Отец Михаила, Филарет, томился в польском плену. В народе его почитали как мученика за православную веру. Михаил сидел в осаде в Кремле с Мстиславским. Но это нисколько не скомпрометировало Михаила ввиду его несовершеннолетия. Решающее значение для народа имело то обстоятельство, что Михаил в качестве племянника царя Федора был связан родством с законной династией.

Избрание новой династии приостановило развал государства и создало предпосылки для преодоления состояния анархии и смуты в стране.

Сообщение о том, что Земский собор избрал на трон Романова, посеяло раздор в войске Заруцкого. На казачьем круге часть казаков высказалась за то, чтобы вернуться в столицу и получить от нового царя заслуженные деньги. Иван Толстой бежал из лагеря вместе с 200 детьми боярскими и казаками. Явившись в Москву, дворянин сообщил властям, что в стане мятежников нет согласия: «Зарутцкой, де, будто хочет идти в Кызылбаши, а Маринка, де, с ним идти не хочет, а зовет его с собою в Литву».

Московские события отняли у «царицы» Марины надежду на возвращение в царский дворец в Кремле. Она должна была понять, что только возвращение на родину может спасти ее и сына от смерти.

Сигизмунд III пытался привлечь Заруцкого на свою сторону, чтобы использовать его отряды в войне с Россией. Не позднее февраля 1613 г. в руки земских властей попали грамоты, которые вез атаману запорожский казак. Гетман Ян Ходкевич предлагал Заруцкому вернуться на королевскую службу. Вскоре Ходкевич поручил ротмистру Синявскому доставить атаману личное послание гетмана. Царские дипломаты следующим образом излагали содержание послания. Именем короля Ходкевич обещал боярину Новгород Великий и Псков либо Смоленск, по выбору. Надо вспомнить, что Лжедмитрий I подписал договор с Юрием Мнишеком о передаче Марине Новгорода и Пскова в удел. Очевидно, этот договор и имел в виду Ходкевич. По всей вероятности, гетман адресовал письмо Заруцкому и «царице» Марине.

Новгород находился в руках у шведов, и казакам еще предстояло отвоевать его. Король будто бы обещал Заруцкому, что учинит «его великим у себя боярином и владетелем».

Атаман не слишком доверял щедрым посулам литовцев. Он поступил на службу к королю и помог Жолкевскому разгромить русско-шведское войско под Клушином. Но затем он предал поляков и причинил королевскому гарнизону Кремля столько бед, сколько не мог причинить никто другой. В Речи Посполитой атаману пришлось бы держать ответ за свои действия.

Заруцкий вел переговоры с поляками втайне от казачьего круга, что подрывало доверие вольницы к атаману.

Отклонив предложение перебраться в Литву, боярин стал подумывать о том, чтобы пробиться по Волге к Каспийскому морю и вместе с казачьим войском поступить на службу к персидскому шаху. Нимало не считаясь с волей Марины Мнишек, он решил увести ее с собой.

Заруцкий захватил и разграбил несколько тульских пригородов. Но попытки закрепиться под Тулой не дали результатов. Под натиском правительственных сил казаки отошли на Дон к Воронежу.

В конце июня – начале июля 1613 г. под Воронежем Заруцкий вступил в бой с войском воеводы Ивана Одоевского. Сражение продолжалось несколько дней и имело, по-видимому, неопределенный исход.

В казачьем войске множилось недовольство. Московские власти были осведомлены о положении дел в «воровском» лагере. Они переслали казакам перехваченные польские письма к Заруцкому. В свое время круг жестоко расправился с Прокофием Ляпуновым. Теперь опасность грозила Заруцкому. Казаки видели в поляках злейших врагов и считали сношения с ними предательством.

Покинув войско, отступавшее от Воронежа, Заруцкий бежал в степь с несколькими сотнями казаков. В его стане возник заговор. Казаки задумали схватить вождя и выдать его Москве, чтобы покрыть свою вину. Однако боярину удалось скрыться.

