Многие египетские медикаменты содержали металлы или минералы — в папирусе Эберса перечисляются алебастр, сурьма, лазурит, железо, свинец, медь, соскребы со статуй и медная патина. Часто в медикаменты добавляли и такие токсичные соединения, как оксид или сульфат меди. Возможно, что медь, первый металл, полученный человеком, мог использоваться в медицине, чтобы его прочность и долговечность передалась телу больного. Представления об удивительных свойствах этого металла были настолько распространены, что египтяне даже изображали его в виде анкха, символа вечной жизни (похожего на европейский знак меди и Венеры).

Древнеегипетская религия в своей практике тоже использовала лабораторные эксперименты и даже оперировала базовыми алхимическими понятиями. Вера египтян в сакральные свойства золота была связана с культом мертвых. Этот металл использовался в магических целях, в т. ч. при погребении мумии. Солнце, материализовавшееся в золоте, ассоциировалось с фараоном, преобразившимся в бессмертное божество. Как сияющее золото появлялось из черных глубин земли, так и бренная плоть человека трансформировалась в дух небожителя. В древнем Египте существовали верования о связи тела фараона с металлами и минералами: к примеру, в сказании о Хеопсе и магах благочестивый царь из пятой династии рождается с знаками отличия, выражающими его силу — золотыми браслетами и накидкой из лазурита. Трансформация тела и металла в единую субстанцию обозначала божественную силу царя. Александрийский алхимик Зосима позже будет упоминать о том, что золотые статуи египетских божеств производились при помощи алхимии. Говоря о чернении медных или серебряных изваяний небожителей, римский историк Плиний сообщает, что черная тинктура, применявшаяся для этого, символизировала бога смерти Анубиса: это показывает связь знаний о химии с миром мертвых.

Процесс мумификации тоже можно рассматривать как своего рода алхимическую операцию: не стоит забывать, что загробная жизнь в Египте начиналась именно со смешения химикатов для бальзамирования трупа. Не исключено, что эти эксперименты могли повлиять на становление алхимии в Египте. Александрийский алхимик Зосима в III–IV вв. называет алхимический процесс «осирификацией» в соответствии с мифом о воскресении из мертвых Осириса — первой мумии. Возможно, что во времена Зосимы лабораторные процессы уже отождествлялись с процессом мумификации.

Зосима сообщал и о том, что в святилище бога Птаха в Мемфисе есть алхимическая печь. Как показывают данные археологии, связь между египетской религией и алхимией куда более древняя, чем этот храм. В святилище в Дандаре задолго до нашей эры была устроена своего рода лаборатория, «Золотой дом», в котором изготовляли орудия религиозного культа под началом бога Тота, Дважды Величайшего. В мистериях Осириса, проводимых в Дандаре, зерно якобы превращалось в золото. В «лаборатории» храма бога Гора в Эдфу еще во II в. до н. э. были выбиты рецепты священных благовоний и мазей, используемых в качестве приношений статуям богов (более точно — ка, т. е. личности, одной из душ бога, обитающей в его статуе.). Эти вещества были сложны в изготовлении и требовали наличия специалистов-«алхимиков». К примеру, одну из мазей делали из мелко раскрошенных серебра, золота, лазурита, красной яшмы, зеленого полевого шпата, бирюзы, фаянса, сердолика, нагреваемых не менее семи дней.

Почему же египтяне использовали именно эти дорогостоящие ингредиенты? Жители страны пирамид полагали, что плоть богов сделана из минералов. Например, особо почитаемый лазурит считался волосами богов и потому использовался в религиозных ритуалах: это стимулировало спрос на благородный минерал или его стеклянную имитацию. Статуям богов вставляли глаза, вырезанные из стекла или хрусталя. Считалось, что изделия или мази из драгоценных камней и благородных металлов могут призывать небожителей при помощи своих цветов. Рецепты держали в строгом секрете: известно, что на саркофаге одного из храмовых чиновников был указано, что он не только руководитель металлургов, но и «начальник тайн».

