В 1806 году во второй части приходилось 166 казаков на кордон, а в третьей – 175, т.е. на 9 человек больше; в 1807 году, наоборот, во второй части на кордон приходилось 313 казаков, а в третьей – 215, т.е. не больше, а меньше почти на целую сотню. Иначе говоря, в 1806 году обе части находились, по-видимому, в условиях одинаковой охраны и равной борьбы с горцами, а в 1807 году центр тяжести в этом отношении переместился во вторую часть.

Когда же проносилась военная гроза и выяснялись те или другие выгоды и невыгоды борьбы с горцами в местах самих укреп-лений, тогда вносились изменения и в эту область военного дела. Так, в 1808 году, по соображениям Бурсака, Ришелье разрешил ему перенести Александровский кордон в батарею, расположенную возле селения Величковского, а на месте кордона устроить новую батарею. Кордоны Кочатинский и Кирпильский, находившиеся внутри края, как-то сами собой упразднились по мере того, как для них требовалось все меньше и меньше охранных сил.

Те же военные условия и требования жизни имели решающее влияние и на изменения в разных военных частях. С первых же шагов борьбы казака с горцем выяснилось, что для дозора за черкесами требовались в одном месте зоркий глаз и боевая выдержка казака-наездника, а в другом хитрость и терпение пешего казака, впоследствии пластуна. Лучшим оружием в обоих случаях было хорошее ружье, а способом борьбы – меткий выстрел. Точно так же первые боевые стычки казаков с черкесами в массе показали, что пушка и артиллерийский бой всегда имели решающее значение на благоприятный исход сражения для казаков. Таким образом, казачья кавалерия, пехота и артиллерия сразу же стали основными формами казачьего войска. Особенно важное значение имела артиллерия, сливавшаяся первоначально с остальными двумя частями.

Наряду с этим сразу же выяснилась полная непригодность казачьей флотилии. Казачьи суда стояли без дела, и лучшее, что они дали войску, были почтовые и другие сношения при помощи их. На судах казачьей флотилии переправлялись через Таманский пролив и через Бугазское гирло. Но – и только. Первый же опыт плавания казачьего байдака по Кубани окончился тем, что черкесы, засевшие в скрытом месте кубанских плавней, перебили, переранили и забрали в плен казачью команду и захватили до 200 пудов пороха и свинца, бывшего на байдаке. Значение казачьей флотилии в деле охраны границы было ничтожно, сводилось почти к нулю. Иначе не могло и быть. Казачья флотилия, когда-то грозная и непобедимая на море в борьбе с турками, оказалась непригодной на Кубани, где сосредоточена была вся казачья служба по охране границы.

Казачья флотилия, стоя на воде без дела, неоднократно подвергалась авариям. В январе 1800 года начальник флотилии войсковой старшина Помело сообщил черноморскому войсковому правительству, что бурей 23 декабря 1799 года были повреждены часть флотилии, строений и гавани. Ветром поломаны были здания, попорчены приспособления в гавани и затоплена часть судов, в том числе и стоявшее в гавани флагманское судно. Суда эти оставлены были в таком положении до весны, когда можно было поднять их из воды. Тот же Помело писал 25 октября 1800 года, что 20 судов, затопленных в гавани декабрьской бурей, оказались малопригодными для плавания, а остальные суда, уцелевшие от бури, также ветхи и износились уже настолько, что их приходится переделать заново.

В таком виде флотилия просуществовала и в 1801 году. Но в следующем, 1802 году, адмиралу Мордвинову по Высочайшему повелению приказано было передать Черноморскому войску выстроенные на р. Хопре 10 новых лодок, вооруживши их в Таганроге. Лодки эти, под названием канонерских, обслуживали берега Черного моря от Анапы до Одессы, имели по две трехфунтовых пушки по бокам и одно 18‑фунтовое медное орудие на носу, рассчитаны были на 50 человек команды и месячный провиант для них, но в дальний путь могли ходить только при больших судах.

