Оценивая в целом ситуацию в России, наиболее радикально настроенные чеченские руководители приходили к выводу о том, что Российская Федерация находится в столь глубокой фазе распада, что можно нанести по ней решительный удар, от которого она окончательно развалится. Со стороны полевых командиров и даже от правительства Масхадова не раз раздавались угрозы перенести вооруженные действия на территорию собственно России. На эти провокационные выпады не было никакой реакции, что только возбуждало аппетиты боевиков, которые давно присматривались к соседнему Дагестану, как наиболее уязвимому субъекту Российской Федерации. Там уже имелось довольно компактное чеченское население в Хасавюртском районе, которое симпатизировало своим соотечественникам и оказывало им помощь сбором разведывательных данных, предоставляло кров и убежище во время диверсионно-террористических рейдов из Чечни в Дагестан. Опорой для боевиков могли служить села ваххабитов, расположенные в горных - Цумадинском и Ботлихском - районах Дагестана. Оттуда давно поступала информация, что ваххабитские села превращаются в мощные укрепленные районы, что туда не допускаются представители местной власти и правоохранительных органов. Разумеется, расчет делался на то, что Дагестан является самой многонациональной республикой в составе России и там в случае возникновения кризисной ситуации может вспыхнуть национальная рознь. В пропагандистской работе делался упор на то, что когда-то, во времена имама Шамиля, Дагестан и Чечня составляли единое исламское государство и теперь настелило время для его восстановления. Присоединение Дагестана выводило боевиков на границу с Калмыкией, президент которой Кирсан Илюмжинов давно уже кокетничал с идеей отделения от России. Выход чеченцев к Каспийскому морю открывал безграничные перспективы на участие в нефтяных проектах по добыче и транспортировке нефти на Запад.

Пока в Кремле находилась агонизирующая ельцинская клика, пока Российская армия демонстрировала свою недееспособность и вся страна пребывала в моральной прострации и духовном упадке, казалось, боевики и в самом деле в состоянии осуществить свой план. С первых чисел августа 1999 г. на территорию Дагестана началось просачивание первых групп и отрядов чеченских боевиков. Вторая чеченская война затеплилась незаметно, а затем стала разгораться, как сухой валежник. Командовали бригадой вторжения Шамиль Басаев, хорошо известный по нападению на город Буденновск, и дотоле не очень знакомый россиянам загадочный араб Хаттаб, который якобы происходит из Саудовской Аравии, является если не учеником, то последователем террориста бен Ладена, ревностным ваххабитом. Численность вторгшихся точно определить было нельзя, потому что к ним быстро примкнули ваххабиты из местных жителей и другие сторонники, но, по оценке дагестанских спецслужб, пришельцев из Чечни было не менее двух тысяч.

4 августа Госсовет Дагестана обратился к Москве с просьбой о срочной присылке воинских сил для предотвращения массированного вторжения боевиков. В Москве поднялась паника. В штаб Северокавказского военного округа полетели приказы мобилизовать все транспортные средства для переброски боеспособных частей в Дагестан. В Махачкале и Буйнакске приземлялись почти непрерывно самолеты с поднятыми по тревоге подразделениями, которые тут же перегружались в военно-транспортные вертолеты и отправлялись в горные села Ботлихского и Цумадинского районов, где уже несколько дней шли бои местной милиции и ополченцев из местного населения с вторгшимися боевиками.

