Писцы и дозорщики доносили о многочисленных случаях дворянского «оскудения». Разорившиеся служилые люди и члены их семей бросали пустые поместья, шли в кабалу к боярам, изредка садились на крестьянскую пашню, чаще питались подаянием. Недовольство низшего дворянства породило глубокий политический кризис.

В связи с голодом 1588 г. осложнилось положение в столице. Толпы нищих и бродяг заполнили городские улицы. Народ винил в своих бедах Бориса Годунова, олицетворявшего неправедную власть. Его бранили и втихомолку, и открыто. Англичанин Флетчер видел в 1588–1589 гг., как московская толпа жадно внимала пророчествам юродивого, поносившего Бориса. «В настоящее время, — записал он, — есть один в Москве, который ходит голый по улицам и восстановляет всех против правительства, особенно же Годуновых, которых почитают притеснителями всего государства». К 1589 г. голод в стране кончился, но положение в Москве оставалось тревожным. С наступлением весны правительство, опасаясь уличных беспорядков, отдало приказ о размещении в городе усиленных военных отрядов.

Круг сторонников Бориса сузился. Соперничество с соправителем Андреем Щелкаловым приобрело открытые формы. Опала на дьяка усугубила политическое одиночество правителя. Даже доброжелатели Бориса не питали иллюзий насчет его будущего. Австрийский посол Варкоч писал в 1589 г.: «Случись что с великим князем, против Бориса снова поднимут голову его противники… а если он и тогда захочет строить из себя господина, то вряд ли ему это удастся».

Наибольшую опасность для Годуновых таил сговор Шуйских с Нагими. Сговор мог иметь место лишь при одном непременном условии. Родня царевича Дмитрия, Нагие никогда бы не пошли на соглашение с регентом, если бы тот не признал прав царевича как законного наследника трона. Дело шло к заговору в пользу царевича Дмитрия. С точки зрения царствующей персоны подобного рода заговор означал грубое нарушение данной Федору присяги и не мог рассматриваться иначе, как государственное преступление.

Розыск о боярской измене должен был укрепить положение правителя. По свидетельству «Нового летописца», раздор с Шуйскими завершился тем, что Годунов будто бы подкупил слуг бояр Шуйских: «научи на них доводити людей их Федора Старова с товарищи и возложи на них измену».

Активную роль в расследовании играли бывшие опричники дворяне Татищевы. Дьяк Иван Тимофеев вспоминал, что Михаил Татищев помог Василию Шуйскому взойти на трон, но когда-то прежде, ради получения сана и чести, угождая Борису, «всеродна» бесчестил Василия, «даже и до рукобиения всеродно той досаждая». Всеродному гонению Шуйские подверглись в 1586–1589 гг. За свои заслуги перед Борисом Татищев получил чин ясельничего, а затем думного дворянина.

После розыска младшие Шуйские были арестованы в своих усадьбах и подвергнуты тюремному заключению. Князя Андрея заточили в тюрьму в Буйгороде. Как значится в книгах Разрядного приказа, «того же году 95-го сослан в опале в Галич князь Василий Иванович Шуйский». Из записи следует, что приставами у опального боярина Василия Шуйского и его брата Александра были Андрей Замыцкий и галицкий судья князь Михаил Львов. Оба дворянина внесены в список двора Федора (1588–1589 гг.). Против имени Замыцкого имеется помета «у Шуйских», против имени Львова — «у колодников, в Галич». Князей Дмитрия и Ивана оставили в селе Шуя. В дворовом списке конца 1588 г. имеются пометы о посылке приставов (Замыцкого, Окинфова, Вырубова) к арестованным Шуйским.

В том же списке против имени дворянина Федора Жеребцова сделана помета: «У Афанасия у Нагово». Очевидно, Нагой оказался под стражей одновременно с Шуйскими, и скорее всего по одному с ними делу. В декабре 1588 г. Афанасий сделал вклад в Троице-Сергиев монастырь «по сыне Петре». Сына арестовали и отправили в Антониев-Сийский монастырь. В начале 1589 г. власти распорядились усилить надзор за Петром, «приставить к нему приставов и никого не пускать к нему в келью».

Слухи об опалах в России широко распространились в Польше, и Борис счел необходимым опровергнуть их. Посольский приказ выступил с новыми разъяснениями по поводу Шуйских. «…Князь Ондрей Шуйской с братьею, — заявили московские послы, — учали перед государем измену делать, неправду и умышлять с торговыми мужики на всякое лихо, а князь Иван Петрович, им потакаючи, к ним же пристал, и неправды многие показал перед государем».

В чем именно состояли «неправды» и «измена» Шуйских и их приверженцев — «мужиков»? Обвинения включали, по-видимому, несколько пунктов: «злодейскую» попытку вмешаться в семейную жизнь великого государя и навязать ему развод, тайные сношения князей Шуйских с польским королем, сговор бояр с Нагими.

Со времен опричнины обвинения крамольных бояр в намерении «предаться» польскому королю стали традиционными. В отношении Ивана Шуйского обвинения такого рода поражали своей нелепостью. Именно Иван Шуйский отразил нападение Батория на Псков и стяжал славу героя войны с Польшей.

Борис Годунов не посмел преследовать вдову-царицу Марию Нагую, но всеми мерами старался укоренить в обществе взгляд на царевича Дмитрия как на незаконнорожденного. По воле отца царевич получил во владение Угличское удельное княжество. Стараниями Годунова его права на удел были ограничены и почти упразднены.

Афанасий Нагой был величайшим мастером политических интриг. Он готов был пустить в ход все возможные средства, чтобы доставить трон Дмитрию. Нагие и Шуйские принадлежали к противоположным полюсам политической жизни, но их объединяла вражда к правителю.

Оказавшись в изоляции, Годунов прибегнул к насильственным действиям. По замечанию В. О. Ключевского, современники верно понимали затруднительное положение Бориса при царе Федоре: оно побуждало бить, чтобы не быть побитым.

Джером Горсей был поражен переменами, когда явился в Москву в 1586 г. «Я был огорчен, — писал англичанин, — увидев, какую ненависть возбудил в сердцах и во мнении большинства князь-правитель, которым его жестокости и лицемерие казались чрезмерными».

Сослав Шуйских в деревню, Борис приказал следить за каждым их шагом. Регент Иван Петрович Шуйский из Кинешмы был переведен в суздальскую вотчину — село Лопатниче. Не позднее весны 1587 г. боярин ездил к вдове царевича Ивана Ивановича в Покровский монастырь в Суздале. Вскоре старица посетила Шуйского в Лопатниче.

Борис заподозрил неладное и отрядил в Суздаль бывших опричников — боярина князя Дмитрия Хворостинина и казначея Дмитрия Черемисинова. Они провели розыск в монастыре. Вслед за тем в село прибыл князь Иван Туренин, родня и доверенное лицо правителя. Он арестовал боярина и под охраной отвез на Белоозеро. В Кирилло-Белозерском монастыре регента насильно постригли в монахи. Монастырь стал местом одновременного заточения двух главных душеприказчиков Грозного — Мстиславского и Шуйского.

Старец Иов Шуйский недолго жил в глухой северной обители. В конце 1588 г. по всей стране прошла молва о его смерти. Англичане Джильс Флетчер и Джером Горсей, летописцы московские и псковские упомянули о том, что «великий боярин» был убит по приказу Бориса. Но кто может сказать, записали ли они достоверные сведения или клеветнические слухи? Рассеять сомнения помогают подлинные документы, найденные в фондах Кирилло-Белозерского монастыря.