Войсковое гражданское управление составляли войсковое правление, войсковая врачебная управа, войсковая почтовая контора, войсковой прокурор, торговый словесный суд и полиция г. Екатеринодара. Все эти органы совершенно не касались военной части.

Войсковое правление состояло из председателя – наказного атамана, старшего члена и четырех асессоров. В правлении присутствовал также начальник штаба. Старший член и асессоры назначались по представлениям наказного атамана, и вой-сковое правление ведало дела исполнительные, войсковое хозяйство, поземельные дела, дела гражданского судопроизводства и контрольные или ревизию войсковых отчетов. Сообразно с этим, правление подразделялось на пять экспедиций, причем гражданская экспедиция ведала те же дела, что и палата гражданского суда в губерниях.

Остальные учреждения – врачебная управа, прокурор, почтовая контора и полиция г. Екатеринодара – не играли видной роли в общем управлении войском, а словесный суд учрежден был исключительно для казаков торгового сословия.

Центр тяжести гражданского управления находился в окружных учреждениях – в окружном суде, сыскном начальстве, словесном мировом суде и окружном стряпчем, точнее, в двух первых учреждениях. В каждом окружном суде были судья и два заседателя – один от чиновников и один от казаков. Судью назначал наказной атаман, а заседатели избирались чиновниками и казаками. Заседатели от казаков участвовали только в делах, касавшихся казаков и станиц, а самые суды были тем же, чем уездные суды губернского правления.

Наконец, последнюю, самую низшую гражданскую инстанцию представляли станичные правления, состоявшие из станичного атамана и станичных судей и ведавшие местные дела в пределах станичного юрта. В этом отношении, кроме станичного атамана и судей, существенное значение имели станичное общество и станичный суд. Первое было высшей инстанцией, ведавшей все станичные дела. Оно выбирало станичного атамана, станичных судей и заседателя в окружный суд, обсуждало и решало все хозяйственно-общественные дела и утверждало или отменяло приговоры станичного суда. Ему предоставлена была власть телес-ного наказания, «не причинявшего ни увечья, ни повреждения». Собственно же станичный суд ведал как мелкие уголовные дела – драки, буйства, оскорбления словом, неповиновение станичным властям и т.п., – так и дела имущественные по искам, не превышавшим 50 руб. Кроме станичного суда оставлен был, согласно казачьим обычаям, суд посредников, или третейский.

Такой характер носило управление по положению 1842 года. Законом этим несомненно были упорядочены разные отрасли управления. Существенно важным было строгое разграничение между военной и гражданской частями, при условии совершенного изолирования гражданской власти от дел чисто военных. Сузилась область зависимости для военнослужащего казака, усилилась ответственность военных властей, улучшился контроль за их действиями и военными порядками и меньше, в силу всего этого, стало злоупотреблений. Слабее это отразилось на судебных делах и гражданском управлении. Но все это было достигнуто благодаря лишь тому обстоятельству, что положение 1842 года выработано было местными деятелями.

Сверстник Рашпиля и его заместитель, как начальник штаба и исполняющий обязанности наказного атамана, Яков Герасимович Кухаренко нашел совершенно сложившиеся порядки и налаженные вой-сковые дела. Казачье управление было образовано по положению 1842 года. Кухаренко был последним наказным атаманом из черноморских казаков, с 1852 по 1855 год. Он занял это место при неблагоприятных для него условиях. Со сцены только что сошли такие крупные казачьи деятели, как Заводовский и Рашпиль, два года Черномория переживала тревоги восточной войны, в правительственной атмосфере носились признаки переустройства казачьих войск, борьба с горцами принимала характер последнего и самого ожесточенного акта кавказской войны. Все это как бы затеняло деятельность нового атамана.

Кухаренко родился в 1799 году, а на службу поступил в 1814 году. В течение 9 лет он числился сотенным есаулом, т.е. урядником, и в офицеры произведен в 1823 году, в генерал-майоры – в 1853 году. Боевая служба Кухаренки прошла исключительно в борьбе с горцами. В большинстве случаев ему приходилось действовать как зависимому от других офицеру, реже – в роли командира отряда. Только с 1852 по 1856 год Кухаренко, как самостоятельный начальник отряда, совершил несколько походов против черкесов, и эти выступления были умелыми и очень удачными. Он же отчасти руководил и защитою Таманского полуострова и Азовского побережья во время восточной войны.

В разное время Я.Г. Кухаренко нес обязанности по администрации и гражданской службе. С 1833 по 1836 год он был асессором войсковой канцелярии по выбору от дворянства и временно нес обязанности прокурора; с 1838 по 1840 год состоял непременным членом войсковой канцелярии по экономической экспедиции; а в 1842 году назначен был окружным штаб-офицером Ейского военного округа. В 1851 году, вскоре после вступления в департамент военных поселений членом общего присутствия по делам казачьих войск, Кухаренко назначен был исправляющим должность наказного атамана Азовского казачьего войска, а год спустя переведен был на такую же должность в родное Черноморское войско.

Таким образом, до назначения наказным атаманом Черноморского войска Кухаренко прошел, в течение 38 лет, все важнейшие ступени казачьей военной и гражданской службы. Это дало ему возможность стать сразу же в положение близко знакомого с делом лица в роли атамана на родине. Таким и был генерал Кухаренко, но его деятельность не выходила из узких рамок ординарных распоряжений и обычного соблюдения благоустройства и порядка. Более крупную роль пришлось ему выполнить позже, когда возник вопрос о заселении Закубанья черноморцами, но об этом будет речь уже в 3-м томе «Истории Кубанского казачьего войска». Тогда же будут переданы и подробности трагической кончины этого генерала.

В июле 1855 года казачий атаман Кухаренко был заменен генералом Григорием Ивановичем Филипсоном, числившимся по генеральному штабу. Последнее обстоятельство, несомненно, служило причиной замены казака-генерала генералом регулярных войск. В то время восточная война была в разгаре. На обязанности наказного атамана Черноморского войска лежала ответственная задача по защите от неприятеля Черноморского и Азовского побережий. Нужен был опытный специалист военного дела, чтобы успешно бороться с европейскими войсками. Таким был представитель Генерального штаба Г.И. Филипсон.

Немецкая фамилия Филипсона значилась в дворянских книгах Казанской губернии, где он родился в 1805 году. На военную службу он поступил подпрапорщиком в Олонецкий пехотный полк в 1823 году. Военная деятельность Филипсона началась в 1831 году участием в целом ряде мелких стычек и в трех генеральных сражениях с поляками под Прагой, Остроленкой и у Варшавы. Но большая часть боевой службы Филипсона проведена в борьбе с кавказскими горцами и преимущественно на восточном побережье Черного моря. Здесь он участвовал в экспедиции генерал-лейтенанта Вельяминова в 1837 году, а затем с 1838 по 1842 год в таких же экспедициях г.-л. Раевского и генерал-аншефа Анрепа. В журналах военных действий по Черноморскому побережью за это время осталось немало указаний на исправную и разностороннюю деятельность Филипсона, как образцового офицера генерального штаба. В 1856, 1857 и в 1858 годах Филипсон действовал против горцев как самостоятельный начальник Черноморского побережья и Черноморской кордонной линии.