15 мая лодки начали движение в Молотовск, куда благополучно прибыли 28 мая. На этом этапе переходом командовал генерал-майор интендантской службы А. И. Лебедев.

28 мая 1943 года М-200 вошла в состав Северного флота. 2 июня командиром лодки назначен капитан-лейтенант Шматов Павел Семенович.

12 сентября 1943 года командиром М-200 назначен капитан 3-го ранга Тураев Василий Андрианович. 19 октября «Месть» прибыла в Полярное и уже в декабре 1943 года совершила свой первый боевой поход, который не принес результатов. Под командованием Тураева «Месть» выходила на позицию еще два раза, но и эти походы не записали на счет лодки ни одного вражеского транспорта.

12 марта 1944 года командиром М-200 назначен старший лейтенант (впоследствии капитан-лейтенант) Глазков Владимир Львович. Под его командованием «Месть» совершила два безрезультатных боевых похода. В некоторых источниках указывается, что 22 июня 1944 года «Месть» провела удачную атаку по конвою противника, но в этот день М-200 уже находилась на базе.

11 июля 1944 года «Месть» вновь вышла на позицию в район Перс-Фьорда, где 15 июля двумя торпедами атаковала конвой противника. Данных, подтверждающих победу лодки со стороны противника, нет, хотя во многих советских послевоенных источниках указывается, что в этот день М-200 отправила на дно два вражеских транспорта.

По возвращении из похода лодку начали готовить к переходу на Балтику. Через два месяца «Месть» погрузили на транспортер и отправили в Ленинград.

Из воспоминаний служившего в годы войны на М-200 старшины 1-й статьи в отставке Виктора Илларионовича Санникова: «Второй боевой поход был тяжелым. Вышли из базы. Пришли в свой квадрат. Вскоре обнаружили фашистский конвой. Командир вышел в атаку со стороны берега. Судно было мористее нас. Едва выстрелили и услышали взрыв, как нас стали атаковать противолодочные корабли. Лодка буквально тряслась от разрывов глубинных бомб. Вначале разрывы были далеко от нас, но затем становились все ближе и ближе. Но тут налетела наша авиация и отогнала немцев. Только тогда мы вздохнули свободно. В Полярном на причале нас встречали комбриг Колышкин и оркестр. За этот поход меня наградили орденом Красной Звезды. Затем нам объявили, что в море мы больше ходить не будем и подлодку переводят на Балтику. Мы стали разоружаться. На подводной лодке срезали ограждение рубки. Потом два месяца ждали специальную платформу. Когда, наконец, она пришла, погрузили на нее корпус подводной лодки. Сзади прицепили теплушку для экипажа, и мы поехали служить на Балтику. Прибыли в Ленинград. Лодку перегрузили на стапель. Снова приварили легкий корпус рубки. Стали готовить корабль к спуску на воду. Но повоевать на Балтийском море уже не довелось. Пока вводились в строй, война закончилась. Экипаж на М-200 у нас был очень дружный, молодежный. Многие уже до „двухсотки“ успели вдоволь повоевать, кто в морской пехоте, кто на кораблях. Я, например, два с половиной года отвоевал на черноморских „щуках“, так что народ у нас был опытный».

Водоизмещение подводной лодки М-200 составляло: надвод-ное — 283 тонны, подводное — 350 тонн. Главные размеры были следующими: длина — 49,5 метра, ширина — 4,4 метра, высота корпуса — 3,5 метра. В надводном положении мощность механизмов, то есть дизелей, составляла 1200 лошадиных сил, скорость хода 15,5 узла, а дальность плавания 3000 миль. В подводном положении: мощность двух электродвигателей — 460 лошадиных сил, скорость 7,9 узла, дальность 85 миль. В носовой части корпуса подводная лодка имела четыре 533-миллиметровых торпедных аппарата. Штатный экипаж «малютки» насчитывал 28 человек.

В начале ноября 1956 года в 157-й отдельной бригаде подводных лодок произошел досадный случай, имевший, как оказалось впоследствии, самое трагическое продолжение. Дело было на первый взгляд самое пустяковое: командир подводной лодки М-200 капитан-лейтенант Борис Родионов, немного выпив, заснул в ночном поезде Таллин — Палдиски. Казалось бы, что тут такого? Но нет! Спящего офицера заметил бдительный патруль, разбудил и доставил в комендатуру. Комендант уловил у капитан-лейтенанта запах алкоголя. Доложили командиру бригады, и тот немедленно дал делу ход. В то время на флоте набирала силу очередная антиалкогольная кампания, и командир «двухсотки» попался как нельзя кстати. Тем более что у комбрига отношение к Родионову было особое. Виной тому были излишняя самостоятельность и дерзкая принципиальность молодого командира. На следующий день капитан-лейтенант Родионов был уже отстранен от должности. Тогда же в штаб флотилии ушла бумага с требованием назначить на М-200 нового командира.

Так двадцатишестилетний командир «двухсотки» оказался не у дел. Скоро, очень скоро ему, создавшему за год своего командования на М-200 прекрасный коллектив единомышленников, придется испить до дна чашу душевных мук. Ведь что может быть горше для командира, чем весть о гибели его корабля со всем экипажем, когда к огромному горю добавляется еще и щемящее чувство собственного бессилия что-либо изменить!

Пройдет время, и Борис Родионов будет восстановлен в должности и вновь встанет на командирский мостик. Его подводная лодка будет объявлена лучшей на флоте, а имя самого командира не будет сходить с первых полос флотских газет. Но это будет другая лодка и другой экипаж… Ныне капитан 1-го ранга в отставке профессор Борис Иванович Родионов продолжает трудиться в Главном штабе Военно-морского флота. За его плечами не только многие годы службы в подплаве, но и многие научные труды, книги, статьи. Всей своей жизнью и службой доказал бывший командир М-200 трагическую ошибочность давнего решения комбрига. Ведь окажись тогда, 21 ноября, на ходовом мостике лодки Родионов, все могло быть по-иному. Увы, история не признает сослагательного наклонения!

Вечером 18 октября в Палдиски прибыл только что назначенный командиром М-200 капитан 3-го ранга Шуманин. Новый командир «малютки» получил назначение на нее буквально несколькими днями раньше, после окончания специальных офицерских классов в Ленинграде. До классов Шуманин служил на «щуках» и «эсках». Учиться же уезжал с должности старпома подлодки типа «С» 613-го проекта.

Из личного дела капитана 3-го ранга Шуманина Александра Спиридоновича: «1927 года рождения, русский, член КПСС с 1953 года. Окончил Каспийское ВВМУ в 1949 году, ВСКОС, штурманское отделение в 1952 году, ВОЛСОК в 1956 году. Назначен командиром ПЛ М-200 10 октября 1956 года приказом главкома ВМФ № 03878. Допущен к самостоятельному управлению ПЛ проекта 613 приказом командующего 4 ВМФ № 0444 от 8.09.55 года. Состав семьи: жена и дочь 1950 г. р.».

Новый командир прибыл к месту службы с семьей, которую надо было устроить, и времени для вхождения в курс дела на лодке у него уже не оставалось. Начальство торопило с переходом в Лиепаю, а лодка еще не прошла планового размагничивания.

Утром 21 ноября М-200 вышла из Палдиски в Таллин по приказанию командира 157-й отдельной бригады подводных лодок капитана 2-го ранга Щекина на контрольно-измерительную станцию для замера магнитного поля. Ввиду того, что только что прибывший командир «малютки» еще не имел навыков управления ею, старшим на М-200 вышел в море начальник штаба бригады капитан 2-го ранга Штыков.