Как и другие граничившие с Советским Союзом государства, страны Прибалтики считались в Москве потенциальными противниками, и советское военное командование периодически готовило планы на случай войны на Северо-Западном направлении. Изменение международной ситуации в Европе в мае 1940 г. потребовало от советского руководства проведения конкретных приготовлений с целью решения прибалтийского вопроса. Уже 6 июня заместитель начальника Оперативного управления Генштаба генерал-майор А.М. Василевский подготовил вариант стратегического развертывания войск для Прибалтийской операции.

У восточных границ Эстонии и Латвии планировалось развернуть войска ЛВО и КалВО. Между Финским заливом и Чудским озером предлагалось сосредоточить войска 28-го отдельного стрелкового корпуса в составе 11-й, 90-й стрелковых дивизий, 35-й танковой бригады и двух артполков РГК. Южнее Псковского озера развертывались войска 8-й армии. В районе Псков, Палкино следовало сосредоточить 1-й стрелковый корпус в составе 49-й, 56-й, 163-й стрелковых, 25-й кавалерийской дивизий, 20-й, 13-й и 40-й танковых бригад. В районе южнее Острова следовало развернуть войска 19-го стрелкового корпуса в составе 17-й, 70-й и 75-й стрелковых дивизий и 1-й танковой бригады. В районе Порхова сосредотачивалась 128-я стрелковая дивизия. В районе западнее Опочки, Себеж, Освея, Дрисса следовало развернуть войска Особого стрелкового корпуса (ОСК) в составе 48-й, 85-й, 86-й стрелковых дивизий, 1-й особой кавалерийской и 39-й танковой бригад.

На юго-восточных и южных границах Литвы предполагалось развернуть войска БОВО. В районе Видзы, Свенцяны, Михалишки, Поставы должны были сосредоточиться войска 3-й армии в составе 4-го (1-я мотострелковая, 121-я, 126-я стрелковые дивизии, 25-я танковая бригада) и 24-го стрелковых (10-я, 55-я, 113-я стрелковые дивизии, 55-я танковая бригада) и 3-го кавалерийского (7-я, 36-я кавалерийские дивизии, 27-я танковая бригада) корпусов. В резерве армии в районе Шарковщизна, Германовичи предполагалось сосредоточить 23-ю стрелковую дивизию. В районе Островец, Ошмяны, Гродно, Августов, Сопоцкин, Марцинканцы должна была развертываться 11-я армия в составе 10-го (84-я, 185-я стрелковые дивизии, 21-я танковая бригада) и 11-го стрелковых (29-я, 115-я, 125-я стрелковые, 6-я кавалерийская дивизии, 29-я, 32-я танковые бригады) и 6-го кавалерийского (4-я кавалерийская, 33-я стрелковая дивизии, 22-я танковая бригада) корпусов. В резерве армии в районе Молодечно сосредотачивалась 143-я, в районе Августов, Гродно – 27-я, а в районе Бельск – 50-я стрелковые дивизии. Разграничительная линия между войсками ЛВО и БОВО проходила по рубежу Городок – Дрисса – Даугавпилс – р. Западная Двина.

Вероятно, основные идеи плана Прибалтийской операции обсуждались с 18.25 до 20.25 8 июня в кабинете И.В. Сталина с участием членов Политбюро ЦК ВКП(б) председателя СНК СССР В.М. Молотова, его заместителя наркома нефтяной промышленности и путей сообщения Л.М. Кагановича, председателя Комитета обороны маршала К.Е. Ворошилова, секретаря ЦК ВКП(б) А.А. Жданова, кандидата в члены Политбюро ЦК ВКП(б) наркома внутренних дел Л.П. Берия, а также наркома обороны маршала С.К. Тимошенко, его заместителей генерал-полковника А.Д. Локтионова и начальника Политуправления РККА армейского комиссара 1-го ранга Л.З. Мехлиса, начальника Генштаба РККА маршала Б.М. Шапошникова, его заместителя генерал-лейтенанта И.В. Смородинова, наркома ВМФ адмирала Н.Г. Кузнецова и начальника Главного морского штаба адмирала Л.М. Галлера[1034]. Как бы то ни было, на основе этих предложений Оперативным управлением Генштаба в ночь на 9 июня были разработаны и в 5 часов утра подписаны наркомом обороны и начальником Генштаба совершенно секретные особой важности директивы №№ 02622, 02623 и 02624 командующим КБФ, БОВО и ЛВО соответственно. На основании этих директив в штабах округов и армий началось более детальное планирование операции. К сожалению, соответствующие документы в полном объеме все еще недоступны для исследования. Поэтому далее нам придется ограничиться только имеющимися в нашем распоряжении источниками, далеко не равномерно отражающими подготовку операции.

В 11.05 9 июня командующему КБФ вице-адмиралу В.Ф. Трибуцу была вручена директива № 02622сс/ов:

«Приказываю:

1. Краснознаменному Балтийскому флоту с 05 минут 10 июня перейти в оперативное подчинение Командующему войсками Ленинградского военного округа и к 12 июня быть в готовности к выполнению боевых задач по указанию последнего:

а) обеспечить постоянную готовность военно-морских баз и судов военно-морского флота, находящихся в портах Таллин, Палдиски и Либава [Лиепая];

б) по указанию командующего войсками ЛВО захватить суда эстонского и латвийского военных флотов, находящихся в базах и в плавании; захватить морской флот Литвы (Поланген);

в) захватить торговый флот и плавучие средства Эстонии, Латвии, прервав связь морем этих стран между собой;

г) подготовить и организовать высадку десанта в Палдиски и Таллине; по заданию Комвойсками ЛВО захватить гавани Таллина и батареи на островах Наргье [Найссар] и Вульф [Аэгна] и быть готовым к захвату Суропской батареи с суши;

д) закрыть Рижский залив и блокировать берега Эстонии и Латвии по Финскому заливу и Балтийскому морю, чтобы не дать эвакуироваться правительствам этих стран и не допустить вывоза войск и имущества из них;

е) организовать несение постоянной и надежной дозорной службы в Финском заливе со стороны Финляндии и в Балтийском море со стороны Швеции и с юга;

ж) в тесном взаимодействии с сухопутными войсками содействовать наступлению частей ЛВО на Везенберг [Раквере];

з) действиями истребительной авиации не допустить перелетов эстонской и латвийской авиации в Финляндию и в Швецию.

2. Точное время начала боевых действий будет указано Командующим войсками ЛВО.

3. В развитие настоящей директивы разработать план действий Балтийского флота и представить его на утверждение к 11 июня»[1035].

Получив соответствующий приказ, начальник 1-го отдела штаба КБФ капитан 2-го ранга Н.Г. Пилиповский уже 9 июня подготовил рукописный проект «Плана действий Краснознаменного Балтийского флота». После перечисления поставленных флоту задач и указания состава сил, предназначенных для операции против стран Прибалтики, в нем был изложен общий оперативный замысел:

«1) подводными лодками и легкими силами нести дозор в Балтийском море и Финском заливе с задачей недопущения ухода флотов Эстонии, Латвии и Литвы, и наблюдение за флотами Швеции и Финляндии;