Значительная высота хвостовой опоры шасси и связанный с этим большой просвет между грунтом и фюзеляжем предопределили выбор Ju-88 в качестве летающей лаборатории для испытаний реактивных двигателей. На одном снимке плохого качества – летающая лаборатория Ju-88 с двигателем JUMO-004, на другом снимке – под фюзеляжем Ju-88.4-5 подвешен ТРД BMW-003.

Вверху и справа: устройство «Dobbas» позволяло быстро переоборудовать Ju-88 в транспортный самолет. Рима Dobbas монтировалась на нижней поверхности фюзеляжа между внешними бомбодержателями ЕТС. К раме крепился сбрасываемый контейнер с полезным грузом (например с пушкой).

Радар FuG 350 Naxos, как и FuG 227 Flensburg служил для обнаружения английских радаров H2S. Naxos устанавливали на раме кабины под обтекателем или его выполняли в одном блоке с FuG 220.

Другим современным типом радаров, применявшихся на Ju 88G-6 был FuG 220 SN-2. Радар работал в двух диапазонах: 84- 82 МГц (I, II и III частоты) и 91-116 МГц (IV, V, VI и VII частоты). Радиус действия радара был свыше 10 км, однако он был эффективен и на коротких дистанциях. Использовали два типа антенн: «елочка» и «звезда» (Morgenstein). Антенну «звезда» закрывал обтекатель, если эта антенна была сблокирована с антенной FuG 350 Naxos. Обтекатель изготавливали из фанеры, а верхушка обтекателя из оргстекла.

Прототип истребителя Ju-88C был сделан на базе Ju-88V7, четыре стрелковые точки оборудованы по правому борту фюзеляжа в носовой части. V7 был переоборудован в скоростной пассажирский самолет, в фюзеляже сделали иллюминаторы, а остекление носовой части устранили, заменив более аэродинамически чистым металлическим обтекателем.

На самолеты этой модификации ставили моторы Jumo 213Е, оснащенные системой форсирования MW 50 (использовалась водно-метанольная смесь) и четырехлопастные деревянные винты. Размах крыльев увеличили до 21.935 мм за счет установки внутренних сегментов крыльев от Ju 188. Вооружение оставалось то же, что и у Ju 88G-6. Радиооборудование состояло из радара FuG 220 SN-2 с антенной Morgenstein или радара FuG 240 Berlin. Экипаж три или четыре человека. Самолет не выпускали серийно. был изготовлен прототип Ju 88V112 (W.Nr. 621045), прототип Ju 88V113 (W.Nr621044), оснащенный GMI и еще два прототипа V114 и V115. Два первых прототипа были уничтожены во время налета союзнической авиации. Самолеты Ju 88G-7 получили неофициальное название Mosquitojaeger («охотник на Mosquito»).

Это была версия самолета Ju 88G-6, оснащенная дополнительными топливными баками. Фюзеляж был удлинен на 2235 мм.

Весной 1945 года была построена небольшая серия этих самолетов, которые были использованы в качестве составной части конструкции «Mistel».

Весной 1942 года RLM выдал техническое задание на самолет-разведчик дальнего радиуса действия, предназначенного для полетов над Атлантикой. Юнкерс представил модификацию самолета Ju 88D. которую назвали Ju 88Н. У нового разведчика фюзеляж был удлинен на 2575 мм и увеличен размах крыльев. Подфюзеляжную гондолу убрали. Экипаж самолета насчитывал три человека. Силовая установка состояла из двух двигателей БМВ 801. Самолет оснастили тремя фотокамерами Robot Rb 70/30 и 50/30, а также радаром FuG 200 Hohentweil. Вооружение самолета состояло из двух пулеметов MG 8, расположенных под фюзеляжем в сдвинутой влево установке WT 81Z, одного MG 811. установленного в правом лобовом окне и одного MG 811 в задней установке.

Прототип Ju 88Н-1, которым был Ju 88V89 (RCi+RP. W.Nr. 430820) с двигателями BMW 801 ML, поднялся в небо 2 ноября 1943 года. В том же месяце был облетан и второй прототип Ju 88V90 (W.Nr. 430821).

Серийные самолеты Ju 88Н-1 имели дальность полета от 4680 до 5130 км. На самолеты устанавливали радар FuG 220 Lichtenstein SN-2 и двигатели BMW 801D.

Самолет Ju 88Н-2 был дальним истребителем (Zerstoerer). На самолеты этой модификации не ставили радаров и фотокамер. В цельнометаллической носовой части фюзеляжа устанавливали две пушки MG 151/ 20 и еще четыре MG 151/20 подвешивались в контейнере, под фюзеляжем.

На заводе в Мерсенбурге изготовили по десять самолетов Ju 88H-I и Ju 88Н-2.

В 1944 году появились очередные модели Ju 88Н. У Ju 88Н-3 и Ju 88Н-4 фюзеляж был удлинен на 3157 мм (встроен еще один сегмент). Образовавшийся внутренний объем был занят дополнительным топливным баком. На самолеты установили двигатели Jumo 213А-12 мощностью 1305 кВт/ 1776 л.с., оснащенные форсирующим устройством MW 50. Самолет Ju 88Н-3 был предназначен для разведки, а Ju 88Н-4 должен был стать истребителем.

На самолете Ju-88A-2 была предусмотрена возможность установки ракетных ускорителей Вальтер HWK-500 Rauckgerate. Ракетные ускорители, подвешенные под внешние секции крыла, облегчали взлет перегруженного самолета. Отработавшие ускорители сбрасывались на парашютах.

В носовой части фюзеляжа видны узлы крепления устройств для резки тросов аэростатов воздушного заграждения.

Бои на Восточном фронте выявили значительный численный перевес советских танковых войск над Панцерваффе. Среди многих мер, принятых для исправления ситуации, немцы создали несколько моделей самолетов-истребителей танков. Одним из таких самолетов стал Ju 87G, созданный на базе пикирующего бомбардировщика. Кроме того, появилась соответствующая модификация и Ju 8В. Были сформированы специальные эскадрильи истребителей танков (Panzerjaegerstaffeln). Первыми самолетами, направленными в эти эскадрильи стали серийные Ju 88А-4, вооруженные пушкой KwK 39 L/50 калибра 75 мм (это была немного модифицированная серийная пушка). Пушку устанавливали в подфюзеляжной гондоле и оснащали противооткатным устройством и дульным тормозом. Боезапас разместили в бомбоотсеке. «Глаз жука» остался без изменений, но кабина получила дополнительное бронирование.