Кокрейн не жалел похвал для экипажа «О’Хиггинса»: «Я в жизни не видел большего мужества и отваги, чем те, что проявили мои товарищи. Ни один экипаж британского флота не смог бы лучшим образом выполнять приказы».

Кокрейн полностью контролировал побережье, а остаток испанского флота был блокирован в Кальяо: в Лиме все больше стал ощущаться недостаток продовольствия. Около шестисот человек из отборного батальона «Нумансия» перешли на сторону чилийцев, едва стало известно о захвате «Эсмеральды», а затем дошли новости о том, что полуторатысячный гарнизон порта Гуаякиль взбунтовался против испанцев. А тем временем в горах Ареналес одержал победу в сражении при Серро-де-Паско: испанцы потеряли пятьдесят восемь человек убитыми, триста человек сдались в плен. Кокрейн снова потребовал от Сан-Мартина начать штурм Лимы, но тот отказался, вполне удовлетворенный результатами политики блокады и медленного удушения. У Кокрейна это вызвало мрачные подозрения: «Теперь для меня стало очевидным, что армия сознательно удерживалась в бездействии, чтобы сохранить ее в целости для далеко идущих, амбициозных планов генерала, и что, собрав все силы у Лимы, он обрекал ее жителей якобы на милость освободителя, а на самом деле — завоевателя».

Блестящие качества Кокрейна как морского капитана, умелое использование им хитростей и уловок, хорошо рассчитанная отвага — это одно дело, но когда от него требовались стратегические решения, когда приходилось командовать несколькими кораблями или применить политические маневры, он действовал не лучшим образом. Он был одиночка, причем весьма неловкий в большой политике. Очень скоро он рассорился с собственным экипажем, который был против переименования «Эсмеральды» в «Вальдивию». Конечно, Вальдивия была местом «боевой славы» Кокрейна, но у людей оно было связано с именем ненавистного Педро де Вальдивии, завоевателя Чили. Вместо того чтобы уступить вполне понятным требованиям экипажа, Кокрейн подверг непослушных офицеров военному суду. Капитан Гайс в знак солидарности с моряками подал в отставку. Его примеру последовал капитан «Гальварино» Спрай, которого Кокрейн в отместку позднее также отдаст под суд. Оба капитана списались на берег и нашли службу в штабе Сан-Мартина. Кокрейн с тех пор еще больше возненавидел «трусливого» главнокомандующего.

В ноябре 1820 года Сан-Мартин, сочтя свое участие в окружении столицы законченным, погрузил свою армию на корабли и отправил к северу от Лимы — он хотел поднять народ на вооруженное выступление в районе Уайласа. Флот встал на якорь в Уачо, где внезапно лихорадка начала косить его солдат, а матросы стали возмущаться задержкой выплаты жалованья. Плохие новости пришли также из Верхнего Перу, где Гуэмес, вождь аргентинских партизан, потерпел поражение. И все же терпеливая подрывная кампания Сан-Мартина среди негров, индейцев и метисов, живших в окрестностях Лимы, начала приносить плоды. Поскольку Лима была отрезана фланговым маневром Ареналеса, а Кальяо был блокирован флотом, стала ощущаться нехватка продовольствия, а городское население стало проявлять недовольство испанскими солдатами, поскольку они реквизировали продукты в лавках и на складах. Сан-Мартином велась активная пропаганда с помощью листовок и распространения всякого рода слухов. Муниципальный совет Лимы жаловался властям: «Если положение в городе останется таковым, что с нами будет? Мир — вот общее желание народа. Жители переходят на сторону Сан-Мартина, не слушают нас и начинают опасаться большего зла, чем даже сама война».

В феврале 1821 года вице-король маркиз де Ла Песуэла был смещен либеральным генералом Хосе де Ла Серна; командование армией взял на себя французский генерал де Кантерак.

Сан-Мартину пришлось нелегко в развязанной им войне нервов и кампании на истощение сил противника, и он пишет О’Хиггинсу:

Альварадо писал позднее: «Никогда военный гений Сан-Мартина не проявлялся с такой очевидностью, как в это время. Посланные им бойцы проводят подрывные акции в Лиме и ее окрестностях, скрывая от врага очевидную нашу слабость; его отощавшие, подобные скелетам, солдаты ведут военные действия в горах, а сам он возглавляет экспедицию на побережье; и, наконец, он ведет переговоры, прибегает к интригам и ухищрениям, чтобы выиграть время и преодолеть эти тяжелейшие условия. Никогда больше он не был столь воодушевлен».

Злейшим врагом Сан-Мартина оказалась малярия: всего за один день умерли свыше ста человек, около 2500 человек, включая его самого, были больны. И все же благодаря набору новых рекрутов он смог увеличить численность своей армии с 4900 до 6700 человек — немногим не достигнув численности семитысячного гарнизона роялистов в Лиме. Особенно хорош был пропагандистский ход Сан-Мартина, когда он предложил пропустить обозы с продовольствием в Лиму, дабы облегчить страдания населения и накормить больных солдат, «ибо солдаты являются моими врагами только на поле боя». Население сельских районов тоже начало склоняться на его сторону.

Приезд Китти Кокрейн с детьми на борту британского корабля «Андромаха» в январе 1821 года дал Кокрейну столь необходимую разрядку, смягчив на время его раздражение «трусливой политикой» Сан-Мартина. В двадцать пять лет Китти утвердилась наконец как сильная личность и полноправная жена. Она пережила все трудности «тайного» брака и унижений, когда ее муж находился в тюрьме; в Чили ее едва не убил человек, ворвавшийся с ножом в руке в их загородный дом в Кильете; его осудили на смерть, но Китти упросила заменить смертный приговор на высылку из страны. Отправившись к Сан-Мартину в Мендосу, она пересекла Анды, переночевав на шкуре дохлого вола на перевале Пуэнте-дель-Инка. На обратном пути на нее напал какой-то отбившийся от подразделения испанский солдат и уже почти столкнул в пропасть, но ее спасли чилийские спутники.