Современники отметили, что Скопин не спешил освобождать столицу. Исаак Масса с нескрываемой иронией отзывался о затянувшемся походе: «…против всякого чаяния Москва больше года выдерживала осаду, пока эти освободители подходили к ней и соединялись вместе; неприятель тем временем опустошил всю окрестную страну».

Князь Михаил Скопин медлил с возвращением в столицу не только из-за недостатка сил. При господстве местнических порядков воевода по прибытии в Москву имел мало шансов удержать высшее военное командование в своих руках. В столице ему неизбежно пришлось бы терпеть мелочную опеку со стороны государя, его постоянное вмешательство в военные дела.

Дело не ограничивалось соображениями личной карьеры. У воеводы были все основания бояться, что плоды его побед исчезнут в неловких руках старших Шуйских.

Скопин не простил дяде того, что в дни похода на Незнань тот сместил его и отослал в Новгород перед решающим столкновением.

Царь Василий не лукавил, когда обещал москвичам, что воевода Скопин со дня на день освободит столицу. В критические моменты он не раз посылал боярину настоятельные приказы спешить на выручку «царствующему граду», но добиться послушания от воеводы не мог. Между тем из-за промедления Скопина монарх мог лишиться трона.

Скопин полтора года вел войну по своему плану и разумению, пренебрегая приказами из Москвы. Рознь между царем и его племянником становилась все более заметной. До Александровской слободы было рукой подать. Однако прошло пять долгих месяцев, прежде чем рать Скопина прибыла в столицу.

С наступлением весны князь Михаил Скопин и Яков Делагарди в сопровождении союзной армии торжественно вступили в Москву.

12 марта 1610 г. Скопин ввел к царю шведского полководца, которому в качестве особой милости позволено было явиться в залу с саблей в ножнах.

Столица оказала поистине царский прием герою, что усилило подозрения Шуйского. Оставшись наедине с племянником, царь Василий попытался объясниться с ним начистоту. В пылу семейной ссоры Скопин-Шуйский будто бы посоветовал дяде оставить трон, чтобы земля избрала другого царя, способного объединить страну.

Если все так и было, Скопин сам подписал себе смертный приговор. В роду московских государей мало кто из удельной родни умирал естественной смертью.

В силу своей исключительной знатности Скопин-Шуйский имел право занять трон или по крайней мере получить удельное княжество. Его право было подкреплено выдающимися воинскими заслугами. Но требовал ли Скопин для себя удела, неизвестно.

Авраамий Палицын подчеркивал, что лица из ближайшего окружения государя (в их числе князь Дмитрий Шуйский) всячески интриговали против славного воеводы: «с клятвою подходят в тайных думех самодержца, яко вся земля Росийскаа почитают князя Михаила паче тебя, великий царю, еще же и скипетроносца хотят его видети».

Конфликт между Скопиным и монархом был замечен не только поляками, но и шведами, находившимися в столице. Командующий союзным шведским войском Яков Делагарди настойчиво советовал боярину как можно скорее покинуть Москву, видя кругом «ненависть и злобу».

Московское командование спешно готовило армию к решающему сражению с королевскими войсками. На выручку Смоленску должны были выступить главные силы. В соответствии с традицией, главную армию могли возглавить либо сам царь, либо старшие бояре думы. Таковыми были князь Федор Мстиславский и конюший боярин князь Дмитрий Шуйский.

Царю Василию предстоял трудный выбор. Народ чествовал Скопина как героя и ждал, что он будет назначен главнокомандующим. Но было очевидно, что новые победы Скопина неизбежно повысят его шансы на обладание короной.

Братья царя не скрывали тревоги. Царь Василий не имел детей, и его брат Дмитрий готовился использовать это обстоятельство. Чин конюшего боярина, пожалованный Дмитрию, имел особое значение. В качестве «начального боярина» конюший в периоды междуцарствия наделялся особыми прерогативами. По свидетельству папского легата Антонио Поссевино, в Московском государстве конюшие обладали правом выбора царя, когда трон был вакантен. Еще более определенно высказался знаток московских порядков дьяк Григорий Котошихин: «А кто бывает конюшим, и тот первый боярин чином и честью; и когда у царя после его смерти не останется наследия, кому быть царем кроме того конюшего? Иному царем быти некому, учинили бы его царем и без обирания».

Конюший Дмитрий Шуйский надеялся унаследовать трон после смерти брата. Однако стремительная карьера Скопина грозила расстроить его планы. Стоя на городском валу и наблюдая торжественный въезд Скопина, Дмитрий не удержался и воскликнул: «Вот идет мой соперник!»

Дмитрий использовал все средства, чтобы скомпрометировать воеводу. Явившись к монарху, он обвинил Скопина в стремлении захватить власть и в решении, принятом по собственному усмотрению, о передаче шведам ряда замков и земель в обмен на военную помощь. Такое обвинение затрагивало патриотические чувства народа. Договор, заключенный Скопиным со шведами, предусматривал передачу им Карелии. Покушение на территориальную целостность страны всегда влекло за собой обвинение в государственной измене.

Царь Василий будто бы защищал воеводу. Дело дошло до ссоры, и самодержец якобы ударил брата посохом. Вскоре монарх поручил Скопину и еще двум боярам разработать вместе с Делагарди план предстоящей военной кампании. Шведы потребовали предварительно передать им все обещанные земли. Под этим предлогом Делагарди отказался участвовать в совещании. Демарш шведского главнокомандующего поставил Скопина в затруднительное положение.

Боярская Москва задала в честь Скопина пир, длившийся много дней. В конце апреля после очередного празднества воевода почувствовал себя плохо и вскоре скончался.

На страницах Дневника похода Сигизмунда III под Смоленск находим самое раннее известие о кончине Скопина. 3 мая 1610 г. составитель Дневника пометил: «…жена Дмитрия Шуйского отравила его на крестинах, каким образом, это еще не известно, но он болел две недели и не мог оправиться». Сведения были получены поляками от двух московских детей боярских перебежчиков, прибывших из Можайска.

Князь Михаил умер, согласно панихидной записи Кремлевского Архангельского собора, 23 апреля, а значит, заболел 9 апреля 1610 г. Гетман Жолкевский в Записках воспроизвел версию о насильственной смерти Скопина: он «умер отравленный (как сперва носились слухи) по изветам Шуйского, вследствие ревности, бывшей между ними». Позднее гетман сделал важную оговорку: «…между тем, если начнешь расспрашивать, то выходит, что он умер от лихорадки». Первые известия Жолкевский получил из тех же источников, что и Сигизмунд III. Но в сентябре 1610 г., по прибытии в Москву, он виделся с Воротынским, Шуйскими и с женой Дмитрия Екатериной. Жолкевский увез братьев Шуйских и Екатерину в Польшу.

В пути он имел возможность подолгу беседовать с ними. Понятно, что пленники старались оправдать себя.

Из «Рукописи Филарета» следует, что Скопин был в доме Воротынского на крестинах его сына: «…разболеся сей храбрый и разсмотрительный воевода князь Михаил Васильевич, и умре, глаголют убо неции, яко отравлен бысть, на крестинном пиру, у князя Ивана Михайловича Воротынского, егда крести сына своего Алексея, от князя Дмитреевы жены Ивановича Шуйского, от княгини Екатерины, в вине на перепиванье. И тако едва дойде до монастырню пазуху, потом пустися руда из носа и изо рта…» В окончательной редакции «Рукописи Филарета» все сведения об отравлении Скопина были тщательно вычеркнуты.