В ночь на 7 января 1598 г. на 44-м году жизни скончался царь Фёдор Иванович. С его смертью пресеклась московская ветвь династии Рюриковичей. Это событие стало огромным потрясением для всей страны, население которой не представляло себе жизни без царя и не представляло себе царя, который мог бы получить венец не по праву рождения. Между тем в условиях «пресечения царского корени» иного способа обрести государя, кроме избрания его народом, не оставалось. Смерть царя Фёдора была тяжелым потрясением и для Бориса Годунова. На протяжении 11 лет Борис Фёдорович был при слабом государе всесильным правителем Московского царства, «лордом-протектором». Теперь все менялось. Будет ли передано правление страной в руки вдовы покойного царя Фёдора, царицы Ирины Фёдоровны? В этом случае ее брат, Борис Фёдорович Годунов, мог рассчитывать на сохранение за ним положения фактического правителя. Избрание на престол кого-либо из московских бояр или приглашение на трон иноземного принца, скорее всего, быстро привели бы к устранению Годунова от власти. При подобном раскладе единственный шанс сохранить прежнее положение Борису давало возведение на трон полностью подконтрольного ему лица. Наконец, не исключена была возможность воцарения и самого Бориса Фёдоровича.

Разумеется, последний вариант для Годунова был предпочтительнее остальных. Ряд исследователей, а особенно публицистов утверждают, что он с самого начала (и едва ли не с момента гибели в 1591 г. царевича Дмитрия) шел к осуществлению этого сценария, устраняя одного за другим потенциальных соперников и, возможно, даже ускорив кончину самого Фёдора Ивановича. При такой интерпретации событий получается, что Годунов завершил многолетнюю шахматную партию разыгранной словно по нотам комбинацией, выведшей пешку в ферзи (впрочем, ферзем он был и ранее, теперь же превращался, если следовать шахматным аналогиям, в короля). В этом случае череда событий, случившихся в 40 дней, последовавших за кончиной царя Фёдора, предстает перед нами как поставленный гениальным режиссером политический спектакль, в котором каждый артист (вдовствующая царица, Патриарх, бояре) послушно играл отведенную ему роль, произнося предписанные сценарием речи и послушно уходя за кулисы в нужный момент; народу же была уготована функция хора, который добросовестно рыдал, умоляя исполнителя главной роли (и по совместительству режиссера и сценариста) принять царский венец и вместе с ним заботу об осиротевшем царстве.

Именно так и воспринимаются события, завершившиеся воцарением Бориса Годунова, если рассматривать их в преломлении гениальной пушкинской драмы (как, впрочем, и воспринимают события 1598 г. подавляющее большинство людей в последние два века). Действительно, заманчиво видеть в случившемся реализацию сложной политической интриги в исполнении выдающегося политика, одержимого жаждой высшей власти. Возможно, что так оно и было. Однако ни один режиссер никогда не может быть до конца уверен, что постановка пройдет именно так, как запланировано: никто из артистов не забудет своего текста, никому не придет на ум начать импровизировать… И уж тем более никто не способен со стопроцентной уверенностью предсказать реакцию зрителя. Даже Иван Грозный, венчанный царь, потомственный государь Русской земли, разыгрывая драму, завершившуюся введением опричнины, не был уверен, что его демонстративное удаление в Александрову слободу подвигнет жителей столицы умолять его о возвращении. Борис Годунов имел гораздо меньше оснований быть уверенным в том, что ему послушно принесут царский венец Рюриковичей.

