Сан-Мартин вновь отправился в долгое путешествие до Буэнос-Айреса. На этот раз он сделал это по настойчивому требованию Пуэйрредона, который считал, что Сан-Мартин должен пойти навстречу пожеланию народа, желающего чествовать своего героя и отпраздновать победу. «Чрезвычайно важно, чтобы вы спланировали свое путешествие так, чтобы прибыть в город днем. С места вашей последней остановки дайте мне знать о своем приближении за час до прибытия, чтобы Генеральный штаб и т. п. могли встретить Вас в Сан-Хосе-де-Флоресе».

Сан-Мартина ожидали 12 мая, но он прибыл на рассвете 11-го. Верхом на лошади он неожиданно подъехал к дому родителей своей жены. Наконец-то он смог обнять жену и дочь, по которым очень скучал. Правительство Буэнос-Айреса предоставило в распоряжение Сан-Мартина дом на центральной площади города. Для того чтобы Сан-Мартин не смог отказаться от него, дом подарили его дочери. Сан-Мартин вынужден был присутствовать на торжественной церемонии с парадным шествием и речами. Церемония проходила на городской площади. Ночью состоялось театральное представление, посвященное Цезарю, и шествие по улицам с тысячами свечей.

Но Сан-Мартин приехал для того, чтобы добиться принципиального согласия на атаку Лимы с моря. И сумел убедить в этом Пуэйрредона и знатных граждан Буэнос-Айреса. Они хотели, чтобы Сан-Мартин вернулся со своей армией и уничтожил остатки испанских войск, расположенных вдоль Ла-Платы, и защитил их от нового вторжения. Доходили известия, что в Мадриде планируют послать в Буэнос-Айрес войско из двадцати тысяч солдат. Сан-Мартин сказал, что с остатками испанских войск на Ла-Плате аргентинцы смогут справиться сами, а якобы неминуемое вторжение испанцев — всего лишь слухи, распространяемые ими самими, чтобы посеять панику в Аргентине.

Сан-Мартин, видя, что спор затягивается, пригрозил, что уйдет в отставку. Встревожившись, Пуэйрредон согласился финансировать экспедицию по захвату портов южнее Лимы. Он также согласился спровоцировать восстание среди перуанцев. Это были довольно ограниченные цели. План захвата Лимы был значительно сложнее и дороже обходился казне. Было принято компромиссное решение.

Аргентинцы согласились дать пятьсот тысяч песо. В середине июня Сан-Мартин вместе с женой и дочерью отправился в любимую Мендосу для того, чтобы провести там счастливый месяц. Вскоре Пуэйрредон написал ему, что не может собрать обещанные деньги. Рассвирепев, Сан-Мартин отправил прошение об отставке. Прижатый к стенке Пуэйрредон отвечал: «Не знаю, как я не сошел с ума. Давайте забудем об отставках. Если обстоятельства и оправдывают вас, то только не сейчас. Клянусь жизнью, если вы настаиваете, я сам тотчас же уйду в отставку. Мы должны выйти из этой ситуации с честью, помогая друг другу».

Сан-Мартин отозвал свое прошение об отставке. Чтобы собрать деньги, он изымал их у предпринимателей, проезжавших по его провинции из Чили в Буэнос-Айрес, выдавая взамен векселя от имени правительства. Векселя должен был оплатить Пуэйрредон. Сан-Мартин также получил около двухсот тысяч песо, отправленных из Буэнос-Айреса. После этого, оставив свою семью в Мендосе, Сан-Мартин через Анды опять отправился в Сантьяго.

1819 год стал переломным для Сан-Мартина. Аргентине грозила опасность. Вдобавок разразилась гражданская война между провинциями и столицей. Пуэйрредон приказал Сан-Мартину вернуться из Сантьяго в Буэнос-Айрес со своей Андской армией. На самом деле поговаривали, что эта армия предназначалась для американцев, восставших в Кадисе.

Но Буэнос-Айрес все еще вынужден был бороться с восставшими провинциями. Сан-Мартин послушно направил около двух тысяч человек в Мендосу. В его распоряжении осталось две тысячи восемьсот аргентинских солдат в Чили и четыре тысячи четыреста чилийцев. Сан-Мартин понял, что его нападение на Перу вновь откладывается. Переживания, связанные с этим, вызвали очередной приступ болезни. И он вновь подал прошение об отставке.

Сан-Мартин возвратился в Мендосу с половиной оставшихся у него людей, пытаясь таким образом оттянуть время. Известие о том, что Северная армия Аргентины восстала, захватив в плен Бельграно, привело Сан-Мартина в смятение.

Хай, посетивший Сан-Мартина в Мендосе, обнаружил «героя Майпу в постели, больного, бледного и исхудавшего». Хай писал: «Если бы не блеск в его глазах, я бы совсем не узнал его. Увидев меня, он с трудом улыбнулся и протянул руку».

Сан-Мартин вновь отправился в путешествие через Анды, на этот раз в Вальпараисо. Там уже готовились к вторжению испанцев. Плохие новости преследовали Сан-Мартина. Правительство его друга Пуэйрредона пало. Сан-Мартин заявил, что, поскольку правительства, которое назначило его, уже не существует, он обратится к своим офицерам с просьбой самим выбрать себе командира. Офицеры выбрали его. Он решил, что поскольку теперь облечен доверием офицеров и не зависит от власти Буэнос-Айреса, то вполне может пренебречь приказом павшего правительства о возвращении его армии в столицу. Таким образом, под благовидным предлогом он возглавил восстание с половиной своей армии.

Разумеется, из Буэнос-Айреса на него обрушился поток обвинений. Во второй раз — впервые это произошло, когда он дезертировал из Испании, — он был объявлен бунтовщиком и предателем. Его обвиняли в том, что он украл аргентинскую армию и пренебрег проблемами своей страны. Его обвинили также в стремлении захватить единоличную власть в Лиме. Говорили, что он украл пятьсот тысяч песо из аргентинской казны. На самом деле он получил не больше двухсот тысяч, причем под утвержденный проект. В глубине души Сан-Мартин понимал, что уничтожение власти Испании в ее главной цитадели значительно важнее, чем внутренние распри Аргентины. Теперь настал черед чилийцев помочь Сан-Мартину.

Обычно сдержанный, Сан-Мартин в июле 1820 года публикует обращение к народу бывшего вице-королевства Ла-Плата. В нем он объясняет людям причины своей отставки и пророчески предупреждает их об опасности:

С половиной своего двухтысячного войска Сан-Мартин отправился в Мендосу, которая опять поддерживала его. В его распоряжении было около четырех тысяч семисот солдат, готовых для вторжения в Лиму, хотя он полагал, что необходимо не меньше шести тысяч. Экспедиция началась в августе 1820 года из залива Вальпараисо. У Сан-Мартина было 25 пушек, 15 тысяч мушкетов, 2 тысячи мечей, запасы пищи для 5 тысяч человек (сухари, мука, вяленая говядина), амуниция и седла, 800 лошадей и печатный станок.