Император Зенон во все годы своего правления сильно нуждался в деньгах (отчасти вследствие колоссальной стоимости неудавшейся экспедиции в Африку в 468 году). Он также столкнулся с чередой серьезных внутренних угроз, и во многих отношениях знаменательно, что он смог продержаться у власти семнадцать лет. Почти два года ушло у него на то, чтобы подавить восстание Василиска, шурина императора Льва; в какой-то момент Зенону пришлось бежать на родину в Исаврию. Василиск допустил ряд серьезных промахов, и когда один из главных его сторонников-военачальников, склонившись на просьбы Зенона, перешел на сторону последнего, стало ясно, что крах восстания близок. Зенон вновь занял Константинополь в 476 году. Василиск был казнен вместе с сыном, которого сделал своим соправителем. Через несколько месяцев еще одной жертвой стал тот командующий, чье отпадение от узурпатора сделало возможной победу Зенона. Восстановленный на престоле император не хотел рисковать.

Следующим узурпатором стал зять Льва Маркиан. Его провозгласили императором в 479 году; он попытался овладеть Константинополем, но потерпел полное поражение. На сей раз Зенон проявил большее милосердие: узурпатора заставили принять духовный сан и отправили в изгнание. Оба бросивших вызов Зенону пользовались поддержкой гота Теодориха Страбона. На какое-то время он вступил в союз с другим Теодорихом; их объединенные силы опустошили фракийские провинции и даже приблизились к Константинополю, намереваясь захватить его. Все попытки силой одолеть Страбона потерпели неудачу, но в 481 году он внезапно скончался. Другому Теодориху Зенон пожаловал звание magister militum (этот титул имел также и Страбон, когда его отношения с константинопольским режимом налаживались, что происходило несколько раз) и задействовал его, дабы тот справился с сыном Страбона. Многие из уцелевших воинов последнего присоединились к войску самого Теодориха, тем самым значительно усилив его.

Зенон добился наибольшего успеха из всех представителей исаврийской знати, возвышенной императором Львом. Однако появились явные признаки недовольства возвышением исавров со стороны других офицеров; свидетельством их непопулярности у широких слоев населения стал тот факт, что во время волнений в Константинополе именно они оказались жертвами толпы. То, что император был исавром, еще не гарантировало верности офицеров-соплеменников. Разочарование, а также, весьма вероятно, давнишняя личная вражда привели к тому, что двое исавров подняли восстание в 484 году. Лидеры мятежа обратились за помощью к персам, но реальную помощь получили только от одного из сатрапов Армении. Зенону удалось собрать армию, состоявшую из сильных контингентов готов и ругов, а также регулярных войск. Мятежники быстро потерпели поражение в битве, хотя для того, чтобы взять их последний оплот и окончательно подавить восстание, потребовалось четыре года. К этому времени Теодорих и его люди покинули Придунавье и перебрались в Италию. Вне зависимости от того, пытался ли Зенон привлечь их для борьбы с Одоакром, он, несомненно, был рад, что этот могучий и непостоянный союзник ушел из Восточной империи.

Зенон умер от болезни в 491 году. Он не оставил наследника, и после длительных дебатов при дворе было решено предоставить выбор его вдове Ариадне, дочери Льва. Она избрала человека, которому уже перевалило за пятьдесят, — чиновника при императорском дворе, по имени Анастасий, и сразу вышла за него замуж. Его возвышение повлекло за собой новую череду волнений в Исаврии, поначалу имевших целью удовлетворить интересы брата Зенона, Лонгина, избрания которого императором двор старался избежать больше всего. Анастасий быстро отправил Лонгина в изгнание и дал восстанию вооруженный отпор. С той же жесткостью он пресек беспорядки в Антиохии и самом Константинополе, что, по-видимому, стало причиной его непопулярности у широкого населения. Несмотря на трудности в начале царствования, Анастасий показал себя талантливым политиком и добился больших успехов как правитель: он занимал трон вплоть до смерти, последовавшей через двадцать семь лет. При нем значительно улучшилась финансовая ситуация в империи, что позволило ему существенно пополнить казну.

