В стадии достройки и ходовых испытаний в Севастополе находились эсминцы «Свободный», «Способный» (командир капитан-лейтенант Е.А. Козлов) и «Совершенный» (ВРИО командира старший лейтенант С.И. Федоров), планируемые в 3-й дивизион.

Первая бригада подводных лодок (командир капитан 1-го ранга П.И. Болтунов, начальник штаба капитан 1-го ранга А.В. Крестовский) базировалась на Севастополь, в нее входили:

– 1-й дивизион в составе трех «Ленинцев» (Л-4, Л-5, Л-6), из которых в строю находилась только Л-5, да и то во 2-й линии, в ожидании ремонта и модернизации. Капитальный ремонт Л-4 был завершен 7 августа 1941 г. От капремонта подводной лодки Л-5 решили отказаться, однако ее техническое состояние все же заставило поставить ее в ремонт, который продолжался с ноября 1942 г. по май 1944-го. Ремонт Л-6 завершился в октябре 1941 г.;

– 2-й дивизион в составе трех «Декабристов» и четырех «Сталинцев», из которых Д-4 в ремонте на СМЗ (закончен в октябре 1941 г.), Д-5 (во второй линии в ожидании ремонта), Д-6 на ремонте на СМЗ, ремонт завершен не был, лодка затоплена у пирса при оставлении Севастополя). С-31, С-32, С-33 вошли в строй в 1940–1941 гг. С-34 находилась на испытаниях;

– 3-й дивизион в составе Щ-204, Щ-205, Щ-206, Щ-207 (ремонт), Щ-208, Щ-209, Щ-210, плавбаза «Волга»;

– 4-й дивизион насчитывал в своем составе всего одну действующую подводную лодку Щ-211, остальные лодки Щ-212, Щ-213, Щ-214, Щ-215 находились на ремонте в Николаеве.

Обслуживала бригаду плавбаза «Эльбрус».

В районе Главной базы проходила ходовые испытания подводная Щ-216, планируемая в 4-й дивизион 1-й бригады.

Вторая бригада подводных лодок также базировалась на Севастополь. В нее входили:

– 6-й дивизион в составе одной старенькой «импортной» ПЛ А-4, которая находилась в Поти, остальные лодки в это время ремонтировались в Севастополе (А-1, А-2, А-3, А-5);

– 7-й дивизион в составе «малюток» М-31, М-32, М-33, М-34, М-58, М-62 и находящихся в достройке М-59, М-60;

– 8-й дивизион в составе всего двух лодок М-35, М-36.

Обслуживала бригаду плавбаза «Львов».

Для выполнения учебных боевых задач 2-й бригаде подводных лодок во временное оперативное подчинение были приданы эсминец «Незаможник», сторожевой корабль «Шквал» (находившийся в ремонте в Севастополе) и тральщик Т-401 («Трал»).

Первая бригада торпедных катеров базировалась на Севастополь и имела в своем составе 38 боевых и три учебные единицы.

Вторая бригада торпедных катеров базировалась на Очаков и находилась в оперативном подчинении командира Одесской ВМБ. Она имела в своем составе 23 боевых и пять учебных единиц.

Отряд учебных кораблей включал в себя учебный крейсер «Коминтерн» и учебные суда «Нева» и «Днепр».

Охрана водного района Главной базы (Севастополь) включала в себя тральщики Т-404, Т-405, Т-406, Т-407, Т-408, Т-409, Т-410, Т-412, Т-413; мобилизованный незадолго до войны минный заградитель «Островский» (гражданский теплоход «Чайка», мобилизованный в 1940-м); постановщик боновых заграждений «Сетевик» и 14 сторожевых катеров типа МО-4.

На полигоне в Феодосии находились тральщики Севастопольского ОВРа: Т-403, Т-411 и буксир «Джалита».

Одесская военно-морская база включала:

– Отдельный дивизион канонерских лодок в составе «Красная Абхазия», «Красная Грузия», «Красная Армения», «Красный Аджаристан»;

– охрану водного района в составе четырех сторожевых катеров типа МО.

