Турецкий фактор стал сказываться на московских делах — прежде всего торговых — чуть позже после захвата Кафы османами в 1475 году. Первый контакт москвичей с подданными султана состоялся десятилетие спустя и то благодаря стечению обстоятельств — русское посольство возвращалось из Венгрии через Аккерман (ныне украинский Белгород-Днестровский), который незадолго до этого турки отбили у волошского господаря Стефана Великого. После этого, а именно в 1486 году, московский посол Юрий Траханиот в переговорах с Венецией, Миланом, Римом затрагивал тему турецкой угрозы.

Тем не менее османский вопрос до середины XVII века останется для Москвы второстепенным: границы владений султана и великого князя московского разделяло огромное расстояние, внешнеполитические интересы двух государств почти не пересекались и не вступали в жесткое противоречие друг с другом.

Великая княжна Софья и «мнози Греци, иже приидоша, служаще царевне», не развернули русскую внешнюю политику в нужном Венеции направлении, да и вряд ли прилагали к этому особые усилия. Зато у Деспины и ее окружения появилось достаточно времени и возможностей активно включиться во внутриполитическую жизнь Московского государства. У великого князя к тому времени имелся наследник — Иван, прозванный Иваном Молодым, родившийся от Марии Борисовны Тверской в 1458 году. Начиная с 1470 года Иван Молодой считался соправителем государя и титуловался великим князем. Иван III, как в свое время его отец Василий Темный, посчитал, что будущего правителя надо сызмальства приучать к навыкам управления страной.

Неудивительно, что отношения пасынка с мачехой оставляли желать лучшего, и на этой почве у взрослеющего наследника возникали недоразумения с отцом. Контарини, побывавший в Москве в конце 1476 года, отмечал, что Иван Молодой находится «в немилости у отца, так как нехорошо ведет себя с Деспиной». Очевидно, в первые годы супружества Иван Васильевич благоволил Софье Палеолог; его раздражало непочтительное отношение к ней старшего сына. Тем не менее до поры до времени статусу будущего правителя государства ничего не угрожало. Ситуация изменилась в 1479 году, когда у Софьи родился мальчик, потомок византийских императоров.

В Шумиловском списке Никоновской летописи содержится рассказ «О чюдесном зачатии и рождении великого князя Василия Ивановича», в котором говорится о том, что Софья родила «три дочери изрядны, сына же тогда не успе роди не единаго». Летописец сообщает, что супруги «о сем скорбь имяху и Бога моляху, дабы даровал имъ сынове родити в наследие царству своему, еже и получиша». Странно, что Иван Васильевич переживает об отсутствии наследника, который у него в то время уже имелся — очевидно, это вставка более позднего периода, а вот чувства Софьи волне понятны.

Как справедливо замечает С. М. Каштанов, «второй брак Ивана III с самого начала таил в себе смертельную опасность для Ивана Молодого, так как рано или поздно должна была возникнуть борьба за право престолонаследия между ним и сыном Софьи. Палеологи не могли не хотеть избавиться от Ивана Молодого при жизни Ивана III, когда сын Марии Борисовны не имел еще основания занять престол». Но сын этот появился только в 1479 году. В это самое время, по выражению Л. В. Черепнина, оппозиционные элементы «завязали какие-то отношения с Софьей Палеолог». Нам предстоит найти ответ на вопросы: что за оппозиционные элементы в верхушке страны противостояли режиму Ивана III и какие отношения их связывали с Софьей Палеолог.

В описываемую эпоху в политической элите Московского государства происходили серьезные подвижки. С половины XV столетия состав московского боярства глубоко изменяется: из 200 родовитых фамилий конца XVI века более 150-ти вошли в состав московского боярства именно с середины XV века. В течение двух-трех десятилетий московская элита обновилась более чем на три четверти. «Служилое князье если не задавило, то закрыло старый слой московского нетитулованного дворянства», — резюмирует В. О. Ключевский.

Служилое княжение рассматривалось в Москве как наследственная вотчина (перешедшая от предков слуги или пожалованная ему великим князем) и обуславливалось несением военной службы князем. По неписаному праву служилые князья обязаны были участвовать только в тех войнах великого князя, которые так или иначе затрагивали их интересы как владельцев определенных территорий.

Кремль при Иване III. Художник А. М. Васнецов

Служилые князья приходили на службу к московскому государю обычно из Литвы. Помимо дискриминации православной веры к исходу их подталкивали последствия ударных темпов формирования литовской державы. Небольшая «метрополия» напоминала остров, окруженный океаном земель бывшей Киевской Руси. Коренная Литва, составлявшая 1/10 часть от попавших под ее власть территорий русских княжеств, так и не стала ядром крепкого централизованного государства.

Литовцы, выказав себя удачливыми вояками, присоединили обширные пространства, но не смогли предложить восточнославянскому населению ничего того, что входит в понятие «цивилизация» — ни языка, ни религии, ни культуры, ни судопроизводства, ни традиций, позаимствовав все это у покоренных народов. Оставшиеся в западнорусских землях феодалы по большей части оставались на своих местах и продолжали вместе со своими боярами править местными сообществами на положении вассалов. «В них еще было так много местной политической жизни и силы, что литовские князья не считали возможным посягать на их цельность и единство», — отмечает М. К. Любавский.

Интенсивный переход литовских православных магнатов на службу московскому князю начался с Кревской унии 1386 года, от которой берет отсчет политика ущемления прав приверженцев «греческой» веры. Опираясь на народные массы, встречая поддержку во всех слоях русского, украинского и белорусского населения Литовской «Руси», русские князья, как Рюриковичи, так и обрусевшие Гедиминовичи, обиженные и обойденные польско-литовскими панами, организуют заговоры и все чаще «отъезжают» в Москву — потому их еще называют «выезжанами». В 80-е годы на сторону Москвы открыто переходят Одоевские, позднее князья Вяземский и Мезецкий, затем Трубецкие и Мосальские.

Сперва «отъезжал» обычно один из представителей того или иного княжеского рода, но совместность «отчинных» владений, которые приходилось делить (так как одна часть «тянула» к Литве, а другая к Москве), вызывала ссоры, стычки, пограничные столкновения. Великий князь Литовский не мог защитить своих оставшихся к западу от границы вассалов, тогда как великий князь Иван III действовал энергично, помогая своим новым слугам, как, например, в 1473 году, когда он «повоевал» Любутскую волость. Поэтому, поколебавшись немного, «отъезжали» в Москву и другие родственники. Так, например, за Иваном Белевским последовал Андрей, за Дмитрием Воротынским — Семен и т. д.