Как мы видим, лабораторные опыты проводились вдали от эллинизированных областей Египта, что может свидетельствовать о существовании аутентичной протоалхимической традиции, на которую греки никак не повлияли. Об этом свидетельствуют и перечисляемые в трудах александрийских златоделов имена древнейших алхимиков, среди которых множество египетских — Петазиус, Фименас, Пебехиус, Болос, Нил. Адептами также считались боги Исида, Гор и Агатодаймон, а также правители Египта Клеопатра и Хеопс.

Можно однозначно утверждать, что религиозные и натурфилософские представления древних египтян включали в себя протоалхимические знания. Египтяне считали, что материя была создана Осирисом и Исидой, а также небесными светилами. Исследователи часто усматривают существование древнеегипетской концепции четырех стихий, независимую от древнегреческой: свет, земля, бриз и вода упоминаются в молитве Осирису. В Египте использовали для лечения металлы, подделывали драгоценные камни, а также намеренно называли секретные ингредиенты фальшивыми именами — все это было свойственно и для позднейшей алхимической традиции. Вера в древнеегипетских богов, в добрые и злые магические силы, пронизывающие весь мир вокруг, передалась, как мы увидим дальше, алхимикам нового, эллинистического Египта.

На александрийскую алхимию не могла не оказать влияние древнегреческая культура, в особенности — философия. Алхимия, распространившаяся из эллинизированного Египта по всей Европе, зародилась в результате смешения нескольких философских теорий: Эмпедокла о четырех элементах, Гераклита о центральной роли огня в преобразовании материи, и многочисленных достижений других философов, в особенности — Пифагора, Платона и Аристотеля. Все они вступили во взаимодействие с развитыми древнеегипетскими лабораторными практиками.

Древнегреческий философ Фалес из Милета, основавший милетскую школу, положил начало учению о стихиях: он рассматривал воду как основу всего сущего, первоматерию. Вслед за ним свое понимание стихий развивали Анаксимен, отдававший первенство среди стихий воздуху, и Гераклит, считавший огонь главным из четырех элементов. Для его концепции все они, впрочем, были одинаково важны: «смерть земли стать водою, смерть воды стать воздухом, воздуха — огнем, и обратно».

Кульминацией учений о стихиях стала философия Эмпедокла. В V в. до н. э. этот философ создал теорию о четырех первоэлементах. Огонь, вода, земля и воздух, согласно философу — четыре раздельных стихии, каждая из которых не может превратиться в другую. Все земные металлы были созданы из проявлений четырех элементов в различных комбинациях — следовательно, трансмутация металла была возможна при изменении пропорции стихий. Эмпедокл связывал свои четыре элемента с богами — Нестидой (сицилийская богиня воды), Аидом (подземным богом), Зевсом (верховным огненным богом) и его супругой Герой (повелительницей воздуха). Стихий было именно четыре, так как на теорию Эмпедокла повлияло пифагорейское понятие тетрактиса, мистической четверицы, обозначающей всю полноту мира (1+2+3+4=10).

Пифагор оказал решающее влияние на возникновение алхимии. Его прямое воздействие на златоделов Александрии можно увидеть, например, в одном анонимном трактате, где четыре элемента, необходимых для составления «мистического яйца» (т. е. философского камня) сравниваются с четырьмя тонами тетрахорда — базового звукоряда из четырех нот. Так как существует только шесть тетрахордов, вся музыка состоит из 24 базовых тонов. То же свойственно и для первоматерии, комбинаций которой ограниченное количество. Как тетрахорды можно сочетать так, чтобы они звучали гармонично, так и вещества можно привести к состоянию философского камня. Для составителя этого трактата, вероятно, неопифагорейца, музыка была лишь отправной точкой для разговора об алхимии. Само священное искусство, в свою очередь, являлось методом преодоления бренного существования и способом достижения гармонии тела и души (по своей сути близкой к музыкальной). Похожая мысль появится позднее и в алхимическом трактате Стефана Александрийского.