В отдельные годы наместничье управление функционировало в Вологде на основе двойного представительства: например, в 1489 г. известны одновременно два наместника – Григорий Васильевич Поплева-Морозов и Иван Гаврилович Заболоцкий. Полагаем, что этому соответствовало и двойное тиунство, поскольку в 1495 г. названы два городских тиуна – Обрезок Паздерин и Злоба Воронцов, выступавшие в качестве судей по земельным делам, однако для данного года персонально неизвестны сами вологодские наместники. Как распределялись полномочия между парами наместников и тиунов, трудно сказать из-за крайнего лаконизма источников. Возможно, разделение между ними было территориальным – в отношении города (по половинам) и формирующихся частей уезда (пригородные волости и более отдалённое Заозерье), имевших свои исторически обусловленные особенности.

Помимо наместников, властные полномочия в отношении ряда территорий Вологодского уезда имели и должностные лица дворцовой администрации, причём их представительство тоже нередко было двойным. Два дворцовых дьяка – Григорий Захарьин сын Микулина и Обрюта Михайлов сын Мишурина – известны в 1530 г. в качестве послухов на земельном обмене Кириллова монастыря в вол. Тошне. Агенты низового аппарата Дворца могли действовать согласованно с выборными представителями города, и прерогативы их выходили за пределы собственно Вологды. Вологодский дворский Иосиф Иванов совместно с городским сотским М. И. Дюдковым и земским дьяком Т. Белевановым фигурируют в одной купчей грамоте Спасо-Прилуцкого монастыря 1531/32 г. На основе подробного изучения указных грамот сотским В. А. Кучкин отметил, что власть городских сотских могла распространяться и на население ближайшей к городу сельской округи.

При Василии III в системе общегосударственного управления заметно возрастает значение института дворецких, среди которых различались так называемые большие (Приказа Большого дворца) и областные (территориальных дворцов – Новгородского, Тверского, Дмитровского, Угличского, Рязанского). Два последних дворецких – угличский и рязанский – по местническому счёту своих судей были значительно скромнее двух первых. Частота упоминания и больших, и областных дворецких в актовом материале по Вологде объясняется плотной насыщенностью и Белозерья, и Вологодчины дворцовым землевладением, а также сравнительно неплохой сохранностью, как считает М. М. Кром, архивов вологодских монастырей. Наряду с контролем над дворцовыми землями и живущим на них населением (как специализированным – сокольниками, бобровниками, бортниками, так и крестьянским), дворецкие могли исполнять некоторые общегосударственные функции. Они выдавали грамоты монастырям, что ставило церковно-монастырское землевладение под контроль государства. Полномочия дворецкого боярина Василия Андреевича Челяднина по его грамотам Спасо-Прилуцкому монастырю известны с 1509/10 г. Его финансовые прерогативы отразились в оброчной грамоте 1512 г. на мельничное место на посаде «по конец Еремеевской слободки» (здесь была церковь во имя пророка Иеремии).

Указание на то, что Вологда была «в приказе у дворецкого», впервые встречается в жалованной несудимой грамоте Василия III игумену Александро-Куштского монастыря Даниилу от 2 февраля 1508 г., хотя имени самого дворецкого в ней нет. Территориально действие документа распространялось на «Закуштскую волость» – небольшое пространство к востоку от Кубенского озера. В отношении остальных заозерских волостей о власти дворецких в 1510–1520-х гг. говорить не приходится: грамоту Спасо-Рабангскому монастырю 1484 г. в феврале 1509 г. подписал дьяк Лука Семёнов, и никакой дворецкий распоряжения об этом не давал. При подписаниях её в 1534 и 1551 гг. дворецкие также не отмечены.

