Понимая, что больших репрессий избежать не удастся, Сталин И.В. решил, очевидно, под их видом устранить из важнейших отраслей народного хозяйства потенциально опасных лиц, способных действительно нанести ущерб безопасности страны. В соответствии с приказом наркома внутренних дел от 25 июля 1937 года были выявлены и арестованы германские подданные, работавшие на военных заводах, железнодорожном транспорте и других объектах, имевших оборонное значение. Затем таким же путём была разгромлена польская разведка и Польская организация войсковая, действовавшие в СССР. А так называемые «харбинцы» (бывшие служащие Китайско-Восточной железной дороги и реэмигранты из Маньчжоу-Го) были удалены из НКВД и Красной армии, из железнодорожного, водного и воздушного транспорта, а также из промышленных предприятий. Решением вопросов по всем этим «контингентам» занимались только работники НКВД.

А вот тройки, состоявшие из партийного секретаря, руководителя НКВД и прокурора, решали судьбу (по первой или второй категории) самых массовых «антисоветских элементов», к которым были отнесены «бывшие кулаки, церковники, сектанты, бывшие активные участники вооружённых выступлений, кадры антисоветских политических партий», а также уголовные преступники. При этом все «наиболее враждебные» подлежали немедленному аресту и по рассмотрению дел на тройках — расстрелу. «Менее активных» по определению тройки следовало заключать в лагеря на срок от 8 до 10 лет. Всего планировалось репрессировать 258950 человек, из них «осудить по первой категории» 72950 человек.

Массовые репрессии начались с лета 1937 года, когда по стандартным обвинениям в контрреволюционной деятельности арестовывались в сельской местности и в провинциальных городах как отдельные граждане, так и группы в составе от 5 до 20 человек. В основном они представляли собой откровенных и малограмотных болтунов, во всю ругавших советскую власть. Особые тройки, вынося свои внесудебные приговоры, карали беспощадно, особенно организаторов групп, бывших кулаков, служителей церкви, а также лиц, уличённых, кроме разговоров, ещё в каких-либо «вредительских действиях». Некоторые работники НКВД, получив неограниченную власть, безмерно усердствовали в поисках и разоблачении «врагов народа», безнаказанно издевались над арестованными.

В условиях появившейся напряжённости в стране, причём на фоне сложных международных отношений, почувствовавшие свою силу партократы начали оказывать направленное давление на группу Сталина. Незадолго до выборов в Верховный Совет СССР, назначенных на 12 декабря 1937 года, у значительной массы крестьян вновь отобрали только что возвращённые им избирательные права. Декларированное ранее равноправие между ВКП(б) и общественными организациями было отменено. Отныне предстоявшие выборы, включая всю работу по выдвижению кандидатов в депутаты, ставились под жёсткий партийный контроль. Альтернативность выборов оказалась под сомнением. Чтобы не упустить при выборах широкие массы, вводилось принципиально новое понятие — блок коммунистов и беспартийных, который теперь должен был «сговариваться» об общем кандидате. Причём беспартийных в органы власти должно было допускаться, по настоянию партократов, не более 20 процентов.

В результате состоявшихся 12 декабря выборов, в Законодательный орган страны попали преимущественно представители партийной и исполнительной властей, которые (ветви власти) сталинские реформаторы как раз и старались разделить. Депутатами Верховного Совета СССР стали многие первые секретари ЦК нацкомпартий, крайкомов и обкомов, партийные деятели всех рангов, председатели исполкомов, наркомы и их заместители, генеральный прокурор, директора заводов, хозяйственные руководители, военачальники, работники органов внутренних дел, учёные, писатели, учителя, врачи, председатели колхозов, передовые рабочие и колхозники. То есть при формировании новой государственной структуры восторжествовал прежний принцип «единства» законодательной, исполнительной и партийной ветвей власти, когда одни и те же люди должны были инициировать, а затем принимать (угодные им) законы, а потом успешно их выполнять (себе на пользу).

Потерпев неудачу в решении кадрового вопроса за счёт преобразования Конституции и избирательного закона, Сталину И.В. оставалось только продолжать чистить «авгиевы конюшни» (включая часть только что появившегося депутатского корпуса) путём наказания тех, кто излишне усердствовал в период проведения массовых репрессий. Всё-таки в результате осуществления «великой чистки», принёсшей множество ненужных жертв, Сталину И.В. удалось избавиться от ряда «заговорщиков», способных посягнуть на Советскую власть и свергнуть законное правительство вместе с существовавшим тогда общественно-политическим строем. В целом в стране была создана обстановка, при которой сталинское руководство могло уверенно проводить намечавшиеся им мероприятия, не встречая сопротивления со стороны «саботажников» и не опасаясь утечки за рубеж важной информации.

17 ноября 1938 года было принято секретное постановление Совета Народных Комиссаров (СНК) СССР и Центрального Комитета (ЦК) ВКП(б) «Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия». В нём сначала положительно оценивалась работа Наркомата внутренних дел под руководством генерального комиссара госбезопасности Ежова Н.И. по «очистке СССР от многочисленных шпионских, террористических, диверсионных и вредительских кадров», а затем перечислялись «крупнейшие недостатки и извращения в работе: массовые необоснованные аресты, упрощенное ведение следствия и суда, грубое нарушение процессуальных норм» и т. д. Вина за все репрессии возлагалась на «врагов народа и шпионов иностранных разведок, пробравшихся в органы НКВД». Постановление запрещало проведение новых массовых операций по арестам и высылкам, ликвидировало судебные тройки и указывало на необходимость «обеспечения за обвиняемым предоставленных ему по закону процессуальных прав» [40].

На новом этапе коммунистического строительства Сталину потребовались иные люди на ключевых постах. От прежних кадров они должны были отличаться тем, что умели организовывать и налаживать государственную, общественную и хозяйственную работу с учётом её «социалистических особенностей». И выдвижение таких кадров началось.

25 ноября 1938 года наркомом внутренних дел СССР был назначен комиссар госбезопасности I ранга Берия Л.П. Что бы сегодня ни говорили об этом «верном ученике и ближайшем соратнике И.В. Сталина», как бы ни поминали «бериевщину», но ради объективности следует отдать должное Лаврентию Павловичу за его «большие организаторские способности, смелую инициативу и умение вести масштабную работу» [53]. Новый нарком стал стремительно структурно преобразовывать и совершенствовать вверенное ему ведомство. Одним из ключевых вопросов являлся кадровый. Необходимо было освободиться от работников органов внутренних дел, слишком усердствовавших в период проведения массовых репрессий, безраздельно упивавшихся собственной властью. Следовало также освободить из тюрем тех, кто незаслуженно пострадал. Для выполнения такой задачи предназначался аппарат «особоуполномоченного НКВД», в функциональные обязанности которого входило разбирательство с преступлениями, совершавшимися работниками органов внутренних дел. На данном этапе этому контрольному органу поручалось «расследование фактов участия сотрудников в массовых репрессиях» и пересмотр следственных дел на арестованных.