Но то, что мог позволить себе фаворит императрицы, было недоступно другим. Одно имя начальника Тайной экспедиции вызывало трепет. Когда А.Н. Радищеву при аресте сказали, что его дело поручено Шешковскому, он упал в обморок.

История следствия и процесса над Радищевым показывает, как тщательно Екатерина II контролировала ведомство политического розыска и насколько тесными были ее контакты с Тайной экспедицией. Все преступление Радищева состояло в том, что он написал книгу «Путешествие из Петербурга в Москву», в которой подверг уничтожающей критике царский деспотизм и крепостные порядки. Успело разойтись всего 32 экземпляра, но один из них попал на стол императрицы.

Екатерине II достаточно было прочитать 30 страниц, чтобы сделать заключение: «Тут рассевание заразы французской; отвращение от начальства…» Книга была издана анонимно, поэтому следствие занялось установлением авторства. Круг подозреваемых сужался, причем Екатерина II проявила незаурядные способности сыщика. В одной из глав книги упоминалось, что анонимному автору довелось получить научные знания. Императрица написала: «Кажется, сие знание в Лейпцих получено и доводит до подозрения на господ Радищева и Чалищева, паче же, буде у них заведена типография в дом, как сказывают». В другой главе автор продемонстрировал осведомленность о плутнях торговцев. Екатерина II прокомментировала: «108 страница, знание имеет подробностей купецких обманов, чево у таможни легко приглядеть можно». Действительно, Радищев учился в Лейпцигском университете, заведовал столичной таможней и отпечатал книгу в своей домашней типографии.

Шешковский обращался с арестованным Радищевым, руководствуясь мнением императрицы, которое записал ее секретарь: «Примечания на книгу Радищева посланы к Шешковскому. Сказать изволила, что он бунтовщик хуже Пугачева…» Радищев был морально сломлен. Он проклинал свои убеждения и оправдывался, что его книга не имела целью поднять народ на новую пугачевщину, «что народ наш книг не читает, что она написана слогом, для простого народа не внятным». Радищев писал жалобные письма своему мучителю: «Бог вам воздаст, что не лишаете несчастного плачевного удовольствия изъявлять свои мысли». Шешковский пренебрежительно оценивал все новые и новые признания своего подследственного: «В себе иного не содержит, как он описал гнусность своего сочинения, и кое он сам мерзит». Но возможно, искреннее или притворное раскаяние Радищева способствовало тому, что смертный приговор ему был заменен ссылкой в Сибирь.

Жестокая расправа за опубликование книги объяснялась крутым поворотом внутренней политики царизма, вызванным Французской революцией 1789 г. Вслед за судом над Радищевым последовала бессудная расправа над Н.И. Новиковым. Этот журналист и книгоиздатель давно находился на подозрении за острые сатиры в журналах и распространение сочинений французских просветителей. Вызывала беспокойство и принадлежность Новикова к масонским ложам, хотя эти организации существовали легально. Когда Екатерина II доказывала свое право именоваться «философом на троне», Новиков пользовался некоторой свободой действий. Императрица боролась с ним при помощи литературной полемики, жалуясь, что она, победив турецкую армию, никак не может справиться с отставным поручиком (чин Новикова).

Свержение королевской власти во Франции изменило ситуацию в России. Новикову запретили арендовать типографию и конфисковали его издания. В апреле 1792 г. он был арестован под надуманным предлогом. Следствие над Новиковым вел тот же Шешковский, а Екатерина II столь же внимательно следила за ходом допросов. Ее рукой были составлены вопросные пункты, на которые Новиков должен был отвечать в каземате Шлиссельбургской крепости. Историки, изучавшие дело Новикова, отмечают, что следствие велось исключительно предвзято: «…из бумаг без всякой системы брались лишь отдельные документы, на них ссылались для обвинения в том или другом преступлении, и по поводу их требовались объяснения с Новикова, но самих бумаг ему зачастую не предъявляли».

Между тем Новиков никогда не скрывал своих взглядов. Когда его обвинили в том, что он завлек в масонскую ложу секретаря московской конторы Тайной экспедиции Кочубеева, Новиков объяснил, что того специально приняли в ложу, думая, что он делает это по приказу начальства для наблюдения за масонами. Тайная экспедиция арестовала нескольких единомышленников Новикова, принадлежавших к ордену розенкрейцеров. Некоторые из арестованных, например студент М.И. Невзоров, оказались крепкими орешками даже для Шешковского. Проходивший по тому же делу И.В. Лопухин писал: «Невзоров был болен и не мог отвечать; да и нечего отвечать было, а Шешковский думал, что он упрямится и таит нечто важное. “Знаешь ли, где ты?” — говорит ему Шешковский. Невзоров: “Не знаю”. Ш[ешковский]: “Как не знаешь, ты в Тайной”. Н[евзоров]: “Я не знаю, что такое Тайная, пожалуй, схватят и в лес завезут в какой-нибудь стан… да скажут, что это Тайная, и допрашивать станут”».

Тайная экспедиция не разбиралась в масонских течениях. Единомышленников Новикова обвиняли в пособничестве Французской революции, хотя розенкрейцеры были последовательными противниками народных выступлений. Впрочем, все масоны остались на свободе. Что же касается самого Новикова, то ему так и не смогли предъявить конкретных обвинений. Тем не менее он пробыл в Шлиссельбургской крепости до смерти Екатерины II.

Павел I (1796–1801 гг.) сделал несколько либеральных жестов. Он освободил Новикова и вождя польских повстанцев Тадеуша Костюшко. Однако его недолгое царствование запомнилось современникам как разгул произвола. В самом начале своего правления он пытался возродить обычай письменных доносов. На стене Зимнего дворца повесили ящик, куда каждый желающий мог положить сообщение для императора. Царь открывал его собственным ключом. Но в конце концов Павлу I пришлось отказаться от этой затеи, так как в ящик бросали ругательные письма и памфлеты против самого императора.

В некоторых мемуарах утверждается, что Павел I возродил методы следствия, характерные для времен Анны Иоанновны. Но надо учитывать, что Павел I, подобно своему отцу Петру III, вызвал сильное недовольство дворян. Известны сотни случаев, свидетельствовавших о непредсказуемости и сумасбродстве Павла I, но нет достоверных сведений о применении пыток в его царствование.

Вместе с тем царь сохранил Тайную экспедицию. Ее возглавлял А.С. Макаров, начавший карьеру под покровительством Шешковского и занявший место начальника после его смерти в 1792 г. В Тайной экспедиции содержались узники, оставшиеся от прошлого и даже позапрошлого царствования (один из них находился в заключении еще со времени Елизаветы Петровны). Но какой-либо значительной роли экспедиция уже не играла. Политический розыск находился в руках самого императора и целой череды быстро возвышавшихся и еще быстрее попадавших в немилость царских фаворитов. Ни сам Павел, ни его приближенные не сумели раскрыть заговор, который привел к гибели императора. Более того, военный губернатор столицы П.А. Пален, которому был доверен розыск, на самом деле являлся душой заговора. В ночь с 11 на 12 марта 1801 г. заговорщики убили Павла I в Михайловском замке.

Александр I (1801–1825 гг.) обещал править «по законам и сердцу бабки нашей Екатерины Великой».