Между тем обветшалые суда казачьей флотилии продолжали быть в деле. В октябре 1804 года командир гребной флотилии войсковой полковник Васюринцев донес Бурсаку, что при перевозке через Босфорский залив Троицкого мушкатерского полка лодки оказались так стары и обветшали, что «чинить на них разъезды при Бугазе никак дальше нельзя». В мае 1806 года новый командир флотилии войсковой полковник Животовский признал совершенно непригодными для плавания ветхие лодки казачьей гребной флотилии и предлагал перевезти из Керчи в Тамань Херсонский гренадерский полк, следовавший на Кавказ, на рыбачьих лодках. Так он и поступил потом, прибавивши к лучшим войсковым лодкам 4 рыбачьих баркаса из Темрюка, на которых и был перевезен полк. В июне того же года, на предложение Бурсака починить 10 яликов, Животовский ответил, что сделать этого нельзя, а нужно построить новые ялики, на что и представил смету.

Тем не менее в феврале 1807 года адмирал маркиз де Траверсе предписал Бурсаку ускорить исправление баркасов Черноморской гребной флотилии, ввиду объявленной Турции войны. Лодки были исправлены. Но 7 января 1808 года полковник Борзик, командовавший казачьей гребной флотилией, донес Бурсаку, что во время следования флотилии на зимовку в Темрюк она захвачена была в Керчи сильнейшим штормом, свирепствовавшим с 30 сентября по 3 октября. Во время этого шторма многие суда были сильно повреждены, некоторые мелкие лодки разбиты, у некоторых утеряны такелаж, якоря и пр.

Наконец, в марте 1809 года Ришелье приказал Бурсаку сдать казачьи гребные лодки в адмиралтейство, как никуда не годные, и построить новые из собственного леса и на собственные войсковые средства. Так была похоронена когда-то грозная казачья флотилия, громившая турецкий флот и бравшая неприступные крепости.

По лодкам была и команда. Лучшие силы казаков были отвлечены на Дунай на мелкие суда в действующую русскую армию. Морской практики не было, и новые кадры моряков не подготовлялись в войске. Дослуживали во флотилии дряхлые старики. В мае 1807 года войсковой полковник Варавва просил назначить ему во флотилию трех офицеров, разумеющих морское дело, так как наличные три старика офицера были больны и до того дряхлы, что физически не могли нести военно-морской службы.

Недоставало людей и в черноморском полку, отправленном на Дунай для морской службы. В сентябре 1808 года командир полка Матвеев известил Бурсака, что, ввиду недостатка людей в казачьей флотилии, он просил фельдмаршала князя Прозоровского пополнить казачью команду буджакскими запорожцами. А сам Бурсак 30 ноября 1808 года донес Ришелье, что войско не могло дать 71 человека на пополнение Дунайской команды, находившейся под начальством войскового старшины Матвеева, так как сверхкомплектных казаков совсем нет в наличности и во всех казачьих полках не оказывается полного состава служащих.

Вообще военная служба во флотилии в пределах войска не пользовалась популярностью, считалась тяжелой и бесцельной. По свидетельству Бурсака, на Дунае казаки-моряки находились в лучших условиях, чем на месте в войске в гребной флотилии, так как получали от казны жалованье, провиант и порционные, а в войске казакам полагалось лишь одно жалованье.

К тому же и служебные порядки во флотилии отличались крупными недостатками. Офицеры находились в бездействии и ссорились друг с другом. Когда вместо Вараввы командиром гребной флотилии назначен был полковой есаул Борзик, то с ним завели ссору два других есаула, служивших во флотилии – Лубяный и Лашков. Они не захотели подчиняться Борзику. Особенно ревниво относился к этому обстоятельству есаул Лубяный. Он, по отзыву Борзика, часто пьянствовал с казаками и играл с ними в карты, в пьяном виде ругал его, Борзика, и убеждал офицеров и казаков не подчиняться ему как командиру.