Но осенью 1762 года Ломоносову было не до садоводства, не до пирушек с земляками, не до литературных и политических разговоров с Шуваловым и даже не до работы. Несколько месяцев он провел в постели, по всей вероятности, между жизнью и смертью. В короткие моменты облегчения он, видимо, готовил к печати «Древнюю российскую историю».

Тем временем Тауберт еще 25 июля распорядился выпускать академические распоряжения без подписи Ломоносова; тогда же был заготовлен указ за подписью Разумовского о передаче Географического департамента опять под начало Миллера. Однако указу этому был дан ход лишь в январе 1763 года, когда Ломоносову стало лучше и он появился в академии. Сам Михайло Васильевич предполагал (похоже, небезосновательно), что Тауберт «выпросил у президента такой ордер в запас, что ежели Ломоносов не умрет, то оный произвести, чтоб Миллер мог в географическом деле Ломоносову быть соперник; ежели ж умрет, то оный уничтожить, чтобы Миллеру не дать случай себя рекомендовать географическими делами». При этом отстранение Ломоносова мотивировалось не его болезнью, а дурной работой департамента, погрязшего в «бесполезных спорах» и за несколько лет не выпустившего никаких новых карт. Интриги в Географическом департаменте начались еще во время первой болезни Ломоносова. 20 марта 1762 года «чрезвычайная конференция» под председательством Миллера критически оценила карты, составленные адъюнктом Яковом Шмидтом, которому покровительствовал Ломоносов. В результате публикация составленных им карт была отложена — а заодно и карт, составленных Трускотом. Получалось, что департамент в самом деле пять лет работал впустую или почти впустую.

Узнав о назначении Миллера, Ломоносов пишет 5 февраля рапорт Разумовскому, в котором описывает всю проделанную под его руководством работу, подчеркивает, что «с тех пор, как зачался под моим смотрением „Российский атлас“, Миллер и с ним профессор Гришов от Географического департамента отстали и в собрание больше не ходили». Наконец, восклицает он, как можно поручать Миллеру руководство департаментом, когда он не знает математики (что правда), когда он, семь лет возглавляя департамент до Ломоносова, «не положил ниже начала к сочинению Российского атласа» (что тоже близко к истине), и, наконец, «когда он и главной своей должности, то есть продолжения „Сибирской истории“ не исполняет и первый том наполнил только копиями сибирских архивов и другими мелочьми». Последняя фраза хорошо показывает взгляд Ломоносова на историческую науку. Он искренне не понимал, что архивные материалы и другие такого рода «мелочи» — это и есть главное в работе историка, как в работе химика или физика — лабораторные опыты. Если в естественных науках ему удалось подчинить в себе поэта исследователю-экспериментатору или, по крайней мере, достичь какого-то равновесия между этими сторонами своего «я», то в истории — увы, нет. Но Миллер был примерно таким же картографом (если не худшим), как Ломоносов — историком.

Ордер о назначении Миллера пока что в исполнение приводить не стали, и Ломоносов возобновил активную работу в департаменте. Но 10 марта на заседании Академической конференции у него произошла стычка с Миллером. Историограф, в качестве конференц-секретаря, делал доклад на совершенно постороннюю тему — замещение кафедры ботаники. Ломоносов вдруг прервал его и потребовал пересмотреть принятое год назад решение и напечатать все уже подготовленные карты. Миллер ответил, что под решением стоят подписи всех академиков. Ломоносов ответил, что это ничего не значит, что подписи получить нетрудно и что «полезному делу» хотят воспрепятствовать «мошенническим образом» («auf eine spitzbuerische Weise»), Миллер хлопнул дверью, а Ломоносов, почувствовав, что перегнул палку, добавил, что не имеет в виду никого лично.

После этого он (то ли из-за нездоровья, то ли ожидая разрешения своих споров с Миллером и Таубертом) опять перестал ездить в академию. Тауберт, однако, счел необходимым 4 апреля послать Ломоносову на дом все бумаги, выпущенные канцелярией за время его болезни. Ломоносову предлагалось задним числом подписать их. Тот отказался: «На всех сиих делах резолюции от Его Сиятельства Академии наук Президента». При этом Ломоносов потребовал «до его приезда не чинить в канцелярии никаких дел, а особливо по расходованию денежной казны», и как можно скорее разрешить следующие вопросы: об отправке географической экспедиции, о прикомандировании Попова и Красильникова к Географическому департаменту и о «подаче г. профессором Миллером известия, впредь в Географическом департаменте присутствовать будет ли». Ломоносов выжидал неделю: видимо, оценивал соотношение сил и, в конце концов, решил, что оно не в его пользу. За время его болезни многое в стране переменилось. А именно — в январе канцлер Воронцов был отпущен «для лечения» за границу; два месяца спустя «разрешение отъехать на некоторое время в чужие края» получил генерал-поручик Иван Шувалов. Это не была эмиграция в полном смысле слова. Воронцов, через несколько месяцев вернувшийся, продолжал именоваться канцлером, хотя Коллегией иностранных дел руководил теперь Никита Панин; Шувалов, остававшийся во Франции и Италии до 1777 года, исполнял кое-какие разовые поручения русского правительства. Но помочь Ломоносову они уже ничем не могли… Тем временем звезда переселившегося в Москву Сумарокова вновь ярко зажглась: данное в честь коронации по его сценарию представление «Торжествующая Минерва» имело успех при дворе, затмив ломоносовскую оду. Видимо, обо всем этом с грустью размышлял обиженный на всех, уставший, раздраженный поэт, профессор и советник между 4 и 11 апреля. В этот день он, переменив свое решение, подписал все старые бумаги.

А шесть дней спустя Екатерина II написала статс-секретарю Олсуфьеву такую записку: «Адам Васильевич, я чаю, Ломоносов беден: свяжись с гетманом, не можно ли ему пенсию дать, и скажи мне ответ». Заявление об отставке с чином и пенсией, поданное в июле прошлого года, никуда не исчезло и продолжало свое путешествие по бюрократическим каналам, независимо от воли автора. Но кому-то надо было дать ему ход именно в тот момент, когда здоровье Ломоносова стало поправляться. Михайло Васильевич обвинял во всем, естественно, Тауберта, Миллера, Трускота и Эпинуса, которые якобы посылали в Москву, где еще находился двор, «сочиненные скопом и заговором разные клеветы» против своего старого врага. 2 мая Екатерина подписывает указ: «Коллежского советника Михайлу Ломоносова всемилостивейше пожаловали мы в статские советники с вечною от службы отставкой с половинным по смерть его жалованием».

Пятнадцатого мая Ломоносов узнает о том, что судьба его решилась. Видимо, это известие было для него тяжелым ударом, хотя вроде бы он сам о нем ходатайствовал. Правда, и чин, и пенсия были меньше запрошенного — а главное, сейчас, после надежд, поданных Орловым, после болезни, после выздоровления он явно рассчитывал на другое. Отказавшись подписывать принесенные ему бумаги, он в тот же день — впервые за долгое время — уезжает из Петербурга в Усть-Рудицу.

Слухи в академии распространялись быстро. Обрадованный Миллер успел сообщить академику Иоганну Христиану Гебенштрейту, несколькими годами раньше вернувшемуся в Германию: «Академия наук освобождена наконец от Ломоносова». Но Ломоносов рано расстроился, а Миллер рано радовался. Указ об отставке был уже два дня как отменен, не успев дойти до Сената.