В 1799 году, когда его корабль уходил из Палермо, Кокрейн познакомился с Нельсоном. Легендарный адмирал дал молодому лейтенанту совет: «Никогда не думай о маневрах, иди прямо на врага». В мае 1800 года в возрасте двадцати пяти лет Томас был назначен командиром небольшого корабля. Это был бриг «Спиди». Через год, покинув испанский берег, Кокрейн начал применять умелые обманные действия, которые стали его визитной карточкой. Перекрасив свой корабль так, что тот стал похож на нейтральный датский корабль, Кокрейн поднял желтый карантинный флаг. Увидев его, испанский фрегат, уже собиравшийся взять корабль Томаса Кокрейна на абордаж, поспешно дал задний ход. В другой раз лорд обманул испанский корабль, преследовавший его, сбросив в воду деревянный бочонок с горящей свечой. Стояла ночь. Кокрейн погасил огни на «Спиди» и в темноте ускользнул от испанцев, которые продолжали преследовать бочонок.

В мае 1801 года Кокрейн одержал первую настоящую победу. Преследуя испанские канонерские лодки, чтобы загнать их в Барселону, маленький «Спиди» столкнулся с тридцатидвухорудийным испанским фрегатом. Вместо того чтобы отступать, Кокрейн поднял американский флаг, пытаясь обмануть испанцев, и пошел прямо на них. «Спиди» оказался почти борт к борту с испанским фрегатом. Как писал сам Кокрейн, «высота фрегата над водой была такой, что все его выстрелы должны были неизбежно пройти над нашими головами, мы же, подняв наши орудия вверх, смогли бы ударить по главной палубе… Большое неравенство сил вынуждало принимать решительные меры. Я решил идти на абордаж».

Половина матросов Кокрейна, вымазав лица, перебрались через борт на нос фрегата, приведя этим испанцев в замешательство. Воспользовавшись этим, Кокрейн с оставшимися на борту матросами начал внезапное наступление. После ожесточенной схватки он громко приказал матросам вновь идти в атаку на фрегат. На самом деле никакой атаки не было. И тут испанцы увидели, что их флаг спущен, — это означало капитуляцию. И они послушно капитулировали, не подозревая, что флаг спустили люди Кокрейна.

Так сорок восемь матросов Кокрейна захватили в плен двести шестьдесят три испанца. Их всех запихнули в трюм и держали там под прицелом двух пушек, дула которых были просунуты через решетку. Это должно было предотвратить попытку испанцев освободиться. Испанский фрегат стал добычей англичан и был отправлен на Менорку. Сражение произвело большое впечатление на английское общество. Однако повышение по службе, которого Кокрейн ожидал для себя и требовал для своего помощника, произошло не скоро. «Спиди» теперь сопровождал другие корабли, плававшие между Меноркой и Гибралтаром.

Отвага и энергия Кокрейна сочетались с пренебрежением к дисциплине. У молодого лейтенанта были неприятности из-за несоблюдения субординации. Вернувшись домой в отпуск в конце лета 1801 года, он вновь стал враждовать с графом Сент-Винсентом, первым лордом адмиралтейства. Причиной ссоры стало хищение денег, предназначавшихся Кокрейну в качестве награды за победу над испанцами, и непродвижение по службе его помощника.

Вызывающее поведение Кокрейна спровоцировало Сент-Винсента на провокационное высказывание, что «небольшое количество погибших людей на борту „Спиди“ еще не гарантирует продвижения по службе». В ответ на это Кокрейн неосторожно заметил, что на борту первого флагмана лорда Сент-Винсента в битве у острова Сент-Винсент погиб всего один человек. Надо сказать, что лорд Винсент чувствительно относился к любым напоминаниям об этой битве. Многие считали, что он намеренно не вступил в бой в тот день.

Продление отпуска, связанное с Амьенским миром, подписанным в марте 1802 года, позволило Кокрейну восстановить пробелы в своем образовании. Он понимал, что должен учиться дальше. Когда он не был занят борьбой с начальством и сражениями на море, то много времени проводил за книгами. Теперь он отправился в Эдинбург и записался в университет — к знаменитому профессору философии Дугалду Стюарту.