Новороссийская военно-морская база включала:

– учебный дивизион подводных лодок в составе Щ-201, Щ-202 (базирование в Феодосии), Щ-203 (находившаяся на ремонте в Севастополе), М-51 (ремонт в Севастополе), М-52, М-54 (ремонт в Очакове), М-55 (ремонт в Севастополе), плавбаза «Очаков»;

– отдельный отряд торпедных катеров (6 ед.).

Батумская военно-морская база включала:

– отдельный дивизион торпедных катеров (с базированием в Поти, 12 ед.);

– охрана рейдов.

Кроме этого, базе были приданы эскадренные миноносцы «Фрунзе» и «Дзержинский», подводная лодка А-4.

Николаевская военно-морская база включала:

– дивизион вновь строящихся и капитально ремонтирующихся подводных лодок в составе: С-35 (на стапеле), Щ-216 (на ходовых испытаниях в районе Севастополя), М-111 (на заводских испытаниях), М-112 (на заводских испытаниях), М-113 (на заводских испытаниях), М-117 (в достройке), М-118 (в достройке), М-120 (в достройке), Л-23 (на заводских испытаниях), Л-24 (в достройке), Л-25 (в достройке);

– эскадренный миноносец «Свободный» (в достройке), эсминец «Огневой» (на стапеле).

Дунайская военная флотилия включала:

– дивизион мониторов («Ударный», «Мартынов», «Ростовцев», «Железняков», «Жемчужин»);

– дивизион бронекатеров (22 единицы пр. 1125);

– отряд катеров-тральщиков (типа Р – 5 ед., деревянных – 2 ед.);

– отряд полуглиссеров (6 ед.);

– минный заградитель «Колхозник»;

– штабной корабль «Буг»;

– плавучая мастерская ПМ-10;

– госпитальное судно «Советская Буковина»;

– два колесных буксира, а также 12 различных катеров и шхун.

Морпогранохрана НКВД на Черном море имела четыре отряда катеров типа МО (всего 48 единиц), но до начала войны эти морские силы ЧФ не подчинялись. На ЧФ (в составе флота) насчитывалось 42 морских охотника.

Война застала флот «на взлете». В Николаеве на стапелях находились: два новых крейсера 68-го проекта, три эсминца, планировалось строительство линкора («Советская Украина»), тяжелых крейсеров и т. д. Для нужд флота в Севастополе была построена серия буксиров типа СП (10 единиц).

Шла интенсивная подготовка личного состава. В дополнение к имевшемуся в Севастополе ВМУБО им ЛКСМУ, в 1938 г. было создано ВМУ им. Нахимова. Флот рос, и многие его недостатки (неопытность командиров, подготовка экипажей, плохое обслуживание механизмов) были вызваны именно «болезнью роста». Перегрузка судостроительных предприятий вызвала еще одну «болезнь» флота. Из-за спешки многие работы выполнялись не на должном уровне, участились рекламации и гарантийные ремонты. Но тем не менее советский Черноморский флот был сильнейшим на Черном море.

Весь вместе взятый флот противников СССР на Черном море, по состоянию на начало войны был намного слабее ЧФ СССР. Как писал бывший нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов в своих воспоминаниях: «Наш Черноморский флот развивался быстро и к началу Великой Отечественной войны состоял из линкора, 6 крейсеров, 17 лидеров и эскадренных миноносцев, 2 сторожевых кораблей, 47 подводных лодок, 84 торпедных катеров и ряда вспомогательных судов. Авиация насчитывала 625 самолетов. Флот готовили к тому, чтобы обеспечить наше господство на Черном море». Именно поэтому поначалу противник ограничился минированием советских военно-морских баз, и прежде всего Севастополя, стараясь запереть флот в его базах, ибо противопоставить Черноморскому флоту он ничего не мог. Минирование производилось тремя большими волнами: ночью 22, 24 и 26 июня 1941 г.