24 мая 1940 г. советский полпред в Литве сообщил в Москву, что 24 апреля и 18 мая из советских частей, расположенных в Литве, сбежали два красноармейца: Носов и Шмавгонец, которые разыскивались по линии военного командования. Уже на следующий день Молотов вызвал литовского посланника в Москве Наткявичуса и заявил ему, что «исчезновение этих военнослужащих организуется некоторыми лицами, пользующимися покровительством органов литовского правительства». Обвинив литовское правительство в провокациях. Молотов потребовал прекратить их, разыскать пропавших солдат и вернуть в части, выразив надежду советского правительства, что Литва «пойдет навстречу его предложениям и не вынудит его к другим мероприятиям». Литовская сторона серьезно отнеслась к демаршу советского руководства и уже 26 мая выразила «готовность немедленно произвести самое подробное расследование», для облегчения которого просила советское правительство сообщить «имеющиеся в его распоряжении данные».

27 мая стало ясно, что военнослужащие уже вернулись в части, но предложение литовской стороны о совместном допросе для ускорения расследования было отклонено советской стороной под предлогом истощения обоих военнослужащих127. Любопытно, что при обсуждении этой проблемы все время назывались новые фамилии красноармейцев. Не исключено, что советская сторона не имела четкого учета военнослужащих. Интересно отметить, что красноармейцы действительно пропадали из расположенных в Литве частей. 30 мая 1940 г. в газете «Известия» было опубликовано «Сообщение НКИД о провокационных действиях литовских властей», в котором перечислялись случаи исчезновения красноармейцев из расположенных в Литве частей, и вся ответственность за это возлагалась на литовскую сторону. 1 июня литовский посланник в Москве вновь пытался склонить советскую сторону к тщательному расследованию этих обвинений, но Молотов опять не поддержал эту идею. Советское полпредство в Литве 2–3 июня обращало внимание Москвы на стремление литовского правительства «предаться в руки Германии», активизацию «деятельности пятой германской колонны и вооружение членов союза стрелков», подготовку к мобилизации. Все это разоблачает «подлинные намерения литовских правящих кругов», которые в случае урегулирования конфликта лишь усилят «свою линию против договора, перейдя к “деловому” сговору с Германией, выжидая только удобный момент для прямого удара по советским гарнизонам»128.

По мере развития дипломатического конфликта начались и прямые советские военные приготовления. К лету 1940 г. в Прибалтике размещались следующие советские войска. В Эстонии находилось управление 65-го особого стрелкового корпуса, 123-й отдельный батальон связи, 11-й корпусной зенитный артдивизион, 16-я стрелковая дивизия, 18-я легкая танковая бригада, 5-й мотомеханизированный отряд, 414-й, 415-й автотранспортные батальоны. Особая группа ВВС в составе 35-го, 52-го среднебомбардировочных, 7-го, 53-го дальнебомбардировочных, 15-го, 38-го истребительных авиаполков и другие части. В Латвии были развернуты управление 2-го отдельного стрелкового корпуса, 10-й отдельный батальон связи, 86-й корпусной зенитный артдивизион, 67-я стрелковая дивизия, 6-я легкая танковая бригада, 10-й танковый полк, 18-я авиабригада в составе 31-го среднебомбардировочного, 21-го и 148-го истребительных авиаполков, 640-й автотранспортный батальон и другие части. В Литве располагались управление 16-го отдельного стрелкового корпуса, 46-я отдельная рота связи, 19-й корпусной зенитный артдивизион, 5-я стрелковая дивизия, 2-я легкая танковая бригада, 54-й среднебомбардировочный и 10-й истребительный отдельные авиаполки, 641-й автотранспортный батальон и другие части. Всего войска насчитывали 66 946 человек, 1630 орудий и минометов, 1065 танков, 150 бронемашин, 5579 автомашин и 526 самолетов129.

Согласно приказу наркома обороны № 0028 от 3 июня 1940 г., войска, размещенные на территории Прибалтики, с 5 июня исключались из состава ЛВО, КалВО и БОВО и переходили в непосредственное подчинение наркома обороны через его заместителя командарма 2 ранга А. Локтионова. В тот же день был издан Указ Президиума Верховного Совета СССР, согласно которому «в связи со сложной международной обстановкой» предписывалось «задержать в рядах Красной Армии красноармейцев 3-го года службы до 1 января 1941 г.» и «до особого распоряжения призванный… командный и начальствующий состав запаса». 4–7 июня 1940 г. войска ЛВО, КалВО и БОВО были подняты по тревоге и начали под видом учений сосредоточение к границам прибалтийских государств, одновременно в состояние боевой готовности были приведены советские гарнизоны в Прибалтике. 8 июня Локтионов получил приказ подготовить дислоцированные там советские авиачасти к возможным боевым действиям, усилить охрану аэродромов и подготовить их к обороне и приему посадочных десантов. Авиаполки должны были быть готовы к действиям по аэродромам и войскам противника и к перегруппировке на более защищенные советскими войсками аэродромы130.

Вечером 8 июня в г. Лиде состоялось секретное совещание командного состава поднятых по тревоге войск БОВО, на котором заместитель командующего войсками округа генерал-лейтенант Ф. Кузнецов (он же командующий 11-й армией) информировал собравшихся о «возможных действиях против Литвы». Там же 11 июня с 13 до 16 часов проходило новое совещание с участием накануне вступившего в командование войсками БОВО генерал-полковника Д. Павлова, изложившего план боевых действий и задачи войск, которые должны были нанести стремительное поражение литовской армии, не допустить ее отхода в Восточную Пруссию и за 3–4 дня занять Литву. Согласно боевому приказу № 002/оп от 12 июня войска 11-й армии совместно с частями особого 16-го стрелкового корпуса должны были окружить и уничтожить противника в районе Каунаса. Расквартированному в Литве особому 16-му стрелковому корпусу ставилась задача удержать районы своей дислокации, захватить основные мосты на реках Неман и Нярис и обеспечить высадку 214-й воздушно-десантной бригады в 5 км южнее железнодорожной станции Гайжуны, где предполагалось десантировать 935 человек. Совместно с частями 16-го стрелкового корпуса десантники должны были захватить основные объекты Каунаса, на аэродром которого было бы переброшено еще 475 десантников. Подготовку операции предполагалось завершить к утру 15 июня. 13 июня войсками была получена директива Политуправления РККА, которая должна была обеспечить политическое обоснование планируемых действий.

«Наша задача ясна, – говорилось в директиве. – Мы хотим обеспечить безопасность СССР, закрыть с моря на крепкий замок подступы к Ленинграду, нашим северо-западным границам. Через головы правящей в Эстонии, Латвии и Литве антинародной клики мы выполним наши исторические задачи и заодно поможем трудовому народу этих стран освободиться от эксплуататорской шайки капиталистов и помещиков»131. Подготовлены были и лагеря НКВД для более 60 тысяч военнопленных132. Постановление Политбюро ЦК ВКП(б), принятое

13 июня, то есть за день до предъявления ультиматума правительству Литвы, в связи с «особыми мероприятиями» санкционировало создание широкой сети военных госпиталей, эвакопунктов, санитарных поездов, готовых к приему около 24 тысяч раненых133. 13 июня для подготовки места десантирования была выброшена парашютная группа в 7 человек, а с 21.30