Много с тех пор было сношений русских митрополитов и государей с патриархами по дипломатическим каналам, идея «русского патриарха» то разгоралась, то затухала, в зависимости от состояния дел в царстве Московском и крепости престола государя…

А с каких-то пор, сразу после венчания его зятя Федора на царство, Годунова стала будоражить и радовать сама мысль, что судьба идеи «русского патриарха» находится не в слабых дрожащих руках слабовольного царя Блаженного или бездарного митрополита Дионисия, а именно в его наполненной живительной силой руках, в его взволнованном идеей сердце. Годунов стал жить этой великой абстрактной идеей, претворением ее в жизнь по мере укрепления своих собственных позиций властителя при недееспособном государе и митрополите, мечущемся между боярских партий в желании услужить «сильным и богатым».

В 1586 году антиохийский патриарх Иоаким оказался на западных границах Русского царства в Смоленске и обратился к царю Федору с просьбой о посещении Москвы и «устроения церковного братства», как он это сделал недавно в Литве. «Милостыню будет просить, – сказал тогда Годунов Федору, – а мы попробуем прояснить вопрос о патриаршестве в столице». – «Патриарх Иоаким или патриарх Дионисий?» – спросил с блаженной улыбкой на устах Федор. «Пока ни тот, ни другой, – усмехнулся Годунов. Если уж ставить патриарха на московский престол, то только Константинопольского…» – «Почему только его?» – удивился Федор. «А потому, что при Иоакиме московский патриарх будет подчиняться Константинопольскому, – отрезал Федор, – а наш патриарх должен быть первым в православном мире». – «А-а-а, – протянул, покачивая недоуменно головой, Федор. – А я и не догадался об этом».

Согласно летописному сказанию, Федор Иванович рассказал на заседании боярской Думы о пришедшей ему идее «русского патриарха», уже обсужденной с царицей, нарочито не упоминая имя митрополита Дионисия. В Думе оценили деликатность замысла царя и царицы, склонных следовать четким указаниям брата и шурина-конюшего. О его невысоких умственных способностях бояре отзывались так: «Улыбается, как умник».

Владыка Иоаким со свитой был приглашен в Москву и размещен в огромных хоромах боярина Ф. Ф. Шереметева, обеспечен всем необходимым. Волей конюшего митрополит Дионисий не принимал практически никакого участия в переговорах о судьбе московского патриаршества, что вызвало раздражение митрополита, который занял по отношению к Иоакиму жестко-конфликтную позицию. Все события того времени прошли мимо Дионисия, и все это не в пользу митрополита, который отнюдь не проявлял желания получить благословение на патриарший престол от заезжего грека, с которым вел свои тайные переговоры лично Борис Федорович Годунов. Не тогда ли владыка Иоаким и через него все вселенские патриархи узнали о существовании сподвижника Годунова, о деятельном архиепископе Ростовском Иове?…

И вот, когда уже произошло стараниями Годунова и его партии восшествие Иова на московский митрополичий престол, в июле 1588 года, к великому удовольствию Федора Ивановича и Бориса Федоровича, явился в стольную Москву патриарх Константинопольский Иеремия… И был пышный прием патриарха в столице Русского православного царства, какого Москва еще не видела… Престарелый патриарх с нескрываемым удивлением взирал на толпы встречающего его народа русского, богобоязненного… Так первого лица Византийского архиерейства не встречали нигде… И нигде в знакомом ему православном мире не было такого чудного, сияющего на солнце церковного благолепия… Ехал престарелый патриарх к царю на осляти по московским заполненным улицам и упивался счастьем богоизбранности в Третьем Риме, Москве, в лихие несчастные времена для Византии, Второго Рима, Константинополя…

