Алансон искал политическую поддержку — и корону. Екатерина убедила его, что он обретет то и другое, если женится на Елизавете. Елизавета богата и влиятельна, и королева-мать знала: если ему удастся заполучить ее в супруги, он прекратит опасные и глупые попытки найти себе трон в Нидерландах. Когда ряд затруднений в дискуссиях о браке удалось преодолеть, решили, что герцогу пора встретиться с Елизаветой лично. Екатерина, находившаяся в то время в миротворческом путешествии на юге, даже поговаривала о личной поездке в Англию, чтобы все уладить. Она написала герцогине д'Юзес: «Хотя наш возраст более располагает к отдыху, нежели к путешествиям, я должна отправляться в Англию». Алансон прибыл в Англию 17 августа 1579 года, но мать все-таки не поехала с ним, и так Елизавета и Екатерина никогда и не встретились.

Его визит должен был происходить инкогнито и неофициально, но Елизавета, казалось, совершенно очарованная герцогом, которого называла: «моя лягушечка», провела с ним две недели в восхитительном флирте. После его отъезда Елизавета, по слухам, заявила, что он не так уродлив, как ей сообщали. Венценосная невеста всеми способами создавала впечатление, что не смогла устоять перед чарами юного поклонника, а двор старательно делал вид, будто и понятия не имеет, кто же этот таинственный воздыхатель. Когда настала пора герцогу возвращаться во Францию, они «весьма нежно прощались». После женитьбы Филиппа II на Марии Тюдор большинство англичан были в ужасе при мысли об иностранном консорте, а французский католический принц представлялся худшим из зол. Правда, некий проповедник объявил Алансона и его семейку «безнравственной и распутной», добавляя, что «даже если хотя бы четвертая часть рассказов о них — правда», то эта компания достойна преисподней. И королева, мол, совершит непоправимую ошибку, выйдя замуж за этого прощелыгу, «по рождению француза, но по сути — паписта, по разговору — атеиста, орудия в руках всех злых сил Франции, римского шпиона в Англии, колдуна-чернокнижника… который недостоин быть даже дворецким ее величества» Вот каково было мнение о сыновьях Екатерины Медичи.

Вернувшись из длительной поездки по югу, Екатерина обнаружила, как трудно внедрить в жизнь статьи достигнутого ею договора о мире. На Рождество она слегла с жестоким приступом ревматизма и все праздники провела в кровати, вдобавок ее сильно беспокоило состояние Генриха. Король выглядел измученным, худым и очень ослабленным. В апреле 1580 года гугеноты неожиданно напали на Монтобан и началось шестимесячное противостояние, позже прозванное «Войной любовников», ибо причиной седьмой религиозной войны безосновательно считали сексуальные скандалы при дворе Генриха Наваррского. Марго завела любовную интригу с протестантом, виконтом де Тюренном, одним из полководцев своего мужа, в то время как сам Генрих Наваррский вступил в связь с известной красоткой по прозвищу «La Belle Fosseuse» («Прекрасная Фоссеза»), (которой позже Марго будет помогать при родах). Такое положение дел в провинциальном Нераке вызвало горькие и язвительные замечания со стороны Генриха III, а французских придворных немало повеселило. Когда король был в духе, он любил посмеяться над чудачествами патриархального и захолустного двора. Генрих знал, куда целиться, когда высмеивал сестрицу. Его элегантные выпады достигли ушей Марго и ее мужа, хотя предположение, что Наваррский начал из-за этого войну, кажется просто нелепым. Намного вероятнее, что выступление протестантов объяснялось многочисленными вылазками католиков и общей неудовлетворенностью Неракской конвенцией.

