Во главе университета был поставлен Герард Фридрих Миллер. О непростых отношениях, сложившихся между ним и Ломоносовым к концу 1740-х годов, уже говорилось. Позади были и полугодовой арест Ломоносова, и содействие, оказанное ему Миллером в получении профессорства, и двусмысленная история с поручительством за Гмелина.

Статус Миллера в 1746–1747 годах оставался не совсем определенным. Уезжать из России, как Гмелин или Делиль, он не хотел: его профессией стала русская история, найти работу вне России ему было не так просто, как ботанику или астроному, и он лучше, чем кто бы то ни было, знал, какие сокровища скрываются в архивах империи. Но чтобы работать в этих архивах, нужен был особый статус — больший, чем просто должность профессора истории. К тому же и профессорское жалованье не устраивало Миллера, получавшего в Сибири двойной оклад.

Заключая в 1747 году новый контракт, Миллер потребовал должность историографа. Разумовский согласился. В обмен на исполнение обязанностей ректора Миллер освобождался от чтения лекций. Основной же его обязанностью было сочинение «Сибирской истории», по завершении которой «он, Миллер, употреблен будет к сочинению истории всей Российской империи, в департаменте, который ему от Академии показан быть имеет, по плану, который им самим сочинен в то время быть имеет и в канцелярии апробирован». Оклад ему предлагался в тысячу рублей. Однако было еще одно условие: Миллер должен был принять российское подданство и обязаться «не токмо из Российского государства не уезжать по смерть, но и академической службы не оставить». Миллер сначала отказался, потом, когда ему предложили 1200 рублей в год, согласился. Альтернативой было или возвращение в Германию (его никто не удерживал, Шумахер рад был бы избавиться от своего неприятеля), или заключение «обычного» академического контракта, без титула историографа, повышенного жалованья и с обязательным чтением лекций. Почему С. В. Бахрушин считает, что Миллера «принудили» принять российское подданство и что это был «унизительный отказ от родины», — непонятно. Историк сам сделал выбор: таковы были правила игры, и он их принял, поставив свою научную работу, а также карьеру и благосостояние выше свободы передвижения.

И вот Герард Фридрих стал «Федором Ивановичем Миллером» (впрочем, он предпочитал подписываться своим настоящим, немецким именем), «верноподданным и присяжным рабом» Елизаветы, историографом и ректором. Высокое жалованье (а он еще и преподавал в Шляхетном корпусе) позволяло ему жить широко и основательно в собственном доме на Васильевском, всегда полном нахлебников, в основном ищущих счастья в России образованных немцев. Его жена, вдова хирурга, на которой он женился в Сибири, была, не в пример Елизавете Ломоносовой, хорошей хозяйкой. Как и Ломоносов, Миллер был вспыльчив и сварлив, но притом довольно добросердечен. Вообще у двух великанов было немало общих черт — потому им так трудно было поладить друг с другом. Таким людям было просто тесно рядом.

Кроме Миллера, в академии был второй профессор истории, Иоганн Эбергард Фишер, личность в своем роде тоже примечательная. В свое время он некоторое время был ректором Академической гимназии. Для этой должности он годился: латинистом он был отменным. В 1739 году он в чине адъюнкта (хотя ему было уже за сорок!) был отправлен в Камчатскую экспедицию. Там он особых открытий не совершил — в основном путался под ногами у Миллера и Гмелина. Зато своим нравом адъюнкт Фишер прославился на всю Сибирь: он, как «государев человек», отказывался платить мяснику (по-русски Фишер без переводчика объясниться не мог, но эти слова знал); он путешествовал по сибирским дорогам на 52 лошадях, с охраной из десяти солдат; во время одного из переездов он «не изволил ехать на лошади, а велел сделать колыбель или качку и в ней себя везти; и трость свою… велел наперед себя нести таким образом, якобы перед архииереем носят». В конце концов один из солдат, не выдержав, крикнул на Фишера «слово и дело». Незадачливого ученого до 1747 года продержали в Сибири под арестом. Освободившись, он писал Шумахеру: «Подлинно я виноват, да еще и не мало, которая моя вина разве по милости Академии наук прощена быть может». Фишера не только простили, но и дали ему профессорский чин; он помогал Миллеру в работе над «Сибирской историей» и, как в прежние годы, руководил гимназией, благо кроме латыни он и русский язык за годы заключения освоил недурно. Когда же открылся университет, ему поручили надзор за бытом и нравственностью студентов.

Университет открылся в 1748 году. Год этот был для академии трудным: накануне, 5 декабря 1747 года, случился тот самый пожар, который уничтожил набор ломоносовской «Риторики». Как свидетельствует официальный рапорт императрице графа Разумовского, «понеже начало огня учинилось под самой кровлею, а не в палатах, и огня около того времени, ниже топления печей не было, кроме обыкновенного фонаря внизу, при часовом, то по рассуждению моему, где-нибудь труба была проведена возле накатного бруса и так сверху землею, а снизу подмазкой закрыта была, и что… она от худого строения, а больше от ветхости и расселася». Пожар начался в башне, в бывшей квартире Делиля под обсерваторией; по приказу Разумовского там были поселены ученики «грыдоровального и рисовального искусства».

Погибли обсерватория со всеми инструментами, Гольштейн-Готторпский глобус (затем восстановленный), этнографические коллекции, которые Миллер столько лет собирал в Сибири, — «китайские вещи, платье разных сибирских народов, их идолы, бубны». Пострадал архив. Удалось спасти препараты Рюйша, минеральную коллекцию, большую часть библиотеки, восковую персону Петра. Подоспевший на пожар Нартов вынес «собственные токарные инструменты» царя-преобразователя.

Ломоносов, разумеется, винил во всем самоуправство Шумахера, который ради расширения канцелярии перевел другие отделения академии в неудобные и неприспособленные помещения. По его же словам, «разные были о сем пожаре рассуждения, говорено и о Герострате». Академия на некоторое время переехала в старый дом баронов Строгановых на Тучковой набережной…

И все же университет с осени начал работу. Но Ломоносов, который так хлопотал об образовании российского юношества, так упрекал собратьев в пренебрежении этим призванием, сыграл в этом второстепенную роль. Правда, в 1746 году он подавал прошение о новом наборе студентов по семинариям — и оно, вероятно, подтолкнуло события. Уже в 1748-м он — не по собственной инициативе, а по просьбе Академического собрания — кратко изложил (наряду с другими профессорами) свою точку зрения на будущий университет. По мнению Ломоносова, «в Университете неотменно должно быть трем факультетам: юридическому, медицинскому и философскому (богословский оставляю синодальным училищам), в которых бы производились в магистры, лиценциаты и докторы. А ректору при нем не быть особливому, но все то знать эфору или надзирателю, что во внесенном в Историческое собрание на ректора положено, ибо ректор в университете бывает главный командир, а здесь он будет иметь одно только имя. Не худо, чтобы Университет и Академия имели по примеру иностранных какие-нибудь вольности, а особливо, чтобы они были освобождены от полицейских должностей». Это «мнение» особенно интересно своей близостью к разработанному Ломоносовым проекту Московского университета — проекту, в основном нашедшему воплощение.