В январе 1946 г. американское правительство потребовало от своего московского посольства и военно-морского атташе в СССР подтвердить факт убытия из Советского Союза всех американских технических специалистов, работавших там в некоторых ключевых областях (электронные лампы, радио, РЛС, инфракрасное и ультрафиолетовое оборудование), а также тех, кто занимался медицинскими, физическими и химическими исследованиями. Вашингтон также запросил у посольства список компаний, продолжающих вести бизнес в СССР.

В январе 1946 г. растущие опасения относительно активной советской разведки вынудили ВМС США предупредить флотские командования за границами Соединенных Штатов о недопустимости использования обычной почты при передаче секретных документов через районы, «находящиеся под влиянием русских». Однако первое подлинное признание о размахе советского шпионажа в Северной Америке было получено от шифровальщика ГРУ (Главное разведывательное управление), который работал в посольстве СССР в Оттаве. Показания Игоря Гузенко, Канадской королевской конной полиции и ФБР (Федеральное бюро расследований) были первым звоночком для безопасности ВМС США. Гузенко рассказал, что доктор Ричард Стейнберг, работавший в исследовательской Лаборатории ВМС США, передал советскому агенту в Канаде секреты новейшего дистанционного взрывателя, благодаря которому, считали многие специалисты, была выиграна Вторая мировая война. Дистанционный взрыватель являлся радиолокационным устройством, разработанным в исследовательской Лаборатории ВМС США, он в двадцать раз повышал точность стрельбы зенитной артиллерии, а в доработанном инфракрасном варианте использовался для подрыва атомной бомбы. Работа доктора Стейнберга в исследовательской Лаборатории ВМС была связана с дистанционным взрывателем, однако не совсем ясно, обладал ли он полной технической информацией для компрометации этого секрета. Ученый-атомщик и шпион Юлий Розенберг был обвинен в передаче копии дистанционного взрывателя Советскому Союзу и вполне мог быть основным источником этой утечки. Сегодня представляется забавным, что министр ВМС США Джеймс Форрестол 01.11.1945 г., то есть всего за несколько дней до появления признаний Гузенко, отдал разведке ВМС распоряжение «проводить расследования среди личного состава ВМС и гражданских лиц, подчиненных ВМС, по фактам реального или возможного шпионажа, саботажа или подрывной деятельности, и в тех случаях, когда дело касается безопасности секретной информации ВМС».

После этого распоряжения Форрестола отдел борьбы с саботажем, шпионажем и подрывными действиями, входивший в офис военно-морской разведки, приступил к детальным и нешумным расследованиям, сделав упор на организации, которые назойливо призывали личный состав ВМС стать их членами.

Тем временем все яснее становился масштаб советской подрывной деятельности. Общественное мнение Великобритании вроде бы приняло теорию советского саботажа для объяснения того, каким загадочным образом могли загореться двенадцать судов, включая лайнер «Куин Элизабет», всего за несколько первых месяцев года. Британская военно-морская разведка сообщала о том, что советское МВД (Министерство внутренних дел) интенсивно использует бывших эсэсовцев и активных нацистов в качестве шпионов. В одном из сообщений говорилось о том, что немецкие матери ищут помощи у Красного Креста в Берлине, пытаясь найти следы «тысяч» мальчиков в возрасте от тринадцати до семнадцати лет, которые исчезли и, как говорят, находятся в учебных лагерях, где их, согласно новой идеологии, готовят к недостойным поступкам. Казалось, паутина советской разведки была наброшена на весь земной шар. Из раскрытых японских шифрованных сообщений выяснилось, что во время войны Токио получил доступ к очень важным американским документам, касающимся деятельности возглавляемого генералом Дугласом Макартуром командования

в Юго-Западной части Тихого океана. Японцы смогли это сделать, перехватывая сообщения советской разведывательной сети, активно работавшей тогда в Австралии по английским программам атомного и биологического оружия, а также управляемых ракет, которые должны были испытываться в австралийских пустынях. В Австралии дело с безопасностью было поставлено плохо, особенно в лабораториях, где проводились детальные исследования.

