В парламенте был и пуританский блок. Пуританство было разновидностью кальвинизма. Пуритане стремились очистить английскую церковь от папских церемоний и ритуалов, отменить елизаветинское епископальное правительство и установить женевскую дисциплину. Они были менее агрессивно настроены по отношению к парламенту, чем их единомышленники во Франции и Нидерландах. Во многом из-за того, что не принимали королевский протестантизм, они становились членами англиканской церкви, чтобы реформировать ее изнутри. Поэтому выделить пуритан было проще, чем гугенотов или голландских кальвинистов. К слову, многие члены англиканского духовенства, включая нескольких священников, были пуританами. Движение было привлекательным для образованных людей, и огромное число англичан вскоре стали пуританами. Кембриджский университет стал оплотом пуританизма. Елизавете критика пуритан ее церкви пришлась не по душе. Она ввела специальные наказания, чтобы прекратить полемику пуритан и сдержать движение. Но даже Елизавета не смогла остановить распространение пуританских памфлетов против священных книг, священников и заповедей и развития полемики, которая после смерти Елизаветы привела к пуританской революции в 1640 г.

Вскоре большие изменения в положение равновесия внесли не радикально настроенные люди, а консерваторы. Католики активно ратовали за королеву Марию Стюарт, известную как Мария Шотландская, которая сочетала в себе все то, чего недоставало Елизавете. Она была красива, очаровательна и предполагала, что хаоса, в который погружается Англия, можно избежать, если она займет трон своей кузины. На самом деле в XVI в. Шотландия не была благополучной страной. Огромные живописные территории были совершенно неплодородны и никак не пригодны для развития экономики. Несколько малых городков постоянно подвергались разграблению мародеров. Шотландская знать была дикой, титулы наследовались, семьи постоянно враждовали между собой. Половина населения была католической, другая — кальвинистской. Их предводителем был священник Джон Нокс, чья «реформа церкви» следовала образцам женевской пресвитерианской системы. Генеральная ассамблея по реформированию церкви была более могущественным объединением, чем шотландский парламент, поскольку обладала независимостью от королевской власти. Мария Стюарт была королевой Шотландии с младенчества, но свое детство она провела при дворе Валуа во Франции, ее мать управляла Шотландией как регент до своей смерти в 1560 г. Одним туманным утром 1561 г. девятнадцатилетняя королева вернулась из Франции во дворец Холируд, где ее приветствовали фальшиво исполняемым пением псалмов. К этому времени королева уже была вдовой; ее первый муж — молодой король Франции Франциск II — умер в предыдущем году. Мария старалась организовать свой двор так пышно и радостно, как это только было возможно в Эдинбурге, завоевав любовь и уважение многих представителей протестантской аристократии. Однако ее чары не подействовали на Джона Нокса. В источниках говорится, что она обратилась к Ноксу со следующими словами: «Я буду защищать римскую церковь, ибо она и есть истинная церковь Бога». — «Ваше желание, мадам, — последовал ответ, — совершенно беспочвенно: ваши мысли не превратят римских распутных дев в невест Иисуса».

Мария не хотела оставаться в Шотландии надолго. Она немедленно известила Елизавету, чтобы та признала ее право на наследование английского трона, а когда та отказалась, вышла замуж за своего кузена Генриха Стюарта, лорда Дарнли, кто являлся следующим основным претендентом на корону Англии. Но вскоре Мария потеряла интерес к простоватому и глуповатому Дарнли и в качестве своего фаворита выбрала придворного музыканта Давида Риччо. В начале 1566 г. оскорбленный Дарнли, собрав вокруг себя заговорщиков, застал королеву с Риччо вместе во время ужина во дворце, когда тот запустил руки под юбку Марии, и убил его. Месть Марии не заставила себя ждать. Когда Дарнли подхватил оспу, она отослала его в одиноко стоящий домишко за пределами Эдинбурга. Однажды ночью Дарнли задушили неизвестные, а дом взорвали порохом. Найти убийцу так и не удалось, однако многие шотландцы думали, что это сделал эрл Ботвелл, последний любовник Марии.

Эти догадки подтвердило и замужество Марии и Ботвелла спустя три месяца после смерти Дарнли. Казалось, что разговоры о виновности или невиновности Марии были нескончаемы. Одно было очевидно — выйдя замуж за Ботвелла, Мария потеряла контроль над Шотландией. Знать восстала против королевы и потребовала ее отречения. В 1568 г. Мария сбегает в Англию, где Елизавета отправляет ее в заточение.

Мария была по-прежнему молода и обворожительна. В 1569 г. группа лордов подняла восстание в Северной Англии в защиту Марии. 1570—1580-е гг. были отмечены серией заговоров католиков, желавших убийства Елизаветы и воцарения Марии, — все они были раскрыты шпионами Елизаветы. Когда папа отлучил Елизавету от церкви, миссионеры-иезуиты, в том числе Эдмунд Кампион и Роберт Парсонс, утвердились в своих идеях. Королева и ее министры были близки к краху: за время правления Елизаветы было казнено около двух сотен священников-католиков. В 1586 г. шпионы раскрыли еще один заговор сообщников Марии. Это стало финальной точкой — у Марии уже не осталось сил бороться, и она признала свою вину. С огромным нежеланием и отвращением, частично правдивым, а частично наигранным, Елизавета подписала ее смертный приговор. В 1587 г. топор палача принес Марии освобождение от девятнадцатилетнего заточения. Католики объявили ее мученицей и обвинили протестантов в убийстве.

Религия была одной из причин постоянных разногласий между елизаветинской Англией и Испанией Филиппа II. Другой была поддержка Елизаветой бунта в Голландии. Третьей, и самой важной, причиной было проникновение Англии на территорию Испанской империи в Америке. До середины XVI в. английские мореплаватели практически не принимали участия в захвате и использовании земель Нового Света, вполне удовлетворяясь фламандской торговлей шерстью. Тем не менее к 1560 г. и англичан стала интересовать возможность получения выгоды из Нового Света. Елизавета всячески поощряла частные вложения в заокеанское производство, сама являясь лучшим примером. Мореплаватели из Плимута и других юго-западных портов начали покорять Атлантику. Некоторые, как Мартин Фробишер и Джон Дэвис, открыли еще никем не занятые берега Северной Америки, в реках которых не было золота. Иные пустились в опасное путешествие к испанским Карибам. Между 1562 и 1568 гг. Джон Хокис довольно успешно продавал африканских рабов испанцам. Между 1571 и 1581 гг. Фрэнсис Дрейк (ок. 1540–1596), истинный протестант, опять же довольно успешно несколько раз совершал пиратские набеги на испанскую Америку. В третий рейд он отправился на своем корабле «Золотая лань», прошел по Магелланову проливу, захватил испанский корабль с сокровищами около Тихоокеанского побережья Южной Америки, затем проплыл к Калифорнии и оттуда к южнотихоокеанским островам и мысу Доброй Надежды. Таким образом, когда после трехлетнего отсутствия он вернулся в Плимут, оказалось, что он совершил кругосветное путешествие. Королева посвятила Дрейка в рыцари в 1581 г.; стоимость груза, который он захватил на испанском корабле, в два раза превышала доходы Елизаветы. В 1585–1586 гг. с официального разрешения правительства сэр Фрэнсис собрал флот более чем в 30 кораблей и отправился еще раз в Карибский залив, где скорее раздразнил, чем разорил испанцев. Вообще, елизаветинские «морские волки» делали все, чтобы досадить испанскому королю.