Ночь на 3 декабря стала для «Севастополя» роковой. В корабль попали сразу три японские торпеды, в результате чего броненосец потерял управление. После этого корабль мог использоваться только в качестве несамоходной плавучей батареи. Артиллерийские стрельбы по врагу севастопольцы вели до вечера 19 декабря, когда на корабле был оглашен тягостный для моряков приказ — затопить броненосец в связи со сдачей крепости Порт-Артур. 20 декабря буксир «Силач» вывел «Севастополь» из бухты. К этому дню команда корабля состояла всего из сорока человек, а обязанности старшего офицера с 13 ноября исполнял Петр Черкасов. Борт обреченного корабля он покидал предпоследним. Командир «Севастополя», капитан 1-го ранга Н.О. фон Эссен, и сжимавший в руках кормовой флаг броненосца Черкасов со слезами на глазах следили за тем, как израненная в боях громада медленно погружается в волны. «Севастополь» уходил гордо, как и полагается русскому боевому кораблю, с развевающимся на мачте сигналом «Погибаю, но не сдаюсь», который поднял на стеньге фок-мачты Черкасов…

По итогам Русско-японской кампании Петр Нилович Черкасов был награжден орденами Святой Анны 3-й степени с мечами и бантом, Святого Станислава 2-й степени с мечами и Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом. Отличился в боях и старший брат Петра Василий Черкасов — в родной дом он вернулся с орденами Святой Анны 3-й степени с мечами и бантом, Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом, Святого Станислава 2-й степени с мечами и Золотым оружием «За храбрость».

Трагическая новость пришла в семью Черкасовых летом 1904 года. 16 июня погиб в чине лейтенанта брат Петра — 30-летний Анатолий. Он служил на первой русской подводной лодке «Дельфин». Когда во время учебного погружения возникла нештатная ситуация, Анатолий отказался покинуть гибнущий корабль и остался на лодке, дав возможность спастись проходившим обучение новичкам… Похоронили верного долгу моряка на Смоленском кладбище Петербурга. Братья Черкасовы получили известие о гибели Анатолия еще на «Севастополе», отслужили по нему панихиду… Этот случай глубоко запал Петру в душу. Скорбя по брату, он вместе с тем гордился его поступком.

По возвращении с Дальнего Востока Черкасов некоторое время находился в отпуске — раны, полученные в боях с японцами, давали о себе знать. Только 24 августа 1907 года признанный годным для дальнейшей службы офицер получил новое назначение. На этот раз оно было мирным — служить предстояло на построенном в 1895 году учебном судне «Верный». Но Черкасов хотел вернуться именно на боевой корабль и два года спустя добился своего — командование предложило ему миноносец № 213. Это был построенный на петербургской Охтинской верфи трехтрубный корабль водоизмещением 205 тонн, вооруженный тремя 37-миллиметровыми пушками французского производства и тремя торпедными аппаратами. И хотя этот спущенный на воду в мае 1903-го миноносец уже считался морально устаревшим (его скорость составляла 24 узла, в то время как зарубежные аналоги в то время давали уже около 30 узлов), Петр Нилович с удовольствием согласился на предложение. 15 октября 1909 года теперь уже старший лейтенант Черкасов впервые ступил на палубу в полном смысле «своего» корабля…

«Миноносником» Черкасову довелось быть чуть меньше года. 1 октября 1910-го он был зачислен штатным слушателем Николаевской морской академии по военно-морскому отделению, а год спустя начал посещать дополнительный курс академии по отделению военно-морских наук. 6 декабря 1912 года, в день тезоименитства императора Николая II, он был произведен в капитаны 2-го ранга. В том же месяце разошлись служебные пути братьев Черкасовых — Василий, которому долгое время доводилось служить вместе с младшим братом, получил назначение на строившийся черноморский линкор «Иоанн Златоуст».