Генрих Наваррский извинился перед Марго, написав, что «крайнее сожалеет» о сложившейся ситуации: «Я должен был принести вам покой и радость, а вместо этого вызвал прямо противоположные чувства, позволив себе столь неудачно испортить наши отношения». Екатерина писала зятю о соглашении, которое незадолго до этого они с таким трудом заключили, и просила его придерживаться установлений, проявляя преданность королю: «Сын мой, не могу поверить, будто возможно, чтобы вы желали разрушения нашему королевству… а также и своему, если начнется война». Она обращалась к нему как к принцу крови, со словами: «Я не могу поверить, что при столь высоком происхождении вы пожелали бы стать предводителем отщепенцев, воров и преступников, кои водятся в наших владениях». Если Генрих не сложит оружия, то Господь отвернется от него, — писала Екатерина, добавляя: «И вы останетесь один, в окружении лишь отщепенцев да тех, кто заслуживает виселицы за свои преступления Заклинаю вас поверить мне и навести порядок, крайне необходимый, дабы это несчастное королевство жило в мире Пожалуйста, поверьте мне, и тогда вы увидите разницу между советом любящей вас матери и тех людей, кто не любит ни самих себя, ни своего господина, а любят только грабеж, разрушение, и в конце концов теряют все.»

Марго пыталась предупредить советников короля Наваррского об опасностях, которые обрушатся на них, если они начнут войну. Екатерина, в свою очередь, писала дочери, предупреждая молодую королеву и прося удержать мужа от поспешных действий, чтобы не дать разразиться беде. Если бы причиной войны действительно было бы безнравственное поведение ее дочери, как говорили, то Екатерина вряд ли просила бы своего зятя вмешаться в ситуацию. Несмотря на все усилия, лидеры католиков и протестантов оказались бессильны предотвратить короткую и бессмысленную войну, приведшую к заключению мира при Фле 26 ноября 1580 года. Договор, «дарующий многие законные права гугенотам», хотя и неосуществимый на практике, можно рассматривать как ратификацию «Мира Короля» от 1577 года, равно как и Неракской конвенции, подписанной Екатериной и Наваррским. Похоже, гражданские войны становились для Франции смертельно опасной привычкой.

В 1580 году в стране разразились еще и природные бедствия. В апреле и без того разоренная земля подверглась грозному испытанию: в Кале произошло землетрясение, отголоски которого ощущались даже в Париже. Несколько дней спустя ужасные ливни вызвали в столице наводнение. В тот год Францию охватили три эпидемии. Первая, докатившаяся позже до Италии и Англии, разразилась в феврале, вторая — вспыхнула в Париже в июне, когда люди стремительно стали падать жертвами тяжелого недуга. Екатерина, Генрих, герцог де Гиз и многие другие влиятельные фигуры при дворе заболели, но всем удалось выжить. Симптомы, описанные историком де Ту, таковы: вначале хворь «поражала основание позвоночника, вызывая тяжесть в голове и слабость в членах, затем начиналась сильная боль в груди. Если пациент не выздоравливал на третий-четвертый день, начиналась лихорадка, приводящая к летальному исходу». Французы назвали эту болезнь «коклюш». Лишь только миновала опасность и «коклюш» отступил, в Париже в свои права вступила чума, как это бывало почти ежегодно. Она началась в июле. Но в 1580 году болезнь бушевала с невиданной силой, поэтому все, кто мог, покинули город. Екатерина отправилась в Сен-Мор, а король — в Олэнвиль, когда чума ежедневно стала уносить сотни жизней. В Париже, покинутом всеми, кроме бедняков, грабили богатые дома, и даже Лувр подвергся ограблению. От этих природных бедствий и болезней в тот год погибло свыше 140 тысяч жителей — много больше, чем пало их от войн и убийств.

В 1580 году умер король Португалии Энрике. Его предшественник Себастьян, потенциальный жених Марго, погиб в 1578 году в битве за Алказаркивир, сражаясь с маврами, и трон занял его престарелый дядя-кардинал, умерший без объявления наследника. Екатерина немедленно выдвинула весьма неубедительные претензии на трон, ссылаясь на происхождение по материнской линии от Альфонсо III (умершего в 1279 году) и его супруги, королевы Матильды Булонской. Тем не менее, Генрих III формально поддержал требования матери. В соборе Нотр-Дам отслужили заупокойную мессу по покойному королю, на которой, впрочем, Генрих отсутствовал, предоставив распоряжаться матери.