Кардинал де Берни, французский посол в Риме, писал:

Упомянутая любовь к секретности создала папе серьезные трудности в отношениях со Священной коллегией. Он не доверял своих замыслов кардиналам и даже не интересовался их мнением по тому или иному вопросу Они начали выражать сожаления по этому поводу; не получив ответа, они взяли дело в свои руки, бойкотируя церковные церемонии, в результате чего папе пришлось совершать богослужения практически в одиночку Более того, привычка Климента окружать себя людьми низкого звания вызвала значительное напряжение в отношениях между ним и римской знатью — вплоть до того, что всего через четыре месяца после его восшествия на Святой престол она отказалась являться на церемонии, что традиционно входило в ее обязанности. Особенное раздражение вызывал у нее личный секретарь папы, его любимец и товарищ по ордену Святого Франциска Бонтемпи, сын повара из Пезаро. Именно Бонтемпи, а не канцлер Папской области Орсино Паллавичини выполнял при папе роль конфидента.

Инстинктивное желание папы умиротворять все и вся привело к тому, что сразу же после своего вступления на престол он начал дискуссию с Португалией и державами, находившимися под властью Бурбонов. Разобраться с Португалией оказалось легко. После десяти лет ожесточения в отношениях все до одного жители Португалии искренне желали прекращения ссоры. Единственное исключение составлял Помбал, но после того как Климент утвердил все угодные ему кандидатуры на епископские должности и предложил красную шапку его брату, даже ужасный маркиз смягчился. Затем в 1770 году папа предпринял новый серьезный шаг. Он отменил ежегодное чтение буллы «In coena Domini», навеки положив конец традиции, восходившей самое позднее к началу XIII века, — той самой буллы, куда его предшественник включил герцога Пармского, что повлекло за собой ультиматум Бурбонов.

Эти и другие подобные им жесты отчасти улучшили отношения между сторонами, но Климент по-прежнему испытывал постоянное давление и хорошо понимал, что рану не удастся залечить, пока Общество Иисуса не будет распущено раз и навсегда. Он откладывал этот шаг до последней минуты. Но в 1773 году стало известно, что Бурбоны планируют решить проблему силовым методом, что почти наверняка должно было привести к полному разрыву — то есть к полному отказу наиболее могущественных европейских держав признавать авторитет Святого престола. Некоторые сомнения еще оставались в отношении габсбургской Австрии, поскольку Мария Терезия прежде благоволила иезуитам и доверила им образование своих сыновей. Но в апреле императрица, весьма надеявшаяся выдать свою дочь Марию Антуанетту замуж за французского дофина, будущего Людовика XVI, отправила письмо испанскому королю Карлу III, где подтверждала, что, несмотря на глубокое уважение, питаемое ею к Обществу, если папа сочтет целесообразным в интересах сохранения единства католического мира запретить его деятельность, она не станет чинить препятствий. Сохранились свидетельства нескольких людей, хорошо знавших ее, о том, что она сожалела об этом письме всю оставшуюся жизнь; ее сожаления были бы еще горше, узнай она о том, какая судьба ожидала ее дочь, ради которой она принесла в жертву Общество Иисуса.

После обнародования письма Марии Терезии у папы, можно сказать, больше не осталось карт. Итак, булла, содержавшая запрет деятельности ордена, «Dominus ас redemptor noster» («Господь и Спаситель наш»), подготовленная в канцеляриях курии, была выпущена 16 августа 1773 года. На следующий день генерала ордена Лоренцо Риччи препроводили в Английский колледж в Риме, откуда через месяц его перевезли в замок Святого Ангела. Тем временем кардиналы разделили между собой содержимое его винного погреба. Та же участь постигла большую часть коллекции предметов искусства, принадлежавшей иезуитам, хотя наиболее ценные из них попали в музеи Ватикана.

Кроме Риччи, в замок бросили его секретаря, пять помощников, ведавших делами ордена в Италии, Польше, Испании, Португалии и Германии, и еще семь человек. По приказу тюремщика, монсеньора Альфани, весьма одиозной личности и испанского посла в Риме, Хосе Монино, им запрещалось разговаривать друг с другом; окна в их камерах заделали досками, чтобы они не могли поддерживать никакой связи с внешним миром. В октябре им запретили участвовать в мессе; сумму, выделявшуюся на их пропитание, урезали вдвое. Затянувшееся изнурительное расследование не выявило ничего преступного в их действиях, однако их продолжали держать в заточении. Несмотря на неоднократные прошения в адрес Климента и его преемника, семидесятичетырехлетний Риччи скончался в 1775 году, по-прежнему находясь в замке Святого Ангела (правда, похоронили его все же в иезуитской церкви Джезу). После его смерти, однако, преследования его товарищей были приостановлены. Двое умерли раньше его; последнего заключенного освободили в феврале 1776 года.

Бесчеловечное обращение с этими людьми, состоявшими в сане священников, против которых не было найдено ни одного свидетельства, изобличавшего бы их в каких бы то ни было преступлениях, навеки оставило пятно на репутации Климента XIV, и без того уже запятнанной. Сам он не имел никаких претензий к иезуитам: в противном случае почему же он откладывал свои действия против них в течение трех лет? Однако он всегда понимал, что расформирование ордена — это цена, которую ему предстоит заплатить за избрание на Святой престол, и он был готов без малейших колебаний принести эту жертву. Он мог возразить, что на тот момент у него не было выбора и что Святой престол не мог надеяться возвратить себе уважение католических стран Европы, пока орден продолжал существовать. Увы, после его упразднения уважение к папству пострадало еще больше и его международный престиж упал так, как не падал ни разу со времен Средневековья.

Последние годы папа влачил жалкое существование. Мучительная кожная болезнь, от которой он страдал многие годы, внезапно значительно усилилась; вместе с тем он впал в глубокую депрессию. Терзаемый манией преследования, он пребывал в постоянном страхе за свою жизнь, боясь покушений, — настолько, что перестал целовать ноги изображения Христа на своем любимом распятии, думая, что иезуиты смазали их ядом. В течение нескольких месяцев его состояние ухудшилось до такой степени, что к августу, по словам Чентомани, агента Неаполя в Риме, «он исхудал и полностью утратил румянец; глаза его блуждали, из открытого рта капала слюна». Его смерть утром 22 сентября 1774 года стала облегчением для всех вокруг него — и, безусловно, для него самого. И даже тогда, увидев, как быстро истлевает его тело, нашлись многие, считавшие, что иезуиты все-таки в конце концов добились своего.