1913 год ознаменовался для Петра Ниловича радостным событием — он наконец встретил свою единственную даму сердца, 31-летнюю Сусанну Владимировну Гильтебрандт. Ее дедом был придворный медик, а отцом — скончавшийся 30 ноября 1912 года тайный советник Владимир Аполлонович Гильтебрандт, занимавший должность врача при центральных учреждениях Морского министерства и Главного адмиралтейства. Родной дядя жены П.Н. Черкасова, Яков Аполлонович Гильтебрандт, с 1909 года имел чин адмирала. Морским офицером был и двоюродный брат Сусанны Владимировны, Кирилл Платонович Гильтебрандт, с которым П.Н. Черкасов был знаком еще по Порт-Артуру. В Первую мировую он командовал на Балтике тральщиком «Взрыв» и был убит матросами в марте 1917 года.

В мае 1913-го Петр Нилович взял отпуск и отправился с женой в родные края — в имение своей прабабушки Катунки Нижегородской губернии. Заслуженный моряк, пользовавшийся там всеобщей любовью, был избран гласным Балахнинского земского собрания. В сентябре Черкасов вернулся на Балтику и приступил к чтению лекций в Николаевской морской академии. Однако его старый знакомый Н.О. фон Эссен уговорил его принять командование над канонерской лодкой «Сивуч». Приказ о назначении последовал 23 декабря 1913 года, буквально накануне Рождества.

Прежде на канлодках Петру Ниловичу служить не приходилось. Этот класс кораблей предназначался для выполнения боевых операций в прибрежной зоне — несения патрульной службы, постановки минных заграждений. «Сивуч» был одной из четырех канонерских лодок, названных в честь погибших во время Русско-японской войны предшественниц (остальные корабли этого типа носили названия «Гиляк», «Бобр» и «Кореец»). Изначально все эти корабли строились для службы на реке Амуре и охраны дальневосточных рубежей России, но судьба распорядилась так, что все четыре канонерки остались на Балтике. «Сивуч» вступил в строй 24 июля 1908 года и с сентября 1913-го был прикомандирован ко 2-й минной дивизии Балтфлота, базировавшейся в Свеаборге (ныне Суоменлинна, Финляндия). Водоизмещение корабля — 960 тонн, экипаж состоял из 10 офицеров и 138 матросов. Канонерская лодка была вооружена двумя 120-миллиметровыми и четырьмя 75-миллиметровыми орудиями, тремя пулеметами и несла на борту 40 мин.

Конец 1913-го — начало 1914 года прошли для «Сивуча» в Учебно-минном отряде — на борту канонерки проходили практику воспитанники Морского инженерного училища. Но учебными походы балтийских канлодок оставались недолго. 20 июля 1914 года был объявлен Высочайший манифест о войне с Германией, и для «Сивуча» начались боевые будни. С открытием военных действий канонерка перешла в состав 2-й минной дивизии Балтфлота (в апреле 1915-го она вместе с 1-й образовала единую Минную дивизию) и несла боевую службу на Або-Оландской шхерной позиции — патрулировала финские шхеры. 8 марта 1915 года командир «Сивуча» за успешную боевую работу был награжден орденом Святой Анны 2-й степени с мечами.

На протяжении первого полугода войны крупных сражений на русском участке Балтийского моря не было. Но в конце июня 1915-го ситуация на Балтике изменилась. Германская армия захватила Курляндию, в распоряжении немецкого флота оказались русские военно-морские базы Либава и Виндава (ныне Лиепая и Вентспилс, Латвия). Развивая наступление, войска противника вырвались к берегу Рижского залива, а юго-западнее Риги подошли к реке Западная Двина. Малочисленные на этом участке русские войска были сведены в так называемый Шлокский отряд, практически лишенный артиллерии. Для поддержки пехоты в Рижский залив были посланы «Сивуч» и «Кореец» (командиром последнего был капитан 2-го ранга И.К. Федяевский). 8 июля обе канлодки прибыли в Усть-Двинск (ныне Даугавгрива, Латвия) и перешли в оперативное подчинение капитану 2-го ранга А.В. Стеценко, который отвечал за взаимодействие морских и сухопутных сил Рижского укрепрайона.