Иуда Бенджамин не ввязывался в политические или штабные распри. По-прежнему сдержанный и невозмутимый, он избрал для себя роль чиновника-администратора. Уже после краха Конфедерации арестованный Дэвис однажды признался своему тюремному врачу, что в его кабинете был лишь один человек без личных амбиций — Иуда Бенджамин. Как военный министр он сделал немало для создания боеспособной армии и его усилия дали свои плоды в успешной военной компании осени 1862 года. Но современники не смогли оценить роль Бенджамина по достоинству: слава побед доставалась генералам Дикси, горечь поражений ложилась на плечи военного министра.

В феврале 1862 года войска Улисса Гранта осадили хорошо укрепленный форпост западной Конфедерации — форт Донельсон на реке Теннесси. Неудачную оборону крепости возглавлял генерал Бакнер, с которым Грант учился в Вест-Пойнте, а затем воевал в Мексике. Когда-то Бакнер одолжил нищему капитану Гранту денег, чтобы помочь тому добраться до дома после увольнения из армии.

Утром 16 февраля генерал Бакнер, отчаявшись удержать крепость, направил бывшему однокашнику письмо с предложением оговорить возможные условия своей капитуляции. Ответ Гранта вошел во все исторические монографии: «Единственным условием является безусловная капитуляция». Рассказывают, что в момент сдачи южанами оружия, Грант подошел к своему бывшему кредитору и протянул ему кошелек с занятой когда-то суммой.

Трудно передать, что творилось на Севере в те дни. Газеты выходили с огромными заголовками «Враг отступает!», «Полная победа!», «Безоговорочная капитуляция!» Счастливые мальчишки-продавцы сновали по улицам Нью-Йорка и Филадельфии, Вашингтона и Чикаго, наперебой выкрикивая эти заголовки, повсюду возникали стихийные митинги и шествия. В том же феврале 1862 года Конфедерация понесла еще одну ощутимую потерю: войска Севера взяли с боем форт Роанок в Вирджинии. Виновником случившегося пресса и политики Юга объявили военное министерство, не доставившее подкрепление для форта. Самой удобной мишенью для критики стал, естественно, Бенджамин. Сам военный министр хранил молчание, что приводило его противников в еще большее исступление. Похороны капитана Вайза, сына губернатора Вирджинии, погибшего в этом бою, превратились в политическую демонстрацию в Ричмонде. Конгресс приступил к рассмотрению резолюции о некомпетентности военного министра.

«Я несу персональную ответственность за Роанок», — в течение нескольких часов повторял «Иуда Конфедерации» в ходе допроса в комиссии Конгресса. Много лет спустя, когда ушли из жизни основные участники тех событий, полковник Ч. Маршалл, штабной офицер в Ричмонде, опубликовал «Секретную историю Конфедерации», где рассказал всю правду о случившемся. Трагическая истина, которую всячески старались скрыть в те дни, заключалась в том, что у правительства Конфедерации не было ни пороха, ни вооружения для поддержки гарнизона форта. Своим молчанием Иуда Бенджамин защитил от нападок президента Дэвиса. Взяв на себя роль главного виновника военных неудач, он возвращал Джефферсону Дэвису свой долг за несостоявшуюся шесть лет назад дуэль. Военный министр подал прошение об отставке. Всего за годы войны шесть человек возглавляли военное министерство и четверо сменились на посту генерального прокурора Конфедерации.

Как никто другой, Иуда Бенджамин понимал, что реальное соотношение военных и экономических сил Севера и Юга не оставляет надежд на победу Конфедерации в этой войне. Выйдя в отставку, он мог бы вести жизнь частного лица или получить выгодную и мало обязывающую должность. Он даже мог под благовидным предлогом покинуть страну, как это сделали многие богатые плантаторы Луизианы. Но Бенджамин предпочел разделить свою судьбу с любимым им Югом и остался в кабинете Дэвиса.

17 марта 1862 года президент Дэвис утвердил Иуду Филиппа Бенд жамина в должности государственного секретаря Конфедеративных Штатов. Впервые в истории еврей занимал самый высокий пост, доступный иммигранту в американской государственной иерархии. Столичная газета «Экзаминер» в лице ее главного редактора отреагировала на назначение так: «Присутствие Синагоги не уменьшилось; оно остается в полной мере».

Гражданская война в США охватила огромное пространство — от Потомака до Мексиканского залива, от Вирджинии до бескрайних территорий американского Запада (в состав Конфедерации вошли Индейские территории, и пять крупнейших индейских республик послали своих представителей в Ричмонд). Еще более обширными были военные действия Севера и Юга на морях. Самое северное из морских сражений в Атлантике случилось близ Полярного круга, самое южное — у берегов Бразилии. Летом 1863 года, преследуя торговое судно южан, военный корабль США подверг обстрелу японский порт Йокогаму. В июне 1864 года художник Эдуард Мане стал свидетелем последнего боя фрегата «Алабама» с кораблем северян близ французского порта Шербур. Взволнованный увиденным, Мане запечатлел один из самых драматических моментов поединка: капитан военного шлюпа США Уинслоу потопил у берега Ла-Манша конфедератский крейсер капитана Семмса. Оба американских офицера в молодые годы несли службу на одном корабле и даже делили одну каюту.

Не меньшее значение в истории конфликта сыграла и дипломатическая война в Европе. Иуда Бенджамин был в числе тех политиков Юга, кто понимал, что судьба Дикси зависит не только от доблести ее генералов, но и от эффективных внешнеполитических действий правительства. Трудностей на международном фронте Гражданской войны было не меньше, чем на полях сражений. Перед государственным секретарем Конфедерации стояли две почти невыполнимые задачи: добиться дипломатического признания молодой республики и получить крайне необходимую для Юга военную и финансовую помощь.

Бенджамин начал с перестройки дипломатических служб. Эмиссары, посланные прежним госсекретарем Р. Тумбсом в Англию, Францию и Испанию, не смогли добиться многого. Они увязли при европейских дворах в бесплодных дискуссиях о легитимности сецессии и правах штатов. Между тем Конфедерация все острее ощущала последствия морской блокады.

Не имевшему серьезного дипломатического опыта Бенджамину противостояли такие искушенные в международных интригах деятели, как английский премьер-министр Пальмерстон и французский император Наполеон III. Обе крупнейшие европейские державы зависели от поставок американского сырья. Борьба за хлопок в XIX столетии была не менее ожесточенной, чем борьба за нефть в современном мире. Текстильная промышленность составляла основу британской экономики. Более миллиона рабочих были непосредственно заняты в этой индустрии и около трех миллионов — в смежных отраслях. Протекционистские тарифы и хлопковый дефицит чувствительно ударили и по французской промышленности. Однако в европейских столицах предпочли занять выжидательную позицию, наблюдая, куда склонится чаша весов войны.

Самое большее, чего удалось добиться администрации Дэвиса от Великобритании — признание за Югом статуса воюющей стороны. Примеру Англии последовали Франция, Испания, Бразилия и Нидерланды. Дальнейшие внешнеполитические усилия Конфедерации сводились к нулю дипломатией Севера. Госсекретарь США Уильям Сюард настойчиво доводил до сведения послов европейских держав, что конфликт между Севером и Югом не является войной, а всего лишь — «локальным» мятежом, который не затрагивает интересы иностранных государств. К тому времени «домашняя ссора» Севера и Юга уже унесла десятки тысяч жизней.