Офис военно-морской разведки посчитал, что применение только полиграфа для проведения проверки на безопасность является недостаточным и он должен использоваться просто как ценное вспомогательное средство. Офис военно-морской разведки признал также, что эффективность полиграфа может быть снижена при проверке человека, подготовленного надлежащим образом. Как результат, службы безопасности не могли использовать результаты проверки на полиграфе в качестве доказательств в суде.

Полиграф еще не нашел широкого применения, когда Джозеф Барр начинал работать в компании «Сперри джайроскоп», являвшейся важным субподрядчиком ВМС и ВВС сухопутных войск и участвовавшей в совершенно секретных исследовательских программах по наведению ракет и РЛС. В 1946 г. Барру было тридцать шесть лет, и он был инженером по военной электронике. Кроме того, он был талантливым музыкантом и ярым коммунистом, в оперативном отношении подчинявшийся Юлиусу Розенбергу. Как позднее признал Розенберг, Барр передал ему и в СССР исчерпывающее описание американских исследований по системам наведения ракет. Больше года Барр имел доступ к совершенно секретной информации, хотя никто не проверил его биографию. В июне 1947 г. «Сперри джайроскоп» попросила ФБР сделать проверку Барра, в результате которой были выявлены его коммунистические связи. Компания разорвала контракт с Барром, и в январе 1948 г. инженер подыскал себе более безопасное место в Скандинавии и Франции, намереваясь в конце концов переехать в Советский Союз.

Барр отдался своему увлечению музыкой и поддерживал дружеские отношения с французским композитором Оливьером Мессианом. Однако арест двоюродного брата Ю. Розенбсрга 16 июня заставил его навсегда уехать на восток. В Москве он стал новым человеком по имени Джо Берг из Южной Африки, затем его отправили в Прагу, где он стал работать в государственном тресте электроники и телекоммуникаций. Берг, он же Барр, позднее был отозван в Москву, где он под руководством главнокомандующего советского ВМФ С. Горшкова разрабатывал новейшие боевые системы. Несколько десятилетий американская разведка была в полном неведении относительно местонахождения Барра. Когда через месяц после его бегства атташе по правовым вопросам американского посольства во Франции заехал к нему по его месту проживания в Ноилли-сюр-Сен, то ему сказали, что тот отсутствует.

Один случай, которым занималось ФБР, касался офицера ВМС, чья деятельность впоследствии широко освещалась. Лейтенант Эндрю Рот, офицер резерва ВМС, обладал широкими связями в ВМС, работая для прикрытия журналистом. Было установлено, что он использует свои многочисленные связи газетчика для сбора информации о последних военно-морских разработках.

В феврале 1947 г. министерство ВМС США стало разыскивать Рота. По некоторым сведениям, он в то время совершал кругосветную поездку в качестве представителя газет «Нью-Йорк нейшн», «Монреаль Стар уикли», «Телепресс» и «Иомиури-Хочи». Сообщалось, что он является «антибританцем» и что «у офиса военно-морской разведки есть веские основания считать, что он работает на коммунистическую партию». От военно-морских атташе потребовали осторожно проинформировать американских послов и министров тех стран, в которых они были аккредитованы, «с тем, чтобы те были в курсе дела». Рот позднее избежал обвинения, выдвинутого против него Большим жюри в августе 1948 г. после того, как он был взят ФБР при передаче секретных документов Филиппу Джаффе, советскому шпиону. Джаффе являлся редактором нью-йоркского журнала «Амерэйша». Рот избежал тюремного заключения, потому что ФБР использовало против него незаконные методы слежки. Ему удалось бежать в Англию, где он стал обозревателем газеты «Гардиан».

Осознавший размах советских проникновений Запад столкнулся с другой трудностью — проблемой контрразведки. Тысячи расследований и проверок безопасности перенапрягали ресурсы ФБР и офиса военно-морской разведки. Так, в феврале 1948 г. офис военно-морской разведки имел в общем 15 000 незаконченных расследований, каждый месяц к ним прибавлялось еще 850 расследований, и большая их часть так и осталась незавершенной.

Среди самых запутанных дел того времени был случай с американским моряком, уволенным из ВМС с диагнозом «психопат». Пройдя курс лечения, он сумел устроиться в торговый флот с твердым намерением действовать впоследствии как агент офиса военно-морской разведки. Во время заходов его судна в порты Копенгагена и Хельсинки он контактировал с американскими атташе на предмет его вербовки. Эта попытки окончились неудачей, а его поведение привело к тому, что всех американских атташе в странах, расположенных на берегах Балтийского моря, призвали остерегаться фаната профессии разведчика.

Торговые и рыболовные суда Советского Союза и стран Восточной Европы были подходящими платформами для проведения разведывательных операций, поэтому очень часто они использовались для высадки или взятия на борт агентов в различных уголках земного шара. Эти судна могли также вести разведку вблизи военных баз и сообщать по радио о любом встреченном ими американском, британском или другом западном военном корабле. Потенциальные возможности торгового судна или же траулера для участия в тайных операциях стали в тот период абсолютно очевидными для западных разведывательных служб. В связи с увеличившимся количеством донесений о том, что агенты востока проникают в Соединенные Штаты, офис военно-морской разведки в начале 1947 г. мобилизовал своих военно-морских атташе на отслеживание советских агентов и революционеров, тайно перебрасываемых в Западную Европу, Соединенные Штаты и Латинскую Америку на советских и восточноевропейских торговых судах. Шестнадцатого сентября 1947 г. Вашингтон информировал своих военно-морским атташе в Москве, Афинах, Риме, Париже и Мехико о том, что в конце февраля пароход «Россия» доставил в Нью-Йорк 13 агентов НКВД. Позже тот же пароход высадил 12 агентов в Мексике; наконец, в июле, группа из 17 оперативных работников, спрятанных среди пятисот евреев из Хайфы, проникла якобы в Соединенные Штаты. В целом пароход «Россия» мог доставить в разные страны Запада около 190 агентов. Помощник военно-морского атташе в Одессе прислал имена подозрительных лиц, проживающих в США, которые контактировали или же намеревались установить контакт с прибывающими в США из Одессы советскими судами.

Седьмого марта 1947 г. атташе сообщил имена двух человек (Владимир Руль и Григорий Кересман), предположительно, коммунистов, которые встречались со старпомом советского торгового судна «Сухона» в терминале Клермонт в городе Нью-Йорк. По информации военно-морского атташе, сестра Кересмана была в Советском Союзе майором МВД. Офицер одесского атташата сообщил имена еще трех человек, которые, предположительно, являлись советскими агентами и уже проникли в США. Этими людьми были Кокиян, Поторжинский и Барановский; первый из них работал на каком-то оборонном предприятии, второй был шпионом поважнее и вращался в театральных кругах Нью-Йорка, а третий ушел на нелегальное положение.

Многочисленные польские перебежчики открыли уникальную картину организованного Советами шпионажа, ведшегося с польских судов. Один из перебежчиков рассказал ведшим опрос сотрудникам отдела разведки при командовании ВМС США в Германии, что в польском торговом флоте все дела, связанные с радиосвязью и электроникой, контролируются организацией под названием «Морска обслуга радиова», или «МОРС», головная контора которой располагается по адресу: 5—7, улица Зигмунта Августа, Гдыня, Польша: