Покинув эту стоянку, Коцебу вернулся в Новоархангельск (Ситка), где оставался до 30 июля 1825 года. Затем он снова посетил Сандвичевы острова, придя туда спустя некоторое время после того, как адмирал Бейрон доставил на Гавайи останки умерших в Лондоне короля Рио-Рио и его жены.

Пополнив в Оаху запасы продовольствия, русский путешественник достиг островов Радак, произвел съемку Пескадорских островов, открыл группу островов Эшшольца (Бикини) и 15 октября пристал к берегам Гуама. После многомесячного пребывания в Маниле, во время которого частые сношения с местными жителями дали ему возможность неизмеримо лучше изучить географию и природу Филиппин, он 23 января 1826 года двинулся в дальнейший путь. В это время на Манилу прибыл новый испанский губернатор со значительным отрядом войск; ему удалось подавить восстание, и население Филиппин надолго отказалось от мысли отделиться от Испании.

10 июля 1826 года «Предприятие» вернулось в Кронштадт после трехлетнего плавания. За это время русские моряки посетили северо-западные берега Америки, Алеутские острова, Камчатку и Охотское море, произвели детальную съемку значительной части островов Радак и собрали новые данные о том процессе развития, какой переживали тогда многие племена Океании. Благодаря самоотверженным трудам сначала Шамиссо, а потом профессора Эшшольца были собраны многочисленные образцы флоры и фауны, и последний подготовил к печати описание свыше двух тысяч животных; кроме того, он собрал очень интересные сведения относительно образования коралловых островов Южного моря (Тихого океана).