Несмотря на тот факт, что обучение было достаточно интенсивным, оно было явно недостаточным, так как продолжалось где-то от пяти дней до пяти недель. Рассмотрение всех обозначенных тем было переполнено сведениями, которые никак не подкреплялись практическими навыками. Контрразведка западных Союзников после первых контактов с «вервольфами» пришла к выводу, что подготовка была поспешной и крайне поверхностной. Впрочем, советская сторона не разделяла подобного убеждения. После того как органами НКВД на территории Украины, Белоруссии и Прибалтики было выявлено множество диверсантов, сложилось мнение, что их подготовкой занимались как минимум на протяжении всего последнего года войны. Сам же Прюцман полагал, что обучение «вервольфов» было явно неполным. По крайней мере, не настолько продуктивным, как оно виделось ему в идеале. Он не раз жаловался Скорцени, что навыки, которые «вервольфы» получали от эсэсовских инструкторов, не были доскональными. В ответ руководитель нацистских коммандос подчеркивал, что, учитывая сжатые сроки и предельную перегруженность инструкторов, было бы очень сложно ожидать другого результата.

В большинстве случаев более-менее профессиональную диверсионную подготовку получали только руководители групп «вервольфов». Нередко в дальнейшем они сами готовили своих подчиненных. Когда в марте 1945 года представители армейской разведки прибыли к лагерь подготовки «вервольфов» близ города Штеттин, то с удивлением отметили, что наблюдался существенный недостаток профессионально обученных инструкторов. В результате к группам «вервольфов» было решено прикомандировать несколько офицеров-разведчиков, которые смогли бы провести партизан в советский тыл. Были и другие случаи, которые подтверждали общую тенденцию. В судетском городке Кааден офицеры артиллерийской батареи только после окончания учебных курсов с изумлением узнали, что готовили отряд «вервольфов», состоящий из девушек.

Все эти бесчисленные трудности при вербовке и подготовке «вервольфов» были вызваны отсутствием у «Вервольфа» устойчивой бюрократической основы. К концу войны стало очевидно, что эта организация не могла эффективно действовать, не имея определенного патронажа какой-либо военной или военизированной организации. Только в этом случае «Вервольф» мог получить необходимые ресурсы, за которые в последние годы войны в Германии шла ожесточенная бюрократическая война. Гиммлер, весьма преуспевший в аппаратных боях, сразу же обратил внимание на это обстоятельство. В ноябре 1944 года рейхсфюрер СС проводил совещание с руководством РСХА, в ходе которого предложил передать «Вервольф» под контроль Скорцени. По мнению Гиммлера, это сохранило бы контроль СС над «вервольфами». Прюцману, присутствовавшему при этом, оставалось только полагаться на судьбу. Скорцени вежливо отклонил предложение своего шефа, сославшись на то, что у него и без того хватало работы. В действительности «диверсант № 1» отказался по причине того, что не считал «Вервольф» эффективным инструментом. Возможно, он полагал, что его собственные диверсанты в критический момент смогут заменить «вервольфов», а потому не собирался тратить время на своих потенциальных конкурентов. Кстати, очевидцы говорили, что в последние месяцы войны Скорцени задумывался над созданием полноценной партизанской армии, которая бы находилась под его командованием.

Поскольку Скорцени отказался взять «Вервольф» под свой контроль, он заключил с Прюцманом ряд соглашений, которые гарантировали участие армейской разведки в подготовке партизанского движения. Именно армейская разведка должна была обеспечить «Вервольф» инструкторами и снабжать необходимым снаряжением и боеприпасами. Но фактически эти соглашения имели силу только в отношении тех групп, которые должны были действовать в советском тылу. Именно в восточных областях Германии руководителям групп «вервольфов» удалось достигнуть соглашения с военным командованием.

В условиях, когда управление «Вервольфом» больше напоминало хаотические метания, Прюцман постепенно стал изучать возможности ведения диверсионных действий при помощи массовых отравлений. Это была новая версия старой военной уловки, когда при отступлении отравлялись колодцы, что было неизменным атрибутом тактики «выжженной земли». РСХА начало разработку специальных ядов, предназначенных для пищи и алкоголя уже в начале 1944 года. В октябре 1944 года была проведена закрытая конференция, которая проходила в стенах так называемого Криминально-технического института (КТИ), базировавшегося в Берлине. Прюцман тут же проявил повышенный интерес к этому вопросу. Сначала его интерес ограничивался производством ампул с ядом, которые должны были принимать «вервольфы» при задержании противником. Вскоре этот проект перешел под контроль «Бюро Прюцмана». В начале 1945 года была проведена серия успешных опытов по отравлению алкоголя метилом. Как было намечено на октябрьской конференции, таким способом планировалось «обработать» огромное количество ликера, который должен был быть оставлен противнику. После этого наступила пора применения более экзотических химикатов.

Знание подобных ядов и умение ими пользоваться входили в обязательный курс обучения будущих нацистских партизан. На Восточный и Западный фронты посылались специальные команды, отравляющие продовольствие, которое могло быть захвачено союзническими и советскими войсками. Пожалуй, это было самой успешной операцией «Вервольфа», если судить по количеству пострадавших. Опасность отравления сохранялась даже после окончания войны. Американское командование сообщало, что с февраля по июль 1945 года от метила, содержащегося в алкоголе, скончалось 188 солдат. Такая же ситуация наблюдалась и в 1946 году. Например, два американских солдата скончались на месте после того, как выпили шнапса, приобретенного в городке Людвигсбург. В определенный момент оккупационные власти стали рассматривать продажу алкоголя как «организованную форму саботажа». В свете этого американское командование издало специальный приказ для частей, вступивших в Южную Германию, ни в коем случае не употреблять местные продукты, даже если полевая кухня не поспевала за передовыми частями. Потери среди солдат Красной Армии были еще больше. Летом 1945 года для советских частей, расположенных в Австрии, было издано специальное распоряжение, в котором говорилось о предельной осторожности при употреблении местного алкоголя, который мог быть отравлен «гитлеровскими мерзавцами»:

В какой-то момент союзническое командование сочло допустимым применять против «вервольфов», уже действовавших в тылу, некоторые отравляющие газы. Это обосновывалось необходимостью сломить «организованное сопротивление нацистов». Естественно, это известие окрылило некоторых нацистских «якобинцев» типа Геббельса, которые только и искали повода, чтобы использовать запасы отравляющих веществ, накопившихся в Германии. В последние месяцы войны под давлением Гиммлера Министерство вооружений согласилось передать эти отравляющие вещества руководству отрядов «Вервольфа». После войны Альберт Шпеер на допросах рассказал британским следователям, что представители «Вервольфа» были направлены им в артиллерийские части вермахта, в ведении которых находились ядовитые газы. Между тем нет никаких документов или свидетельств того, что «вервольфам» удалось организовать газовые атаки, хотя Красная Армия и союзные войска нашли далеко не один тайник с огромным количеством отравляющих веществ. Видимо, химическая война плохо сочеталась с тактикой партизанских действий, даже несмотря на то что в распоряжении «вервольфов» имелись едва ли не мини-заводы по производству ядов. На эти цели в конце войны работал И.Г. Фарбен, который выпускал не только ядовитые газы, но и огнеопасную жидкость (так называемый Н-Штоф), которая при возгорании испускала облако ядовитого пара.