На солее Покровской церкви в киоте помещена главная святыня храма – икона благоверного князя Даниила с частицей его честных мощей.

Церковь Святого Даниила Столпника находится в западной части храма Святых Отцов. Она сооружена в XVIII веке. Ее престол – самый древний в монастыре. В честь преподобного Даниила Столпника – небесного покровителя благоверного князя Даниила, получившего имя его при крещении, – была освящена в XIII веке первая деревянная церковь монастыря, давшая название всей обители.

Иконостас церкви создан по проекту священника отца Вячеслава Савиных в 1988 году. Он состоит из местного, деисусного и пророческого рядов. Большинство икон написаны отцом Вячеславом и художницей Натальей Шелягиной. Над Царскими вратами размещен ярус аналойных икон XVII–XIX веков.

Храм Святых Отцов семи вселенских соборов размещается на втором этаже. Первоначально собор во имя Святых Отцов находился к северу от существующего храма. Он был сооружен в 1555–1560-х годах и освящен митрополитом Московским Макарием в присутствии царя Ивана Грозного 18 мая 1561 года. В XVIII веке древний храм обветшал и был разобран. В связи с этим над Покровской церковью возвели второй этаж, куда был перенесен престол в честь Святых Отцов семи вселенских соборов.

Из сокровищ древнего храма сохранилась Владимирская икона Божией Матери с Акафистом. Она находится в местном ряду иконостаса, слева от Царских врат. Справа от Царских врат размещен храмовый образ Святых Отцов семи вселенских соборов, написанный в 1989 году. Из других икон местного ряда замечательны в историческом и художественном отношении образ святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских, с клеймами жития на раме XVII века и Казанская икона Божией Матери XVIII века с клеймами, иллюстрирующими «Сказание о явлении чудотворной иконы Пресвятой Богородицы в г. Казани». Верхние ряды иконостаса представляют собой единый ансамбль из 67 икон XVII века, поступивших из Троице-Сергиевой лавры и Московской духовной академии. К северу от иконостаса находится рака с частицей мощей благоверного князя Даниила.

В северной галерее храма расположен придел в честь святого князя Даниила. Память основателя обители празднуется в день его блаженной кончины, 4/17 марта, и в день обретения в 1652 году его мощей, 30 августа/12 сентября.

Церковь преподобного Симеона Столпника расположена над Святыми вратами, под колокольней. Она построена в 1730-х годах и сохранилась в своем первоначальном виде. Колокольня же над храмом была снесена в 1930-х годах, а ее колокола, подбор которых был одним из лучших в Москве, вывезены в США и размещены на звоннице Гарвардского университета.

В 1984 году колокольня Свято-Данилова монастыря была восстановлена в прежних формах. Ее высота – 45 метров. На колокольне 16 колоколов, привезенных в основном из Поволжья. Самый большой из них, отлитый в 1886 году в Ярославле, весит 221 пуд.

Церковь преподобного Симеона Столпника освящена после реставрационных работ 27 февраля 1988 года.

Ее иконостас состоит из местного, праздничного и деисусного чинов. Он оформлен по проекту московского художника-иконописца С.Н. Добрынина, написавшего для него 12 икон, в том числе и храмовый образ святого Симеона Столпника. Основной комплекс икон для иконостаса надвратной церкви поступил в Данилову обитель как пожертвование из Псково-Печерского монастыря. Он составлен из стилистически близких икон XVII–XX веков. Тябла (поперечные брусья) и вертикальные колонки между иконами расписаны орнаментом по мотивам росписи иконостаса в церкви преподобного Иоанна Лествичника Кирилло-Белозерского монастыря.

Троицкий собор – самый большой и величественный храм Свято-Данилова монастыря. Он построен по проекту замечательного зодчего О.И. Бове в 1833–1838 годах. Храмозданная грамота на строительство собора была выдана монастырю митрополитом Московским Филаретом (Дроздовым). 13 сентября 1838 года митрополит Филарет торжественно освятил главный престол храма во имя Живоначальной Троицы. В том же году были освящены два престола в приделах: северном – во имя зачатия святой праведной Анны и южном – во имя преподобного Алексия, человека Божия.

Троицкий собор построен в стиле позднего классицизма. Его основной объем имеет с востока полукруглую апсиду, а с трех остальных сторон – шестиколонные портики. Здание увенчано круглым барабаном с широкими окнами. Полусферический купол барабана завершает небольшая главка с крестом.

После 1930 года, когда на территории Данилова монастыря размещался детский приемник, здание собора сильно пострадало от приспособления его к бытовым и производственным нуждам. В процессе реставрационных работ 1983–1986 годов были восстановлены портики на южном и северном фасадах храма и другие утраченные детали. Усилиями архитекторов, мастеров различных специальностей и братии монастыря собору возвращен его прежний облик.

От внутреннего убранства храма сохранились лишь фрагменты, но именно они вместе с обнаруженными в Центральном государственном архиве древних актов СССР проектными чертежами О.И. Бове позволили воссоздать интерьер собора в виде, близком к первоначальному.

Благодаря нерасчлененной поверхности стен и единообразию архитектурных деталей внешний облик собора производит строгое, цельное впечатление. Интерьер же поражает великолепием декоративного убранства, в котором гармонично сочетаются живопись, лепнина и золоченая резьба по дереву.

Иконы для иконостасов Троицкого собора написаны насельником Троице-Сергиевой лавры архимандритом Николаем (Самсоновым). На апсиде храма помещена мозаичная икона Пресвятой Троицы, повторяющая прославленный образ преподобного Андрея Рублева.

Главная святыня Троицкого собора – хранящаяся в деревянном ковчеге частица мощей благоверного князя Даниила. По преданию, эта драгоценная святыня принадлежала настоятелю Данилова монастыря в 1917–1930 годах архиепископу Феодору (Поздеевскому). Духовные чада святителя бережно хранили частицы святых мощей преподобного князя. Впоследствии эти святыни попали в Америку. Данилову монастырю они были переданы в 1986 году предстоятелем автокефальной православной церкви в Америке блаженнейшим Феодосием, архиепископом Вашингтонским, митрополитом всей Америки и Канады.

Храмовая икона Пресвятой Троицы XVI века, помещенная в резном золоченом киоте на юго-восточном столпе, пожертвована в обитель из частного собрания незадолго до освящения собора после реставрационно-восстановительных работ 27 апреля 1986 года. В киоте на северо-восточном столпе находится образ Божией Матери «Троеручица» XVII века. Эта икона издревле почитается как чудотворная.

Монастырское предание свидетельствует и о чудесах, совершенных Господом через икону своего угодника, преподобного Иоанна Кассиана Римлянина.

Образ святого Иоанна, написанный в XVIII веке, пожертвован в обитель в 1806 году.

Иконы Божией Матери «Троеручица» преподобного Иоанна Кассиана Римлянина и Владимирская икона Божией Матери с акафистом из храма Святых Отцов семи вселенских соборов находились после 1930 года в церкви Сошествия Святого Духа на Даниловском кладбище в Москве, откуда по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Пимена возвращены в возрожденный Свято-Данилов монастырь.