В конце жизни Годунова томили воспоминания об угличской драме. Твердо зная, что младший сын Грозного мертв, он по временам впадал в сомнение, «почти лишался рассудка и не знал, верить ли тому, что Дмитрий жив или что он умер».

Терзаемый страхом перед самозванцем, Годунов не раз засылал в его лагерь тайных убийц. Позже он приказал привезти в Москву мать Дмитрия и выпытывал у нее правду: жив ли царевич или его давно нет на свете?

Предчувствуя близкий конец, Борис мучительно размышлял над тем, может ли он рассчитывать на спасение в будущей жизни. За разрешением своих сомнений он обращался то к православным богословам, то к ученым иноземцам. Царь просил, чтобы они, невзирая на различие веры, «за него молились, да сподобится он вечного блаженства». После таких бесед государь нередко приходил к мысли, что для него «в будущей жизни нет блаженства».

Под влиянием неудач и тяжелой болезни Годунов все чаще погружался в состояние апатии и уныния. Физические и умственные силы его быстро угасали.

13 апреля 1605 г. царь Борис скончался. Недруги распространяли всякого рода небылицы по поводу его смерти.

Согласно одной версии, Борис будто бы принял яд ввиду безвыходности своего положения. По другой версии, он упал с трона во время посольского приема.

Осведомленные современники описывали кончину монарха совсем иначе: «…царю Борису вставши из-за стола после кушанья, и внезапу прииде на него болезнь люта, и едва успе поновитись и постричи, в два часа в той же болезни и скончась». Согласно «Хронографу», Годунов умер после обеда: «по отшествии стола того, маю времени минувшю, царь же в постельной храмине сидящу, и внезапу случися ему смерть». Самодержец умер скоропостижно, и монахи лишь «успели запасными дары причастити» умирающего.

Члены английского посольства описали последние часы Бориса со слов лечивших его медиков. По обыкновению, врачи находились при царской особе в течение всего обеда. Годунов любил плотно поесть и допускал излишества в еде. Доктора посчитали его хороший аппетит признаком улучшения здоровья и разъехались из дворца. Но через два часа после обеда царь внезапно почувствовал дурноту. Перейдя в спальные хоромы, он лег в постель и велел позвать врачей. Доктора не поспели на вызов. До их приезда у Бориса отнялся язык, и он умер.

Стоявшие подле умирающего бояре спросили, не желает ли он, чтобы дума в его присутствии присягнула наследнику. Царь, дрожа всем телом, успел промолвить: «Как Богу угодно и всему народу». Видимо, Борис Годунов понимал, что без соборного избрания его несовершеннолетний сын не удержит корону на голове.

Близкий к царскому двору Яков Маржарет передает, что Годунов скончался от апоплексического удара.

Смерть монарха дала новый импульс гражданской войне в России.

Бояре и духовенство нарекли царевича Федора Борисовича на царство через три дня после кончины Бориса. Записи в книгах Разрядного приказа наводят на мысль о том, что в этом акте участвовали все чины, обычно входившие в состав Земского собора. «Того же месяца апреля, — значится в Разрядах, — патриарх Исв Московский и всеа Русии, и митрополиты, и архиепископы, и епископы, и со всем освященным собором вселенским, да бояре и окольничие, и дворяне и стольники и стряпчие, и князи, и дети боярские, и дьяки и гости, и торговые люди. и все ратные и черные люди всем Московским царством и всеми городами, опричь Чернигова и Путивля, нарекли на Московское государство государем царевича князя Федора Борисовича всеа Русии».

Разрядные записи находят аналогию в епископских посланиях, разосланных по городам сразу после наречения Федора. Отцы церкви подробно описывали, как патриархе Освященным собором, весь царский синклит — Боярская дума, гости и торговые люди и «всенародное множество Российского государства» просили царицу Марию Григорьевну, чтобы она «была на царстве по-прежнему», а сына великого государя царевича князя Федора благословила «быти царем и самодержцем всей Русской земли». Царевич не презрел «слез и моления» чинов и по благословению и приказу отца «производил» быть царем.

В действительности наречению царевича Федора не предшествовали ни «моления» чинов Земского собора, ни шествия «всенародного множества».

После своего избрания Борис Годунов сделал сына соправителем и приказал именовать его государем царевичем «всеа Руси». Царевич самостоятельно сносился с иноземными дворами. Очевидно, сам Борис позаботился о том, чтобы заблаговременно подготовить всю процедуру передачи власти наследнику. В обращении патриарха к народу было сказано, что царь Борис, умирая, после себя приказал на царство сына и благословил его крестами, которыми «венчаютца на царство», после чего Федор Борисович «з божьей помощью на своих государствах сел». Патриарх с освященным собором благословили нового царя, а члены Боярской думы, дворяне, дети боярские, приказные люди, гости и всех сотен торговые люди в присутствии патриарха принесли присягу на верность Федору Борисовичу.

Очевидцы свидетельствуют, что именно так все и произошло. Бояре, дворяне, купцы и простой народ были вызваны в Кремль и приведены там к присяге.

Вслед за тем царица Мария и царь Федор Борисович разослали в города наказ, повелев созвать в церкви дворян, служилых людей, посадских людей, пашенных крестьян и всяких «черных» людей и привести их к присяге по специальной записи. Приказные люди записывали имена присягнувших в особые книги, которые надлежало затем отправить в Москву.

В главных городах — Новгороде, Пскове, Казани, Астрахани, в городах Замосковья, Поморья и Сибири присяга прошла без затруднений. Составленные там книги были спешно присланы в столицу. В царском архиве хранилась «свяска, а в ней записи целовальные… после царя Бориса царице Марье и царевичу Федору всяким людем по чином, и записи шертовальные по чином иноземцом». Православные целовали крест, иноверцев приводили к шерти.

Текст подкрестной записи царя Федора полностью повторял текст, составленный при воцарении Бориса Годунова. Он содержал непомерно длинный перечень обязательств, ограждавших безопасность царской семьи. Подданные обещали над царицей и ее детьми «в еле и питье, ни в платье, ни в ином чем лиха никакого не учинить и [их] не испортить, и зелья лихого и коренья не давать»; «и людей своих с ведовством и со всяким лихим зельем и с кореньев не посылать, и ведунов не добывать на [царское] лихо»; когда государь куда пойдет, «на следу [его] всяким ведовским мечтанием не испортить и ведовством по ветру никакого лиха не насылать».

Проекты возведения на трон Симеона Бекбулатовича давно утратили актуальность. Тем не менее советники Федора упомянули его имя в тексте присяги, запретив подданным всякие сношения с ним. Реальная угроза династии исходила от самозванца. Но пояснения насчет самозванца в «целовальной записи» были краткими и маловразумительными. Подданные клятвенно обязывались «к вору, который называется князем Дмитрием Углицким, не приставать и с ним и с его советники ни с кем не ссылатись ни на какое лихо и не изменити и не отъехати…».