Б. Ельцин отдал приказ премьер-министру С. Степашину лично выехать в Дагестан, чтобы разобраться в обстановке и принять неотложные меры, но бывший пожарник только раздражал своими неуместными распоряжениями вроде приказа "атаковать Басаева и Хаттаба где бы то ни было". Выяснилось, что на границе с Чечней не было сделано ничего для предотвращения новой войны. Не был приведен в действие давнишний план, разработанный еще под влиянием похищения Г. Шпигуна и предусматривающий занятие российскими войсками левобережья Терека. Не был установлен военный контроль над господствующими высотами на дагестано-чеченской административной границе, а теперь там хозяйничали боевики Басаева. Раздраженный Б. Ельцин уже 5 августа вызвал к себе С. Степашина и объявил ему о предстоящем смещении с поста премьер-министра и предложил завизировать проект Указа о назначении В. В. Путина вице-премьером. Это была необходимая формальность, чтобы назначить Путина через несколько дней премьером. Решение президента оказалось неожиданным даже для лиц из самого близкого окружения. А. Чубайс, узнав о выборе кандидатуры Путина, стал настойчиво добиваться встречи с Б. Ельциным, чтобы отговорить его от этой затеи. Чубайс переговорил и с самим Путиным, стращая его невообразимыми трудностями, ожидавшими его в случае принятия поста премьера, но все было тщетно. Впервые Б. Ельцин не послушался своего вечного кукловода, он явно понимал, что никто из чубайсовских птенцов в складывающейся ситуации не сможет удержать контроль над страной. Нужна была совершенно новая фигура. Общество было сыто "чубайсятами" по горло.

9 августа 1999 года, когда в Дагестане уже шли широкомасштабные бои, были сбиты первые два вертолета Российской армии, Б. Ельцин объявил об отставке С. Степашина и назначении премьером В. Путина, который сразу начал формирование правительства как кабинета войны. В. Путин получил от президента все необходимые полномочия для руководства операцией и энергично взялся за дело. Во-первых, он поставил вопрос о должном материально-техническом оснащении войск, дислоцированных на Северном Кавказе, честно сказав, что не считает справедливым, когда российские миротворцы в Боснии получают по тысяче долларов в месяц, а военнослужащие, рискующие жизнью на Кавказе, не вовремя получают даже свою зарплату. Было дано указание исправить это ненормальное положение.

Управление войсками было передано Генеральному штабу. Мы перестали стыдливо делать вид, что не используем регулярную армию, а лишь восстанавливаем конституционный порядок с помощью сил и средств МВД. Теперь в действие были введены ВВС, установки залпового огня "Град", тяжелая артиллерия. Местные дагестанские ополченцы получили оружие и выполняли боевые задачи наравне с военнослужащими. Их роль в отражении агрессии очень велика, они служили проводниками для армейских подразделений, мужественно обороняли родные селения до подхода подкреплений, несли караульную службу и прочее.

Но главным фактором стала постоянно демонстрируемая новым премьер-министром политическая воля к победе над зарвавшимися террористами. В памяти народной остались его слова: "Бандитов, если понадобится, будем мочить даже в сортире". Такая позиция резко контрастировала с вялым двоедушием всех предыдущих российских политиков, болтавшихся между угрозами и трусостью, меж войной и миром. Б. Ельцина в эти недели и месяцы как волной смыло со всех публичных подмостков.

Официальное руководство Чечни предприняло было попытки развязать информационную войну против России, которая так помогла ему выиграть первую войну. Посыпались намеки, что, дескать, российские спецслужбы сами организовали вторжение в Дагестан, чтобы получить предлог для действий против Чечни. Поговаривали, что и сам Шамиль Басаев на российских вертолетах летал из Чечни в Дагестан и обратно, но в это мало кто верил. Американский журналист Павел Хлебников, автор нашумевшей книги с разоблачениями Б. Березовского, имел в те дни интервью по телефону с Масхадовым, пытавшимся заверить американца, что он не имеет отношения к событиям в Дагестане: "Басаев - это рядовой гражданин Чечни. Он может ехать в Дагестан, Косово, Боснию, но он представляет только себя, Шамиля Басаева. Он ни в коем случае не представляет чеченский народ, тем более чеченское правительство. Это десяток людей, которые отпустили бороды, сторонники большого джихада. Это управляемые кем-то, откуда-то профинансированные, даже не без участия финансовой олигархии из Москвы, которая окружает Ельцина" (П. Хлебников. "Крестный отец Кремля Борис Березовский, или История разграбления России". М., 2001, стр. 296).