Текст присяги отразил замешательство, царившее среди властителей Кремля. Длительное время церковь предавала анафеме зловредного еретика Гришку Отрепьева. Затем все узнали, что в Путивле «царевич» выставил на всеобщее обозрение колдуна Гришку Отрепьева. Чудовские монахи, посланные для обличения Расстриги перед жителями Путивля, прислали царю Борису письмо, подтверждавшее истинность сына Грозного. В Москве не могли сразу разобраться в новых мистификациях самозванца и не знали, что думать. Вместо того чтобы следовать раз принятой линии обличения «вора», царица и се советники решили вовсе не упоминать в «записи» имени Отрепьева. Составители присяги сделали худшее, что могли. Они свели на нет все достижения официальной пропаганды. Присяга не только не внесла успокоения в умы, а усилила брожение.

Династия Годуновых имела мало шансов на то, чтобы уцелеть в обстановке кризиса и гражданской войны. Федор получил превосходное для своего времени образование, но в 16 лет ему недоставало политической опытности и самостоятельности. Царица Мария Григорьевна была фигурой крайне непопулярной. Знать и население столицы не забыли массовых избиений и казней, в свое время организованных ее отцом — опричным палачом Малютой Скуратовым. По Москве ходила молва о крайней жестокости царицы.

Борис наводнил Боярскую думу своими родственниками. Но к началу 1605 г. все наиболее значительные деятели из рода Годуновых сошли со сцены, а оставшиеся не пользовались никаким авторитетом, несмотря на свои блистательные титулы. В трудный час подле Федора не оказалось никого, кто мог бы твердой рукой поддержать пошатнувшуюся власть.

Прошло несколько дней после присяги, и бессилие правительства перед началом глубокого кризиса обнаружилось с полной очевидностью. Крушению власти немало способствовало то, что в решающий момент у царя не оказалось достаточных военных сил: в течение многих месяцев царь Борис отправлял в действующую армию всех способных носить оружие, включая стольников, жильцов (дворцовую охрану), конюхов и псарей.

Еще при жизни царь Борис стал жертвой политической клеветы. Его обвиняли в убийстве последних членов законной династии, включая царя Ивана, царя Федора и царевича Дмитрия. Клевета подготовила почву для торжества сторонников Лжедмитрия. По Москве распространялись самые невероятные слухи. Упорно толковали, будто Борис сам наложил на себя руки в страхе перед «сыном Грозного».

Волнения в Москве нарастали с каждым днем. Следуя традиции, новый царь объявил о прощении всех преступников и опальных. Однако амнистия не распространялась на политических противников Годунова. Столица не желала мириться с такой несправедливостью. Как записал очевидец, «народ становился все бесчинней, большими толпами сбегался ко дворцу, крича о знатных боярах, бывших при Борисе в немилости и ссылке, другие кричали о матери Дмитрия, старой царице, что ее надобно посадить у городских ворот, дабы каждый мог услышать от нее, жив ли еще ее сын или нет». Власти были вынуждены уступить требованиям народа. Они вернули в столицу Б. Я. Бельского, находившегося в ссылке в деревне, удельного князя И. М. Воротынского, бывшего в опале и изгнании, и других лиц. В лице Бельского династия приобрела опаснейшего противника, великого мастера политических интриг, озлобленного преследованиями со стороны царя Бориса.

Правительство могло бы использовать старицу Марфу (Марию) Угличскую для обличения самозванца. Но царица Мария Годунова и слышать не желала о ее возвращении в Москву.

Воеводы расставили заставы на всех дорогах и отдали приказ вешать гонцов Лжедмитрия без промедления. Тем не менее лазутчики продолжали проникать в столицу и доставлять «прелестные» листы.

Царь Федор предпринимал опаянные усилия, чтобы удержать контроль за положением в столице. Казна раздала населению огромные суммы на помин души Бориса, на самом же деле — чтобы успокоить народ. Но щедрая милостыня не достигла цели.

Не видя иного выхода, царица Мария и ее сын срочно вызвали из армии в Москву руководителей Боярской думы Ф. И. Мстиславского и братьев Шуйских, чтобы прекратить беспорядки в столице. «…Князь Мстиславский был отозван из стана в Москву помочь молодому царю решать и вершить дела правления…» — полагал Конрад Буссов. За боярами под Кромы был послан жилец К. Карамышев. Подобная мера казалась вполне оправданной. Страх перед назревавшим выступлением низов побуждал бояр заботиться о порядке в столице и действовать в интересах династии, невзирая на собственные политические симпатии.

Когда толпа в очередной раз заполнила площадь перед Кремлевским дворцом, князь В. И. Шуйский вышел на крыльцо и долго увещевал народ одуматься и не требовать перемен, которые приведут к распаду царства и ниспровержению православия. Боярин поклялся самыми страшными клятвами, что царевича Дмитрия давно нет на свете, что он своими руками положил его в гроб в Угличе, а путивльский «вор» — это беглый монах и расстрига Отрепьев, подученный дьяволом и посланный в наказание за грехи.

Возвращение главных бояр в Москву и речи Шуйского внесли успокоение в умы. Волнения в столице на время утихли.

Почти сразу после смерти Бориса правительство осуществило смену высшего командования в армии под Кромами. Среди Годуновых и их родни не оказалось никого, кто мог бы взять на себя руководство военными действиями, и царь Федор поневоле должен был вверитьсвою судьбу людям, ничем несвязанным с династией, кроме милостей умершего царя. Новым главнокомандующим в армию был назначен князь Михаил Петрович Катырев-Ростовский, его помощником — боярин Петр Федорович Басманов.

М. П. Катырев получил боярство одним из первых, сразу после коронации Бориса. Катырев ничем не успел проявить себя на военном поприще, и его назначение было продиктовано формальными местническими соображениями. До опричнины Катыревы-Ростовские занимали высокое положение в думе. На этом основании М. П. Катырев, получив боярство, пытался местничать с главой думы Ф. И. Мстиславским.

Наибольшие надежды Годуновы возлагали на П. Ф. Басманова. В столице Басманова знали как первого щеголя среди дворян и человека, популярного в народе. По словам современников-англичан, простой народ «считал его единственным своим защитником». Басманов сделал карьеру в считанные месяцы благодаря успешной обороне Новгорода-Северского. Царь Борис вызвал его ко двору, столица чествовала Басманова как героя. Из-за ран воевода не мог ехать верхом, и Борис выслал ему навстречу свой выезд. В царских санях Басманов проследовал через всю столицу в Кремль. Годунов пожаловал Басманову боярский чин, земли, 2000 рублей денег и множество подарков.

Старшим воеводой в Новгороде-Северском был боярин князь Н. Р. Трубецкой. Однако больше всего наград за оборону города получил не он, а Басманов. Услуги, оказанные Басмановым Годунову, носили особый характер. Старший воевода осуществлял общее военное руководство обороной крепости. Заслуга же Басманова состояла в том, что он своевременно обнаружил измену в гарнизоне Новгорода-Северского и железной рукой подавил мятеж.

После возвращения в Москву Басманов неоднократно просил царя отправить его в действующую армию. Но Борис неизменно отказывал ему, ссылаясь на то, что воевода еще не оправился от тяжелых ран. Невзирая на болезнь, Годунов надеялся сам возглавить летнюю кампанию против самозванца и обещал дать Басманову назначение в своей армии. Исаак Масса утверждал, что правительство решило послать Басманова в лагерь под Кромы еще при жизни Бориса, когда последний увидел, что измена ширится день ото дня, и заподозрил в предательстве самого Мстиславского. Басманов будто бы поклялся, что захватит «вора» или сам сложит голову.