Восточная Римская империя, которой управлял Анастасий, отчетливо напоминала империю в момент ее создания в 395 году. Хотя он провел денежную реформу и предпринял много усилий, чтобы добиться от бюрократии максимальной эффективности, структуры государственной гражданской службы, ее ведомства и отделы, в сущности, не претерпели изменений. В юридической практике, а также в официальных документах продолжала использоваться латынь, хотя для большинства бюрократов она не являлась родным языком. Анастасий реформировал систему выплат в армии: основная их часть теперь вновь стала денежной, прежде солдаты получали одежду, снаряжение и продовольствие. По-видимому, в результате его усилий военная служба сделалась гораздо привлекательнее для населения, появилось достаточно волонтеров для удовлетворения потребности армии в солдатах. В будущем власти стали несколько меньше пользоваться услугами наемных отрядов и контингентов союзников.

В 395 году бюрократия в обеих половинах империи почти не различалась с точки зрения ее организации; то же можно было сказать о вооруженных силах. Менее чем за сто лет армия на Западе исчезла; перестало функционировать и административное управление на уровне выше провинциального. Еще более заметный факт: сам пост императора на Западе оказался упразднен. То, что восточная половина империи, очевидно, точно такая же, как западная, после краха императорской власти в последней продолжала существовать, часто используется для доказательства большего влияния на судьбу Запада внешней угрозы, а не внутренних проблем. Согласно этой логике, если Восток уцелел, то базовые структуры империи конца IV—V века не могли иметь роковых изъянов.

Наиболее очевидное отличие Востока от Запада определялось расселением варваров. Восточная империя подверглась мощным нападениям по всей длине придунайской границы: армия великой империи Аттилы неоднократно избирала мишенью этот регион, причиняя ему значительный ущерб. Лишь в последние годы своего правления он обратил войска против Запада. Гуннская держава рухнула вскоре после его смерти, но его сыновья организовали несколько больших набегов на территорию, принадлежавшую Риму. Некоторые державы, возникшие в результате крушения империи Аттилы, прежде всего созданные несколькими группами остготов на границах с Паннонией и Фракией, повели себя столь же враждебно. Позднее, в V и VI веках, новые племена — такие как булгары, славяне и авары — вошли в контакт с империей на приграничных территориях и действовали так же воинственно и агрессивно. Начиная с 382 года и далее несколько варварских племен получили дозволение поселиться на территории империи. Впоследствии часть их вновь мигрировала, причем все без исключения перебирались на земли Запада. Мы куда меньше знаем о мирных племенах, нежели о воинственных (что неизбежно). В отличие от правителей на Западе императорам Востока не пришлось смириться с постоянной оккупацией варварскими племенами значительной части своих провинций.

Свою роль в этом сыграла география. Босфор представлял собой постоянно существующую преграду, чрезвычайно затруднявшую для любого племени проникновение в Азию. Персия была великой державой. Однако куда проще было сладить с одним монархом, чем с многочисленными вождями и военными диктаторами, соперничавшими между собой. В особенности это справедливо в отношении ситуации, сложившейся в V веке, когда персидская монархия ослабела и ее правители почти перестали предпринимать масштабные нападения на соседей-римлян. Кроме того, перед ними возникла серьезная проблема: на северной границе появились «белые гунны», чья враждебность постоянно усиливалась. Трудности на восточной и южной границах империи по самой природе своей глубоко отличались от тех, что имелись в Европе. На юге и востоке отсутствовало давление со стороны различных лидеров, которые хотели урвать кусок территории и навсегда завладеть им. Императоры Востока не теряли одну за другой провинции и доходы, отходившие к варварам. Ресурсы, находившиеся в их распоряжении, в течение V века оставались в основном прежними. Расходы на экспедиции для отвоевания Африки у вандалов обошлись Восточной империи недешево, но, несмотря на все сопряженные с этим трудности, понесенные ею потери имели временный характер.