Троицкий собор сооружен на высоком подклете, где были погребены благотворители обители, московские купцы Куманины и Шестовы, на чьи пожертвования построен храм. В 1930-х годах эти семейные усыпальницы, как и весь некрополь Данилова монастыря, подверглись варварскому разорению.

Ныне в подклете собора – церковь в честь рождества пророка, предтечи и крестителя Господня Иоанна, освященная 23 мая 1988 года. Иконостас церкви выполнен в виде белокаменной алтарной преграды. В этом храме обычно совершается таинство исповеди, и прихожане с особым усердием обращаются с молитвами к святому Иоанну Предтече, посланному в мир проповедовать покаяние и приближение царства Христова.

В восточной части монастыря находился древний некрополь. Здесь, на братском кладбище, был в 1303 году погребен основатель обители князь-схимник Даниил. Впоследствии в стенах монастыря хоронили не только духовных лиц, но и мирян, среди которых были выдающиеся деятели науки, искусства, культуры: Н.В. Гоголь, А.С. Хомяков, Ю.Ф. Самарин, Н.М. Языков, С.М. Третьяков, Н.Г. Рубинштейн, В.Г. Перов и другие.

Монастырский некрополь в его изначальном виде не сохранился.

Вслед за вволю «пошалившими» здесь новгородскими авантюристами – «ушкуйниками» – Карельский берег Белого моря в XII–XIII веках стал осваиваться монахами, создававшими монастыри, скиты и пустыни. Бывавшие на Соловецких островах охотники и рыбаки рассказали о них в 1429 году старцу Савватию, искавшему уединения после смерти своего учителя Кирилла Белозерского.

Савватий впоследствии почитался жителями монастыря как первооткрыватель островов; место, где он прожил 6 полных лишений лет, носит его имя, но монастырь создал не он. В 1436 году на Соловках появился энергичный местный поморский житель Зосима, раздавший бедным свое имущество, решивший отречься от мира и собравший вокруг себя единомышленников. Образовалась крепкая религиозно-хозяйственная община, начавшая активно обустраиваться на избранной ими земле. Характерна запись об этом в древней монастырской летописи: «Тружахуся постом и молитвами купно же и ручным делом…» Собственно, это главный принцип поведения островитян, обеспечивший в будущем славу и процветание монастырю и всей территории островов.

Первоначально монастырь получал помощь от Новгорода, на землях которого он стоял, но и после падения Новгородской республики великий князь Московский, заинтересованный в наличии на пограничном севере крепкого хозяина, миссионера и защитника, поддерживал права соловецких монахов на владение островами.

До середины XVI века Соловецкий монастырь был довольно скромной обителью с деревянными церковными, жилыми и хозяйственными постройками. Однако сильный дух его обитателей проявился в скором времени. В 1548 году игуменом стал незаурядный и деятельный Филипп (в миру – боярин Федор Колычев). При нем в монастыре начинают строиться величественные каменные храмы, крупные хозяйственные сооружения, развивается торговля и собственный флот. Прокладываются новые дороги, многочисленные озера соединяются каналами, что улучшает водоснабжение и передвижение на легких судах и лодках (эти каналы действуют и сейчас). Для решения «продовольственной программы» создаются пастбища и скотный двор на острове Большая Муксалма, а вблизи монастыря устраиваются большие искусственные пруды-садки для разведения и содержания морской рыбы. Летописец сообщает: «…при Филиппе игумене прибыли шти с маслом, да масляные приспели разные блины…» Различные технические новшества облегчали ручной труд – «автоматическая» подача зерна на сушку, разлив сваренного кваса по бочкам… Размах каменного строительства потребовал создания кирпичного завода, а также добывания средств и приглашения мастеров, что и было с успехом сделано – энергичный Филипп не сидел затворником на Соловках, а ездил по России и налаживал связи со многими «полезными людьми».

Восемнадцать лет управлял Филипп монастырем, превратив его за эти годы в один из крупнейших на Севере. В 1566 году Филипп был призван Иваном IV на место митрополита Московского, а в 1569 году по его же приказу был задушен Малютой Скуратовым в Твери, куда был сослан за протест против произвола опричников. Имя Филиппа в Соловецком монастыре свято и увековечено неоднократно.

Во второй половине XVI века над Соловками нависла военная опасность. Удивленные и раздраженные активностью соловецкого торгового судоходства шведы в самый разгар Ливонской войны посылают к русским берегам военные корабли. Обеспокоенные соловецкие островитяне начинают возводить деревянную крепость, замененную в 1582–1596 годах каменной. В крепости появляется войско с воеводой, призванное защищать берега Белого моря и монастырь от нападения шведов.

К середине XVII века монастырь достигает расцвета, растет его политическое и нравственное влияние не только на Севере, но и во всем государстве. Но именно в это время, единственный раз в своей истории, монастырь подвергся страшному разгрому с многочисленными кровавыми жертвами. Так наказали его в конце знаменитого восьмилетнего «Соловецкого сидения» (1668–1676) царские войска за сопротивление церковной реформе патриарха Никона (кстати, жившего когда-то на Анзерском острове). При этом взять крепость штурмом так и не удалось – помог предатель.

Событием, покрывшим монастырь неувядающей военной славой, была неожиданная, весьма интенсивная и продолжительная, но совершенно безрезультатная бомбардировка монастыря двумя английскими шестидесятипушечными фрегатами в 1854 году, во время Крымской войны. Военные корабли, выпустившие из своих пушек за 9 часов канонады около 2000 ядер и бомб, ушли, слегка повредив отдельные здания и никого не убив. Это событие резко повысило авторитет монастыря среди верующих. Значительно увеличивается количество паломников и почетных гостей, в числе которых был и посол Франции в России Талейран.

Заботы об обустройстве монастыря продолжались и во времена, близкие к нашим. Характерна в этом отношении сооруженная в 1912 году гидроэлектростанция на самотечном канале из Святого озера в Белом море.

Продолжалось дальнейшее обустройство островов, если бы монастырь остался действующим? Кто знает. Но зато точно известно, что из всех привлекательных качеств и особенностей архипелага и монастырских строений большевиков заинтересовали только те, которые позволили без особых лишних затрат устроить здесь тюрьму.

Стены монастыря и раньше использовались для изоляции и наказания преступников и еретиков. Но если за 400 предыдущих лет здесь перебывало чуть более трехсот узников, то всего за 20 неполных лет существования «Соловецкого Лагеря (потом тюрьмы) Особого Назначения» (СЛОНа) их было сотни тысяч, большинство из которых так и остались на Соловках в безымянных братских могилах…

К концу 1940-х годов Соловецкий архипелаг утратил это свое предназначение…

В 1965 году в Соловецком кремле начались реставрационные работы. Сегодня уже многие объекты приняли свой прежний облик, утраченный в первую половину ХХ века; изучается его история, строится поселок у стен древнего монастыря, взяты под охрану государства все многочисленные культовые, хозяйственные, жилые и инженерные сооружения островов, их уникальная природа.