Поэтому, как опытный политик, Борис Фёдорович старался быть готовым к любому повороту событий. После смерти царя Фёдора Ивановича была принесена присяга на верность его вдове, царице Ирине Фёдоровне Годуновой. Это гарантировало Борису сохранение прежних позиций главы правительства, а в дальнейшей перспективе, как ближайший родственник царицы, он мог претендовать и на царскую корону. Именно этот сценарий начал реализовываться сразу после смерти царя Фёдора: Боярская дума присягнула вдовствующей царице Ирине Фёдоровне. Уже 8 января 1598 г. от имени «государыни царицы и великой княгини Ирины Фёдоровны» был объявлен указ об амнистии, согласно которому освобождению из-под стражи подлежали все «тюремные сидельцы». От царицы Ирины исходил также указ о назначении воевод в Смоленск и Псков. В Смоленске воеводствовать предстояло боярину князю Тимофею Романовичу Трубецкому и князю Василию Васильевичу Голицыну, во Пскове – боярину князю Андрею Ивановичу Голицыну и князю Василию Ивановичу Буйносову-Ростовскому. Новые воеводы выехали к месту службы уже 17 января. За их назначением угадывается политическая воля правителя – Бориса Фёдоровича Годунова. В преддверии схватки за власть он удалил из столицы представителей сильных боярских кланов – князей Голицыных и Трубецких (представители этих семей в недалеком будущем, в Смутное время начала XVII в., будут претендовать на российский престол). Гениальность предпринятого Годуновым шага была в том, что он не просто выслал из Москвы потенциальных соперников: назначением на воеводство он внес раскол в их ряды, поскольку незамедлительно последовали местнические претензии этих аристократов по отношению друг к другу: Василий Голицын не желал быть «меньше» Тимофея Трубецкого, а Василий Буйносов-Ростовский усмотрел «потерьку» родовой чести в своем назначении ниже боярина Андрея Голицына.

Сама Ирина Годунова к этому времени была уже монахиней: на девятый день после кончины Фёдора Ивановича (15 января 1598 г.) по данному умирающему супругу обещанию Ирина Фёдоровна удалилась в Новодевичий монастырь и приняла постриг под именем Александры. Вслед за ней в Новодевичий монастырь со всей семьей (супругой, сыном и дочерью) перебрался ее брат Борис Фёдорович. Вероятно, этот шаг правитель государства предпринял, чтобы не утратить контроля над сестрой. Не следует упускать из виду и того обстоятельства, что монастырь был хорошо укрепленным местом, в котором претендент на верховную власть мог чувствовать себя в условиях разгоравшейся политической борьбы в относительной безопасности.

Местничающих бояр по распоряжению вдовствующей царицы Александры Фёдоровны пытался рассудить Патриарх Иов, от имени которого в Смоленск и Псков посылали грамоты. Это косвенно указывает на то, что и после отказа от власти законной обладательницей верховной власти оставалась Александра Фёдоровна Годунова, а главой «временного правительства» считался Патриарх Иов. Борис Годунов пока предпочитал оставаться в тени. Впрочем, в вопросе о верховном носителе власти в январе – феврале 1598 г. царила полная неразбериха. В частности, 20 января, через пять дней после пострижения царицы Ирины Годуновой, ввозная грамота на поместье в Рязанском уезде была выдана помещику от имени умершего двумя неделями ранее царя Фёдора Ивановича.

После пострижения царицы Ирины на повестку дня был поставлен вопрос об избрании нового монарха. Дело такого уровня важности следовало решать Земским собором. По официальной версии, неоднократно растиражированной впоследствии правительством Годунова, именно Земский собор и избрал на престол Бориса Фёдоровича. Среди исследователей российской истории рубежа XVI–XVII вв. велись серьезные споры о том, была ли борьба на соборе честной, не препятствовал ли правитель государства прибытию на собор своих политических противников. Между тем совершенно упускается из виду то обстоятельство, что на организацию правильного собора со всенародным представительством просто не было времени. Между пострижением царицы Ирины (15 января) и «соборным избранием» Бориса Годунова (17 февраля) лежит промежуток времени всего в один месяц. За который предстояло оповестить провинцию о необходимости прислать выборных в Москву «для царского обиранья» и дождаться прибытия этих «выборных людей» в столицу. Не говоря уже о том, что какое-то время требовалось на то, чтобы этих людей выбрали на местах и снарядили в дорогу. До Новгорода Великого, например, в те времена гонец добирался из Москвы за неделю. В более отдаленные города, например в Казань или Архангельск, грамоты доставлялись приблизительно за две недели. Соответственно выборные от отдаленных городов при всем желании не могли успеть приехать в Москву к середине февраля, когда состоялось «всенародное избрание» Бориса Годунова на престол.