Здесь необходимо отметить, что корниловское выступление повлекло за собой новые гонения Временного правительства на и так уже сильно поредевший с Февральских дней офицерский корпус. Во всех армиях были созданы «чрезвычайные следственные комиссии по расследованию всех дел, возникающих в связи с заговором Корнилова», куда входили комиссары Временного правительства и члены солдатских комитетов. Эти органы весьма рьяно выискивали «активных корниловцев». Причем под подозрение часто попадали просто честные и принципиальные командиры. Буквально за одну неделю действующая армия лишилась многих талантливых генералов и офицеров, а освободившиеся вакансии заняли их менее образованные коллеги, ради карьерного роста готовые служить любой власти. Сам же «победитель заговора генералов» А.Ф. Керенский, ни дня не прослуживший в армии, 30 августа назначил себя Верховным главнокомандующим.

В начале осени 1917 г. в стране, как известно, разразился Общенациональный кризис, завершившийся 25 октября свержением Временного правительства и взятием власти большевиками. Естественно, социально-политические процессы, происходившие в то время в стране, не могли не отразиться и на действующей армии.

9 сентября начальник штаба Верховного главнокомандующего генерал от инфантерии М.В. Алексеев отказался от занимаемой должности и подал в отставку. На его место А.Ф. Керенский назначил генерал-лейтенанта Н.Н. Духонина. «В лице Духонина, ставшего фактически Верховным главнокомандующим, — писал по поводу его назначения находившийся в «Быховском заточении» по корниловскому делу генерал-лейтенант А.И. Деникин, — Керенский и революционная демократия, представленная комиссарами и комитетами, нашли действительно тот идеал, который они долго и напрасно искали до тех пор. Духонин — храбрый солдат и талантливый офицер генерального штаба принес им добровольно и бескорыстно свой труд, отказавшись от всякой борьбы в области военной политики и примирившись с ролью «технического советника» — той ролью, которую революционная демократия мечтала навязать всему командному составу. Духонина никто из них не заподозривал в малейшем отсутствии лояльности. Он не препятствовал продолжавшимся упражнениям новоявленных творцов «революционной армии». Но в противовес другим генералам, видевшим в этом направлении новые перспективы для неограниченного честолюбия или более покойные условия личного существования, — он шел на такую роль, заведомо рискуя своим добрым именем, впоследствии и жизнью, исключительно из-за желания спасти положение. Он видел в этом единственное и последнее средство».

Другой известный военный деятель, исполняющий в то время должность начальника штаба главнокомандующего армиями Румынского фронта, генерал-лейтенант Н.Н. Головин также был высокого мнения о новом начальнике штаба Верховного главнокомандующего. «Обладая такою же личною храбростью и таким же мужеством, как ген. Корнилов, — писал впоследствии Головин, — ген. Духонин, кроме того, обладал еще одним громадным качеством: он обладал большим спокойствием духа, позволявшим его разуму трезво оценивать существующую реальную обстановку, а это гарантировало Русскую Армию от каких-либо авантюрных мероприятий. Будучи горячим патриотом, он в то же время соединял этот патриотизм с большой терпимостью ко взглядам инакомыслящих, а это, в свою очередь, содействовало широкому государственному кругозору. Отсутствие честолюбия облегчало ему не только в сознательных своих действиях, но и в подсознательных, руководствоваться одной только идеей — спасением России; какая бы то ни была примесь стремления, хотя бы бессознательного, соединить непременно спасение России со своим «Я» отсутствовала у него. Ген. Духонин в полном смысле слова был человеком, который смотрел на служение Родине как на жертвенный подвиг, вовсе не сопровождающийся обязательно личной славой.

Если ген. Алексеев представлял собою генерала старой формации, умудренного громадным опытом Верховного Главнокомандования, то ген. Духонин являлся молодым генералом, по своим личным качествам наиболее отвечавшим творческой работе по воссозданию Российской Армии в новых условиях, создавшихся с падением Царской власти. Но подобно генералу Алексееву, генерал Духонин был слишком скромен и потому не отвечал облику «революционного» генерала, создавшемуся в представлении нашей интеллигенции, воспитанной на идеализации большой французской революции. По этой причине такие лица, как генерал Духонин, не могли быть призваны вовремя.

Подобно тому как возвращение генерала Алексеева на верховождение Действующей Армии явилось запоздалым, так же точно запоздалым было появление на этих верхах генерала Духонина».

Менее чем за два месяца Н.Н. Духонин провел огромную работу, далеко выходившую за рамки обязанностей начальника штаба Верховного главнокомандующего. «Он внес большой вклад, — писал о генерале его непосредственный начальник А.Ф. Керенский, — в быструю и планомерную реорганизацию армии в соответствии с новыми идеалами. После ряда совещаний в Петрограде и Могилеве, в которых приняли участие не только министр армии и флота, но также главы гражданских ведомств — министры иностранных дел, финансов, связи и продовольствия, — он составил подробный отчет о материальном и политическом положении вооруженных сил. Из отчета следовал один честный вывод: армию следует сократить, реорганизовать и очистить от нелояльных лиц среди офицерского состава и рядовых. После этого армия будет способна охранять границы России и, если не предпринимать крупных поступательных операций, защитить ее коренные интересы». Здесь необходимо пояснить, что А.Ф. Керенский имел в виду составленную Ставкой Верховного главнокомандующего по заданию Временного правительства «Программу мероприятий по поднятию боеспособности армии к весне 1918 года», одним из основных авторов которой был Духонин.

К этому следует добавить, что генерал разрабатывал также проект создания Русской народной армии, в основу которого был положен принцип территориального и добровольного комплектования частей. Несомненной заслугой Духонина является также создание национальных частей в составе русской армии. Так, по его приказу № 613 от 26 сентября был создан Отдельный Чешско-Словацкий корпус, объединивший в своих рядах все чехословацкие части, сформированные к этому времени на территории России. Корпус состоял из двух дивизий и запасной бригады, основную массу его офицеров и солдат (около 45 000 человек) составляли бывшие военнопленные австро-венгерской армии, готовые сражаться на стороне России за свободу своей Родины. Однако многим другим духонинским планам, весьма полезным для русской армии, так и не суждено было осуществиться.

После ликвидации Временным правительством корниловского выступления в действующей армии еще в большей степени, чем весной 1917г., упала воинская дисциплина. Авторитет правительства и его главы А.Ф. Керенского резко понизился в глазах как офицерского корпуса, так и солдатских масс. С одной стороны, этому способствовали слухи о том, что Корнилов и Керенский якобы заранее договорились занять войсками Петроград и разогнать советы, но Керенский в последний момент струсил. Эта версия, как известно, распространялась и крайне правой, и крайне левой прессой. С другой стороны, Керенский сам собственными последующими действиями способствовал дальнейшему падению авторитета Временного правительства. Речь идет об изданных им в начале сентября приказах, по содержанию очень похожих на подписанные Корниловым июльские, — об установлении на фронте железной дисциплины. Однако разница состояла в том, что они уже не оказывали влияния на солдат.