мая на участке Сталинград – Камышин группа бронекатеров сильным заградительным огнем отразила налет пяти немецких самолетов, заставила их отказаться от атаки караванов судов и постановки мин с малых высот. Особенно отличился бронекатер № 33 лейтенанта К. И. Воробьева. В тот день другие корабли флотилии отражали бомбардировку конвоя судов у Черного Яра. В результате ни одна из бомб, сброшенных противником, не попала в транспорты. 1 июня в районе Черного Яра бронекатер № 33 отразил шесть ночных атак «Хейнкелей». Последние сбросили около 60 бомб, все они упали в стороне от транспортных судов. Но и ВВФ несла потери. 17 мая подорвалась на мине и затонула канонерская лодка «Красный Дагестан», а через девять дней – канонерская лодка «Красногвардеец». На обоих судах погибли 30 членов их команд.

Несмотря на все принятые меры, грузооборот судов по-прежнему оставлял желать лучшего. Из-за необходимости соблюдать строгий порядок конвоирования, узости протраленного фарватера, нехватки судов движение нефтекараванов шло значительно медленнее желаемого. Если в последней декаде апреля по участку Астрахань – Саратов были перевезены 445 000 т нефтепродуктов, то за весь май удалось перевезти 765 000 т, что составило 76,5% от плана и не шло ни в какое сравнение с показателями годичной давности. Поэтому страна продолжала задыхаться без топлива.

Пока на фронте, на земле и в воздухе, шли ожесточенные бои, в тылу продолжалась своя, невидимая для широких глаз, война. С помощью Люфтваффе Абвер и СД забрасывали в глубокий тыл все новые и новые группы шпионов. К1943 г. подготовка агентов в многочисленных спецшколах была поставлена на поток. Бывший начальник 6-го управления РСХА (внешняя разведка) Вальтер Шелленберг вспоминал: «В лагерях для военнопленных отбирались тысячи русских, которых после обучения забрасывали на парашютах в глубь русской территории. Их основной задачей, наряду с передачей текущей информации, было политическое разложение населения и диверсии».