После сражения под Воронежем «воровской» лагерь покинуло 2250 казаков. С горсткой казаков Заруцкий ушел в Астрахань. Астраханцы давно отложились от Москвы. Толковали, будто они сами послали за «царевичем» Иваном Дмитриевичем.

Заруцкий окончательно завоевал поддержку астраханцев, прибегнув к обману. Он объявил, «бутто литва завладела» Москвой.

Поддавшись на эту уловку, «меньшие люди» и стрельцы Астрахани приветствовали «воренка». С разных сторон в Астрахань стекался беглый люд. Боярин послал гонцов в Замосковный край и на Белоозеро. Действовавшие там казачьи атаманы сговорились о том, чтобы силой пробиться на Нижнюю Волгу к Заруцкому.

К весне 1614 г. в Астрахани собралось несколько тысяч сторонников «воренка». Заруцкому удалось заручиться союзом с ногайским ханом Иштереком. Предполагалось с наступлением весны начать вместе с ногайцами поход вверх по Волге на Казань.

Казаки и их предводитель помышляли о новых походах. Уже в сентябре 1613 г. на Дон пришла весть о том, что «царь Дмитрий», отец «царевича» Ивана, жив и находится в Персии. Среди других документов астраханского происхождения сохранилась челобитная грамота на имя «царя Дмитрия», «царицы» Марины Юрьевны и «царевича» Ивана Дмитриевича.

Ко двору шаха Аббаса выехал посол Иван Хохлов со свитой. Он просил оказать Заруцкому военную помощь, а также прислать денежную казну и хлебные припасы. Со своей стороны, Заруцкий обязался передать Астраханское царство под власть Персии. Переговоры увенчались успехом.

Шах обещал прислать «царевичу» отряд в 500 воинов и людей «ближние своей думы» для управления Астраханью, а также пожаловать из казны 72 000 рублей и доставить хлеб.

В случае поражения атаман надеялся укрыться в Персии. Марине Мнишек при этом отводилась особая роль. С Хохловым из Астрахани приехал купчина Муртаза. После аудиенции шах Аббас долго расспрашивал его «про литовку Марину: какова, деи, она лицем, и сколько хороша, молода ли или стара, и был ли, деи, он у нее у руки, и горячи ли, деи, у нее руки?». Очевидно, шах надеялся заполучить литовку для своего гарема. Марине было двадцать четыре года. Обладая громким титулом, московская «царица» имела шанс стать старшей женой Аббаса.

Инициатором переговоров выступил «боярин» Заруцкий, а потому ему же следует приписать сватовство. Вопрос о подготовке нового «Дмитрия», якобы скрывшегося в Персии, отпал.

Сношения с Персией встревожили астраханского воеводу князя Хворостинина. При поддержке «лучших» посадских людей и детей боярских он готовился напасть на Заруцкого врасплох и захватить его вместе с наложницей Мариной.

Атаман упредил заговорщиков. Он казнил воевод, многих «добрых» посадских людей и татарских мурз. Казаки разорили двор местного архиепископа, а его самого бросили в тюрьму.

Против мятежников выступили служилые люди. Поддержанные гарнизоном, дворяне заняли острог. С севера к городу двигался князь Иван Одоевский с войском. Ему поставлена была задача вернуть Астраханское царство, несколько лет находившееся в руках самозванцев, под власть Москвы.

Заруцкому пришлось сесть в осаду в каменной крепости. С ним осталось не более 800 воинов. Не дожидаясь подхода Одоевского, атаман с Мариной 22 мая бежали из Астрахани. Сначала они направились вверх по Волге, вглубь страны. Но потом казаки заметались и повернули назад. Проплывая мимо Астрахани спустя два дня, отряд подвергся нападению стрельцов и был разгромлен. В плен попали многие казаки и слуги «царицы», включая ее тетку и экономку. Тотчас распространился слух о том, что Маринка бросилась в реку и «утопла».