Однако худшие опасения подтвердились в июле 1946 г., когда Мередит Гарднер, криптоаналитик из подразделения радиоразведки сухопутных войск США, начал аналитическим способом восстанавливать шифровальную книгу НКВД (советская секретная полиция). Расшифрованная информация получила кодовое наименование «Венона». В период с августа 1946 г. по май 1947 г. то же подразделение радиоразведки расшифровало перехваченные советские радиограммы, которые указывали на прямую связь операций НКВД в Латинской Америке с «манхэттенским проектом» и министерством обороны США. Некоторые из этих радиограмм указывали на наличие советских «кротов» в этих двух организациях. Были обнаружены и идентифицированы сотни конспиративных имен, за которыми скрывались агенты, организации, люди и географические пункты. Конспиративное имя «Капитан» было присвоено президенту Рузвельту, за «Вавилоном» скрывался Сан-Франциско, министерство обороны США являлось «Арсеналом», «манхэттенский проект» назывался «Энормоз», а за именем «Антон» прятался Леонид Квасников, руководивший шпионскими операциями советского НКВД по «манхэттенскому проекту». «Антон», кроме того, руководил сбором разведывательной информации, касающейся реактивных самолетов, РЛС и управляемых ракет ВВС сухопутных войск и ВМС США. В серии радиограмм раскрывались действия НКВД по слежке за советскими матросами, покинувшими свои торговые суда в разных американских портах. Многие расшифрованные сообщения рассказывали о том, как вербуются для шпионской работы американские граждане, публично заявившие, что они коммунисты. Это расходилось с бытовавшим ранее мнением, что советские спецслужбы не будут прибегать к услугам коммунистов из опасения быстро попасть под наблюдение. К сожалению, ни одна из радиограмм «Венона» не была расшифрована в реальном масштабе времени, и приходится только гадать об истинных масштабах коммунистического проникновения.

Офис военно-морской разведки девятого августа 1946 г. потребовал от американских военно-морских атташе, разбросанных по всему земному шару, «собирать любую возможную информацию, относящуюся к политическим убеждениям видных ученых в странах их аккредитации». Офис военно-морской разведки мотивировал свои требования тем, что «ученые с коммунистическим уклоном держат Москву в курсе не только относительно своих работ, но и другой информации, которая становится им доступной». Офис военно-морской разведки был особенно обеспокоен тем фактом, что ученые стремились делиться своими идеями со своими коллегами, невзирая на их политические пристрастия, и это, по сути дела, являлось идеальной воронкой для «сливания» информации в Москву.

Принимая дальнейшие меры защиты от советского проникновения, министр ВМС Форрестол нацелил усилия сил безопасности ВМС на следующие направления: расследование подрывной деятельности и проведение расследований по биографическим данным с целью определения подлинной лояльности гражданских работников, занятых в ВМС. Службы безопасности ВМС и ФБР внедрили информаторов на американские торговые суда для выявления членов экипажей, подозреваемых в подрывной деятельности. В октябре того же года правительство запустило федеральную программу по избавлению от лиц, подозреваемых в нелояльном поведении. При обнаружении свидетельств нелояльности ВМС передавал дело для дальнейшего рассмотрения в ФБР. Соединенным Штатам требовались квалифицированные ученые, не имевшие сомнительных биографий. Необходимость в таких ученых усиливалась по мере ускорения темпов разработки новых и все более сложных видов вооружений. Эти медленно проводившиеся тщательные расследования серьезно затруднили набор персонала для работы по важным программам. В июле офис военно-морской разведки впервые ввел проверки на детекторе лжи (полиграф). Это электромеханическое устройство используется для обнаружения и записи психологических изменений, которые возникают у человека в результате его эмоциональной реакции на некоторые вопросы и являются, в большинстве случаев, непроизвольными.