Смерть Ивана Грозного стала важнейшей вехой в жизни князя Василия Шуйского. Родовая аристократия не скрывала своей радости по поводу кончины великого государя. Дьяк Иван Тимофеев яркими красками описал настроения, воцарившиеся в Кремле в то время. «Бояре, — писал он, — долго не могли поверить, что царя Ивана нет более в живых, когда же они поняли, что это не во сне, а действительно случилось, через малое время многие из первых благородных вельмож, чьи пути были сомнительны, помазав благоухающим миром свои седины, с гордостью оделись великолепно и, как молодые, начали поступать по своей воле; как орлы, они с этим обновлением и временной переменой вновь переживали свою юность и, пренебрегая оставшимся после царя сыном Федором, считали, как будто и нет его…» Знать не скрывала своего отношения к Федору Ивановичу. «Русские на своем языке называют его дураком», — говорил шведский король Юхан III в речи к риксдагу.

В мае 1584 г. князь Василий Шуйский добился заветной цели. Еще до коронации нового царя он получил боярский чин и вошел в Боярскую думу. Менее чем через год боярином стал его брат князь Андрей. К весне 1586 г. боярством был пожалован из кравчих Дмитрий Шуйский.

31 мая бояре и митрополит Дионисий короновали Федора в Успенском соборе. Опираясь на вековую традицию, Боярская дума вернула себе прерогативы, утраченные ею в опричнину.

По случаю коронации власти объявили общую амнистию. «Многие князья и знать из известных родов, попавшие в опалу при прежнем царе и находившиеся в тюрьме двадцать лет, — писал Джером Горсей, — получили свободу и свои земли. Все заключенные освобождались, и их вина прощалась». Горсей наблюдал перемены своими глазами. В его рассказе особого внимания заслуживает упоминание о давних тюремных сидельцах. Несложный арифметический расчет показывает, что они оказались за решеткой в самом начале опричнины. Царь Иван пытайся примириться с убиенными, но прощать оставшихся в живых изменников он и не думал. Самым важным положением амнистии был пункт о возвращении земель знатным лицам, получившим свободу. Путь к возрождению родового княжеского землевладения был открыт.

Шуйские использовали благоприятную ситуацию, чтобы расширить свои вотчины. После казни Александра Горбатого его богатейшая вотчина — село Лопатниче со множеством приселков и деревень — была конфискована. Царь специально упомянул о ней в своем завещании, приказав передать вотчину царевичу Федору. Шуйские далеко разошлись в колене с князьями Суздальскими. Тем не менее регент князь Иван Шуйский получил из казны вотчину Горбатого. Он завладел также богатыми землями, принадлежавшими прежде удельному князю Ивану Бельскому. В его руки перешел город Кинешма с обширной волостью. В качестве кормления воевода получил Псков «со псковскими пригороды, и с тамгою, и с кабаки, чего никоторому боярину не давывал государь». Псков был одним из самых богатых торговых городов России, и в распоряжение регента поступили огромные средства.

Источники не сохранили сведений о земельных приобретениях Василия Шуйского. Они были очень велики, судя потому, что его младший брат Дмитрий получил вместе с чином кравчего «в путь» город Гороховец со всеми доходами. Боярин Василий Скопин-Шуйский удостоился «великого государева жалованья». Ему был отдан в кормление Каргополь.

Иван Грозный возвысил знать литовского происхождения, чтобы ограничить влияние своей братии — древней суздальской аристократии. После его смерти суздальские князья использовали местничество, чтобы вернуть себе былое величие. Князь Василий Шуйский в декабре 1584 г. затеял тяжбу с главой думы, удельным князем Федором Мстиславским и с князем Тимофеем Трубецким.

Царствование Федора Ивановича началось неладно. Волнения в Москве улеглись, но участились разбойные нападения и пожары. Город был наводнен разбойниками, которых считали главными виновниками поджогов. 10 июля 1584 г. польский посол писал из Москвы, что разногласиям и постоянным междоусобиям у московитов нет конца: «…вот и сегодня я слышал, что между ними возникали большие споры, которые едва не вылились во взаимное убийство и пролитие крови».

Царь Федор отличался слабым телосложением и казался недолговечным. В 1585 г. он тяжело заболел. Его кончины ждали со дня на день. В такой ситуации Борис Годунов затеял тайные переговоры с австрийским двором о браке царицы Ирины с австрийским принцем. Дело кончилось неслыханным скандалом: царь Федор выздоровел, а переговоры получили огласку.

Князь Василий Шуйский с братьями воспользовались промахом Годунова и выступили с нападками на правителя в Боярской думе. Инициаторы интриги вынуждены были оправдываться. «И мы то ставим в великое удивленье, што такие слова злодейские (о сватовстве к «цесареву брату». — Р.С.) нехто затеял злодеи и изменники». — заявили они. Федор был оскорблен до глубины души.

Осенью 1585 г. Годунов обратился с тайным ходатайством к английскому двору. Он просил в случае беды предоставить его семье убежище в Англии.

Шуйские добились устранения Бельского, и теперь наступила очередь другого опричного временщика — Годунова. Планы бегства за рубеж свидетельствуют о том, что Борис утратил поддержку Боярской думы.

Кризис власти вновь выдвинул бояр Шуйских на политическую авансцену, как это случилось после смерти Василия III. Князь Василий и его родня как никогда были близки к тому, чтобы захватить власть в государстве. Боярская дума была на их стороне.

По словам летописца, бояре «разделяхуся надвое: Борис Федорович Годунов с дядьями и з братьями, к нему же присташа и иные бояре и дьяки, и думные, и служивые многие люди; з другую же сторону князь Иван Федорович Мстиславский, а с ним Шуйские, и Воротынские, и Головины, и Колычевы, и иные служивые люди, и чернь московская». Против Годунова объединились старшие бояре думы, многие дворяне и дети боярские, приказные чины и столичный народ — «чернь».

Летописец не упомянул о Романовых. После отставки регента Бельского большим влиянием при дворе Федора стал пользоваться его дядя, боярин Никита Романов. Знатностью Романовы далеко превосходили Годуновых, но в глазах Рюриковичей Шуйских и Гедиминовичей Мстиславских они были худородными выскочками. Аристократическая реакция грозила покончить с высоким положением этой семьи. Неудивительно, что Романову пришлось искать поддержки у «дворовых» бояр Годуновых. Родня Федора должна была объединиться перед лицом обшей опасности. Благодаря Романову Борис Годунов получил по случаю царской коронации высший боярский чин конюшего и вошел в опекунский совет.

Однако Никита Романович вскоре тяжело заболел. Положение Годунова осложнилось.

Казначей Петр Головин добился устранения Бельского. Его подвиг был вознагражден. При коронации Федора он нес перед царем шапку Мономаха. Чувствуя поддержку думы, Головин стал обращаться с царским шурином Борисом дерзко и неуважительно. Если бы Головин затеял местническую тяжбу с Годуновым, он выиграл бы ее.

Интрига встревожила Бориса, и он решил нанести упреждающий удар. Ему удалось добиться решения о ревизии казны. Проверка обнаружила столь большие хищения, что боярский суд приговорил Головина к смерти. Казнь была отменена в самый последний момент.