Федор Блаженный сошел со своего царского трона, встречая Иеремию Константинопольского, и принял с любовью и не сходящей с его лица счастливой блаженной улыбкой священные дары патриарха: икону с изображением страстей Господних, с каплями священной крови Христа и с частичкой святых мощей императора Византийского Константина… И в этот великий момент для развития идеи «русского патриарха» Федор Блаженный велел своему шурину-конюшему беседовать с Константинопольским патриархом наедине…

Патриарха отвели в отдельную комнату, где он долго рассказывал Годунову о своих тяготах ссыльного и опального на острове Родос: как султан вернул его в Константинополь и как он объезжает земли христианские для сбора милостыни для устройств патриарших в столице православия… Далее, беседуя с Годуновым, патриарх похвалил мысль царя Федора «иметь патриарха в Москве». И тут же «на голубом глазу» хитромудрый Годунов предложил ему сие высокое достоинство. По лицу Иеремии можно было прочесть, что патриарху понравился «замысел царя». Но при высказанном Годуновым условии – жить и проповедовать в первом некогда стольном городе Русского царства Владимире! – печаль тронула лицо патриарха. «Зачем мне уезжать из Москвы, – светились вопросом умные глаза опытного первоиерарха, – если царь и патриарх всегда правят царством из одного места?»

Не мог же Годунов посвятить патриарха в свои далеко идущие планы с восшествием на престол своего сподвижника Иова. Ведь при патриархе Иеремии на московском столе пришлось бы удалять Иова из столицы, в тот же Владимир. А это было уже противопоказано Годунову по многим политическим соображениям долгого противоборства с боярскими партиями. Не разъяснять же владыке, что даже в нынешней руководимой им боярской Думе не все его сторонники, из тринадцати думцев его людей – «всего восемь». Не мог же Годунов объяснять ему, что без толмачей и наставников, не зная русского языка и обычаев русского православного царства, невозможно патриарху Иеремии стать духовной опорой царю в сложном правлении государством. Это с ним, Годуновым, знающим благодаря наставничеству постельничего дяди Дмитрия с юных лет латынь с греческим языком, хорошо и легко обсуждать вопросы церковного обустройства, а с неграмотными «безъязыкими» епископами и архимандритами пришлось бы греку помучиться.

Патриарх без раздумья принял довод Годунова, что султан все равно уже разорил Константинопольское патриаршество, а до Московского патриаршества тому не добраться, как не добраться до него всем врагам христианской веры в ее православной традиции. Удалось опытному дипломату Годунову убедить патриарха, что невозможно ни в коем случае удалять митрополита Иова, мужа святого и богоугодного, из Москвы. «Как же быть с митрополитом Иовом? Как быть с митрополичьим престолом в столице Русского царства, в Москве Первопрестольной?» – спросил с большим достоинством Годунов, глядя прямо в глаза патриарха. Тот не заставил долго ждать, сказал со странным чувством облегчения, словно сваливая с души тяжелую ношу своей личной ответственности за судьбы русского православного государства: «Да исполнится воля Божья и царская! Уполномоченный нашей церковью, благословлю и поставлю на московский патриарший престол того, кого изберет царь Федор, вдохновленный Богом».

Самым важным для всех греков, прибывших в свите патриарха Иеремии, было то, что переход в Москву патриаршего престола был выгоден и Константинополю, и Москве. Но одновременно удивительным были для греков мотивы Годунова и поведение царя Федора, объявляющих о необходимости учреждения патриаршества в Русском государстве, но только так, чтобы Константинопольский патриарх Иеремия не стал патриархом Московским. Ведь своим согласием на «тайной» беседе с Годуновым занять Московский патриарший престол патриарх Иеремия подтвердил тот непреложный факт, что Русское царство, великая Россия достойна иметь и престол, и патриарха. Идея «русского патриарха» была усилиями Годунова и его советников-сподвижников близка к осуществлению уже в январе 1589 года. Добившись своего, Годунов именем царя пожелал, чтобы избрание патриарха было организовано без лишней суеты и спешки, свойственной многим, самым благопристойным образом.