В 1525 г. грамоту Спасо-Прилуцкому монастырю приказал выдать дворецкий Иван Фёдорович Палецкий, и документ этот привлекался учёными к исследованию вопроса об областных дворцах. А. А. Зимин на его основании считал, что в 1525 г. был создан Рязанский дворец, М. М. Кром – что в это время имела место кратковременная попытка организации особого областного дворца для управления вологодскими землями, однако в дальнейшем дворцовые земли и их население на Вологде были подчинены Рязанскому дворцу. О подведомственности дворецкому ближайшей к Вологде волости Сямы ретроспективно указывает жалованная тарханно-несудимая грамота первого Самозванца от 12 сентября 1605 г. Сямскому Богородице-Рождественскому монастырю, упоминающая некую «старую жалованную грамоту». В ней был отмечен суд дворецкого над игуменом, старцами и слугами этой обители. Поскольку монастырь возник в Сямской волости недалеко от Вологды не ранее 1524 г. на месте явления чудотворной иконы Богородицы, то и жалованная грамота Василия III, содержащая указание на судебные полномочия дворецкого, может быть отнесена ко времени не ранее 1524 г. С. М. Каштанов датирует её 1524–1533 гг. на основании общей жалованной грамоты царя Михаила Фёдоровича Сямскому монастырю 12 мая 1624 г.

В феврале 1534 г. грамота Александро-Куштского монастыря 1508 г. была подтверждена на имя игумена Логина за подписью дьяка Фёдора Мишурина и по приказу дворецкого кн. Семёна Дмитриевича Оболенского. А в июле 1539 г. по приказу рязанского дворецкого Ивана Михайловича Юрьева была выдана жалованная несудимая и заповедная грамота Арсению Сахарусову на порубежные земли Вологодского (волость Лежский Волок) и Галицкого уездов.

В системе территориальных дворцов-«приказов» Вологда действительно оказалась подведомственна рязанскому дворецкому. Так, в 1541 г. В. М. Тучков-Морозов отдавал распоряжения относительно мельницы Спасо-Прилуцкого монастыря на р. Вологде. В июне того же года он совместно с тверским дворецким И. И. Хабаровым отдал по обмену Павло-Обнорскому монастырю несколько «чёрных старых деревень» и «новых пустошей» в Обнорской волости, взяв монастырское сельцо Козлятево в Раменском стане Ростовского уезда. Примечательно, что в 1541 г. в самой Вологде известны два наместника – М. Д. Бутурлин и Ф. В. Киндырев «з братьею». Этот факт устанавливается по указной грамоте вел. кн. Ивана Васильевича о ненарушении жалованной грамоты Ферапонтова монастыря. Ему принадлежало село Ивановское в «Остроколье» (местечке Острый конец) с церковью Ивана Кушника, купленное в 1480-х гг. у московского боярина Г. М. Перхушкова. Село локализуется в вол. Пельшме, следовательно, она (будучи в числе волостей, завещанных сначала Василием II сыну кн. Андрею Меньшому, а затем «унаследованных» Иваном III) входила в территорию, подведомственную двум вологодским наместникам, а не какому-либо дворецкому.

В 1541 г. одновременно функционировали разные дворцовые учреждения в отношении южных частей Вологодчины: вол. Обноры (рязанский дворецкий В. М. Морозов) и северной (заозерской), где поземельные дела контролировал боярин и большой дворецкий кн. И. И. Кубенский. По его приказу 21 марта 1541 г. была выдана жалованная подтвердительная тарханно-несудимая оброчная с элементами уставной грамота сямженскому Спасо-Евфимьеву монастырю, имевшая в дальнейшем многочисленные подтверждения. Особый интерес данному документу придаёт то обстоятельство, что в нём впервые для Вологодского края (волости Сямжи) приводятся сведения о нормативах денежных взиманий на волостеля и его агентов.

Весьма показательно одновременное функционирование двух дворецких в отношении двух половин формирующегося уезда, и всё это при наличии двух наместников в самом городе. Разнообразие форм центрального и местного управления здесь налицо. Они предстанут ещё богаче, если учесть появление в 1520–1540-х гг. новых институтов и должностных лиц – городовых приказчиков и губных старост, формируемых из местной служилой среды, что было обусловлено расширением служилого землевладения на Вологде и ростом социально-политического значения детей боярских.