Петр вернулся в Голландию весной 1698 года и уже вместе с Великим посольством через всю Европу отправился в Вену. Есть версия, что из Вены Петр выезжал в Венецию. В венецианских архивах сохранились сведения тайной полиции о том, что какая-то группа неизвестных русских на один день приезжала в Венецию и осматривала город. Возможно, что среди русских был и сам Петр, желавший взглянуть на это чудо в Венецианской лагуне. Но в Вене он оставался недолго. Планы путешествия пришлось свернуть: из России было получено известие о мятеже стрелецких полков…

Возможно, Петр еще задержался бы за границей, но из полученных им сообщений стало известно, что стрельцы, находившиеся в армии воеводы князя М. Г. Ромодановского, расположенной на западной границе, в Великих Луках, взбунтовались и двинулись к Москве. Возвращение Петра I было поспешным – он ехал день и ночь без сна и отдыха. Тем временем генерал Гордон с верными правительству войсками и артиллерией встретил мятежников под Новым Иерусалимом, у стен Воскресенского монастыря. После часового боя стрельцы бежали, последовали аресты и скорая казнь предводителей. Приехав в Москву, Петр начал расследование бунта, стремясь добраться до его истоков, установить возможную связь стрельцов с царевной Софьей и ее людьми. Для этого были основания – мятежники, пользуясь отсутствием царя в России, намеревались вернуть власть опальной царевне.

Никогда еще до этого не видели царя таким беспощадным и жестоким. Известно, что Петр сам участвовал в допросах и пытках стрельцов. Кроме того, он руководил массовыми публичными казнями мятежников, причем заставлял своих сподвижников собственноручно рубить приговоренным стрельцам головы. Всего по Москве и ее окрестностям казнили более двух тысяч человек, причем большинство из них отправляли на тот свет без следствия и суда, скопом.

Показательную жестокость царя можно объяснить его ненавистью к прошлому, которое вдруг проявило себя в мятеже стрельцов. Очевидно, что в это время он испытывал напряжение и страх. Пытки и казни перемежались грандиозными попойками, которые устраивал Петр и его окружение, что придавало всему происходившему особую зловещую мрачность, напоминавшую о страшных временах опричнины Ивана Грозного. Казни продолжались до начала 1700 года, причем царь особенно гневался на своих сестер Софью и Марфу. Добытые во время стрелецкого розыска факты с несомненностью говорили, что бывшая правительница участвовала в заговоре, через служанок и родственников получала от заговорщиков записки, запеченные в «стряпне» – в пирогах, и отвечала им. Петр лично допрашивал Софью и Марфу, но подвергнуть их пытке все же не решился. Однако ближним, комнатным женщинам царевен пришлось в полной мере испытать гнев царя – их жестоко пытали, а одна, будучи беременной, родила во время страшной пытки. В итоге Софья была изолирована в Новодевичьем монастыре, пострижена под именем Сусанна и умерла там же в 1704 году. Другую сестру Петра, Марфу, постригли в монахини под именем старицы Маргариты и заточили в Успенский монастырь (Александровская слобода, бывшее опричное гнездо Ивана Грозного). Там она и скончалась в 1707 году.

Жестокими массовыми расправами Петр I стремился ликвидировать все корни сопротивления ему. Более того, вернувшись в Москву, царь велел остричь бороды своим ближним боярам и предписал всем дворянам переодеться в европейские одежды. Его раздражал даже их внешний вид, не говоря уже об их мыслях, поступках, намерениях. Этим символическим действием он начал свои великие реформы. Чуть позже обрезание бород стало причиной кровопролитного восстания в Астрахани. И восставшие, и Петр понимали символическое значение происходящего. Борьба с бородой была не просто капризом царя: борода была неким знаменем, неким символом борьбы. Без бороды – наш, свой, с бородой – чужой, враг! Не у всех хватало мужества воспротивиться насилию. В 1704 году в Москву пришел нижегородец Алексей Иванов, крича: «Слово и дело». Он был схвачен и доставлен в камеру пыток. На допросе сказал: «Пришел я извещать государю, что он разрушает веру христианскую, велит бороды брить, платье носить немецкое и табак велит тянуть. Пусть государь все переменит!» Не выдержав пыток – в застенке его спрашивали, кто его «подучил» говорить такое и кто его сообщники, – Иванов умер.

Таких смельчаков было мало, но многие также думали, что бороды и старинные одежды означают благочестие, которое царь-антихрист жестоко разрушает. От всей этой операции под названием «борода» осталось в народе тяжелое чувство. Как тут не вспомнить слова одного ученого: «Как же было нужно унизить свою страну, чтобы ее возвысить». Впрочем, через несколько лет купечеству и горожанам право носить бороды вернули. Желающий мог заплатить 100, 50 или 30 рублей и – в зависимости от своего положения и состояния – получал специальный «бородовой знак» на шею и мог щеголять в бороде. Да уж какое тут щеголянье – бороду не уважали, а молодежь быстро пристрастилась к брадобритию и смеялась над невежественными отцами, заботливо прятавшими когда-то отрезанные царем бороды, чтобы их положили им в гроб, ведь на том свете можно было их нацепить и предстать перед господом в пристойном виде.

Оказавшись дома, Петр I даже не пожелал увидеться с женой, царицей Евдокией. Ее судьбу он решил уже давно – развод. Он с нетерпением ждал встречи со своей любовницей – дочерью немецкого виноторговца из Немецкой слободы Анной Монс, с которой его познакомил Лефорт. Несколько лет Анна была любовницей царя. Еще из Лондона Петр распорядился, чтобы опостылевшую ему Евдокию склонили к добровольному пострижению – только так можно было с ней развестись. По возвращению в Москву царь узнал, что указ его еще не выполнен, а царица до сих пор еще в Кремлевском дворце. Тридцать первого августа 1698 года царь четыре часа уговаривал супругу уйти в монастырь, но безуспешно. Тогда через месяц сына Петра, царевича Алексея, отобрали у матери и перевезли в Преображенское к сестре Петра царевне Наталье Алексеевне, а Евдокию отвезли в суздальский Покровский монастырь.