В мае 1803 года возобновилась война между Британией и Францией. Сент-Винсент, забыв обиды, позволил Кокрейну командовать кораблем, раньше транспортировавшим уголь. Корабль назывался «Араб». Когда Кокрейн увидел его в первый раз в Плимуте, то сказал: «Он будет плавать как стог сена». На «Арабе» он проплавал больше года, охраняя рыболовные суда на Оркнейских островах. Сент-Винсент характеризовал Кокрейна как человека, «не верившего никому на слово… сумасшедшего, романтичного, жадного до денег и к тому же лгуна».

К 1804 году Сент-Винсента сместили. Кокрейн был назначен капитаном тридцативосьмиорудийного фрегата «Паллас». Из-за банкротства своей семьи Томас Кокрейн был одержим идеей поправить финансовые дела и сделать карьеру. Он научился невероятно ловко захватывать трофеи. За несколько недель состояние Томаса возросло до семидесяти пяти тысяч фунтов.

На обратном пути с Азорских островов в марте 1805 года «Паллас» подвергся неожиданному нападению трех вражеских кораблей. При усиливающемся ветре и больших волнах Кокрейн ускорил ход и повел корабль зигзагом, виляя перед вражескими кораблями. Но два вражеских судна вскоре все-таки нагнали «Паллас». Они шли по сторонам от него на расстоянии полумили. Третий корабль, державшийся в отдалении, приготовился стрелять.

И тут на «Палласе» одновременно подняли все паруса. Тогда же штурвал на корабле был повернут на сто восемьдесят градусов. «Паллас» ринулся вперед через шторм. Ядра вражеских пушек не долетали до него. Кокрейн вновь велел поднять паруса, и на большой скорости, делая тринадцать узлов в час, «Паллас» пошел в противоположном направлении. Для того чтобы изменить курс и возобновить преследование, вражеским кораблям понадобилось проплыть несколько миль. С наступлением ночи Кокрейн с успехом повторил свою уловку с бочонком и свечой.

Когда у Томаса было уже достаточно денег, он решил заняться политикой и выдвинул свою кандидатуру на выборах в парламент от захудалого городка Хонитона, что рядом с Плимутом. Его отказ покупать голоса стоил ему места в парламенте. Но зато он вознаградил своих сторонников, выдав по десять гиней каждому. Это было вдвое больше, чем давали за свои голоса победившие его оппоненты. Он сделал так, чтобы его сторонники «смогли устоять перед взятками».

Какое-то время «Паллас» нес конвойную службу между Плимутом и Квебеком. А в начале 1806 года «Паллас» перевели на Ла-Манш, недалеко от побережья Франции. В апреле 1806 года, узнав, что несколько французских корветов укрылось в Гаронне, Кокрейн, оставив костяк экипажа на «Палласе», послал корабельные лодки в ночную атаку на патрульный корабль французов «Тапажёз». Моряки Кокрейна успешно справились с поставленной задачей, но на реке появились еще три вражеских корабля.

Кокрейн опять прибегнул к уловке. При помощи сложной веревочной системы все паруса «Палласа» развернулись одновременно, создавая иллюзию мощи. Французы, в панике меняя курс, налетели на мель. Это дало Кокрейну возможность увести захваченный «Тапажёз» и его моряков. Узнав об этом, Наполеон окрестил Томаса Кокрейна «морским волком».

В августе 1806 года Кокрейна назначили капитаном фрегата «Амперьёз». Это тридцативосьмиорудийное судно водоизмещением в тысячу сорок шесть тонн было захвачено у испанцев. «Амперьёз» стал самым быстрым кораблем этого класса на британском военно-морском флоте. Среди корабельных гардемаринов был молодой Фредерик Маррьят. Позднее он станет писать романы под именем Капитан Маррьят. Вот отрывок из его воспоминаний: