В середине 1750-х годов Ломоносов и ряд других профессоров выступили с инициативой об изменении регламента. Ломоносова не устраивало, что регламент, который должен был действовать десятилетиями, написан в расчете на наличный кадровый состав академии (например, там было указано, что ректором университета должен быть историк, поскольку в тот момент на эту должность намечался Миллер). Раздражало его, человека энциклопедических интересов, требование строгой специализации. Возмущало, что к профессорам приставлены штатные переводчики: подразумевается, что ли, что профессорские должности вечно будут замешать по большей части иностранцы? Наконец, совершенно нелогичным казалось ему, что в гимназии полагалось 20 учеников, а в университете — 30 студентов. «…Совсем противным образом быть должно, затем что не всякий школьник произойти может в студенты, и не всякий студент — в профессоры». К этой теме Ломоносов возвращался и позднее — а всего он за шесть лет написал четыре проекта преобразования академии. Удивительно соображение, которое он приводит в сентябре 1760 года: «Сочинитель [регламента] не имел никакого понятия о человеческом роде, не знал, что молодые умирают чаще старых, так что едва сороковой человек до 30 лет доживает, для чего школьников должно быть больше студентов». Странная мысль о том, что «молодые умирают чаще старых» могла прийти Ломоносову в голову под впечатлением внезапной смерти двух его бывших учеников — Клементьева и Поповского, скончавшихся один за другим соответственно 28 и 30 лет от роду.

Но дальнейшие проекты Ломоносова писались уже в другое время и в других условиях. А пока, на рубеже 1754–1755 годов, комиссия «об излишествах, недостатках и непорядках академических», созванная ясновельможным президентом и гетманом и включавшая Шумахера, Миллера, Теплова, Ломоносова и Штелина, не могла прийти ни к чему. Шумахер защищал существующие порядки, Штелин «за художества стоял больше, нежели за науки», секретарь Ханин плел интриги, добиваясь «единственного смотрения над книжным печатаньем и торгом». Разговор то и дело шел на повышенных тонах. Конфликт обострился настолько, что 30 декабря Ломоносов просит Шувалова «если невозможно, чтобы я по моему всепокорнейшему прошению был произведен в Академии для пресечения коварных предприятий», походатайствовать о переводе его «в другой корпус», лучше всего в Коллегию иностранных дел — под крыло к Воронцову.

Разумеется, Ломоносов не собирался уходить в дипломаты. О подлинном характере его устремлений лучше всего свидетельствует исторический анекдот, сохраненный в записи Пушкина. Ломоносов как-то так рассердил Шувалова, что тот будто бы закричал: «Я отставлю тебя от Академии!» — «Нет, — возразил гордо Ломоносов, — разве Академию от меня отставят». Детали сомнительны: Шувалову Академия наук не подчинялась, и он никогда непосредственно не вмешивался в ее дела, а с Разумовским Ломоносову запросто говорить не приходилось, но суть ломоносовского самоощущения поймана верно. Он считал «науки» в России своим личным, кровным делом, полагал, что без него они пропадут. Он хотел не покинуть академию, а участвовать в управлении ею.

Но пока что в результате этих устремлений он оказался в опале. 10 марта 1755 года при обсуждении регламента у него произошла стычка с Тепловым. Как описывает это сам Михайло Васильевич в письме Шувалову (от 12 марта): «Коварник[123] говорил, что я хочу отнять власть и полномощество президентское; я отвечал, что желаю снять с него беремя, которое выше сил одного человека, каков бы он ни был. Но должно общим согласием производиться, тем более что президент — не полигистор. Владеющие государи имеют своих сенаторов и других чиновных людей, которых он, хотя самодержец, советы принимает, то можно ли тому не быть в науках, которые не в одном государстве, но во весь свет простираются». По словам Ломоносова, он еще «в первом собрании генерально оговорился, чтоб никто не думал, яко бы я говорил о графе Кирилле Григорьевиче, но рассуждая о президенте генерально, в вечные роды: мы все смертны». Но, напомнив Теплову, что его вельможный покровитель, которому от роду было 27 лет, смертен и, во всяком случае, не вечно будет занимать свой пост, Ломоносов лишь подлил масла в огонь.

В результате ему было вновь, как в 1743 году, запрещено участвовать в работе Академического собрания. Теперь Ломоносов был уже не молод и не стал добиваться правды, устраивая публичные скандалы: у него были другие возможности. Вскоре он был прощен, а 13 февраля 1757 года последовало долгожданное решение.

«Дабы в отсутствии моем в случае иногда болезни г-на Шумахера или иного приключения, которому он по дряхлости и старости лет своих может быть подвержен, Канцелярия Академии праздна не осталась, а паче всего в порядочном течение дел остановки не воспоследовало, с упомянутым г. Шумахером присутствовать в Канцелярии Академической и все текущие по Академии дела обще подписывать г-ну коллежскому советнику и профессору Ломоносову и г-ну коллежскому асессору и унтер-библиотекарю Тауберту».

Шестидесятисемилетний Шумахер фактически и так уже передал часть своих забот зятю (в 1760 году «Иван Данилович» окончательно выйдет в отставку, а год спустя его не станет), так что указ президента лишь приводил формальную сторону дела в соответствие с реальностью. Для Ломоносова же это назначение было принципиальным — оно ставило его наравне с его главными оппонентами. Позднее должность советника Академической канцелярии получил также Штелин, ведавший Комиссией о строениях и художественными мастерскими. В ведении Тауберта были типография, книжная лавка, инструментальные мастерские и Кунсткамера. Ломоносов курировал Профессорское собрание, университет, гимназию и Географический департамент.

Работа Академической канцелярии, в руководство которой вошли такие разные люди, ознаменована была бесконечными спорами и скандалами. При этом окончательное решение оставалось за Разумовским, то есть за Тепловым — «коварником». Последний постоянно лавировал между советниками, становясь то на одну, то на другую сторону. «Сколько раз вы были друг и недруг Шумахеру, Тауберту, Миллеру, и, что удивительно, мне? — писал ему в 1761 году Ломоносов. — В том больше вы следовали стремлению своей страсти, нежели общей академической пользе, и чрез таковые повседневные перемены колебали, как трость, все академическое здание». Тем временем Тауберт умело сводил приход — расход, заботясь о прибылях академии, но не забывая, судя по всему, и о своем кармане. Он любил книги и, как профессионал-издатель, неплохо разбирался в них, но науки, как таковые, интересовали его мало; он охотно участвовал в интригах, но не упивался, как его тесть, властью над профессорами. А Ломоносов, чей характер с годами не делался мягче и уравновешеннее, во всяком конфликте видел в лучшем случае заговор против себя лично, в худшем — происки «врагов российского просвещения». Он писал многочисленные жалобы на Тауберта, требовал предать его суду. Но когда дело доходило до конкретных претензий — оказывалось, что речь идет о мелких организационных разногласиях: «Для искоренения повседневных требований из Канцелярии на разные расходы и чрез меру частых мелочных покупок, отчего порознь все покупается дороже… представил я, чтобы все заблаговременно вдруг покупать и из магазейна выдавать кому надлежит по пропорции. Однако и поныне все происходит по-прежнему». Или: «…чтобы показать себя чужими трудами и меня выключить от надлежащего мне первого участия в деле глобуса от е. и. в. Павла Петровича, дерзнул оный Тауберт взять помянутое дело глобуса из географического департамента без всякого канцелярского определения и отдать на квартиру адъюнкту Трускоту, у которого жена и дети были тогда во французской болезни…»