Из Тулы Лжедмитрий выступил в Серпухов. Дворовыми воеводами при нем числились князь И. В. Голицын и М. Г. Салтыков; ближними людьми — боярин князь В. М. Мосальский и окольничий князь Г. Б. Долгорукий; главными боярами в полках — князь В. В. Голицын, его родня князь И. С. Куракин, Ф. И. Шереметев, князья Б. П. Татеви Б. М. Лыков. Навстречу Лжедмитрию в Серпухов выехали князь Ф. И. Мстиславский, князь Д. И. Шуйский, стольники, стряпчие, дворяне, дьяки и столичные купцы — гости.

Московские верхи сделали все, чтобы облегчить соглашение с путивльским «вором», которого они в течение семи месяцев безуспешно пытались уничтожить. Бояре велели извлечь на свет Божий огромные шатры, в которых Борис потчевал дворян в дни серпуховского похода накануне своей коронации. Шатры имели вид крепости с башнями и были весьма вместительными. Изнутри стены главного шатра были расшиты золотом. В Серпухов заблаговременно прибыли служители Сытенного и Кормового дворцов, многочисленные повара и прислуга с запасами. Бояре и московские чины дали пир Лжедмитрию. По словам очевидцев, на пиру присутствовали разом 500 человек.

Пиры и приемы были не более чем декорацией, скрывавшей от посторонних глаз переговоры между самозванцем и боярами. Переговоры завершились соглашением. По некоторым сведениям, была составлена запись, скрепленная подписями 12 «послов» Лжедмитрия (6 московитов и 6 поляков) и советом всех бояр. Степень достоверности польского источника, сообщающего подробности об этом соглашении, не слишком велика.

Прибытие в Тулу главного дьяка А. Власьева и других приказных людей привело к тому, что управление текущими государственными делами начало переходить в руки самозванца. Получив от А. Власьева полную информацию о последних дипломатических переговорах, Лжедмитрий распорядился задержать английских послов, готовившихся покинуть Россию. Агент Московской компании Джон Мерик был вызван самозванцем в Серпухов. «Царь» предложил возобновить союз, некогда заключенный его мнимым отцом с королевой Елизаветой. Грамота была подписана в Туле 8 июня 1605 г.

Находясь в Туле, Лжедмитрий известил страну о своем восшествии на престол. Рассчитывая на неосведомленность дальних городов, Отрепьев утверждал, будто его «узнали» как прирожденного государя патриарх Московский Иов, весь освященный собор, дума и прочие чины. 11 июня 1605 г. Лжедмитрий был еще в Туле, но на своей грамоте пометил: «Писана на Москве». Вместе с окружной грамотой самозванец разослал по городам текст присяги. Она представляла собой сокращенный вариант присяги, составленной при воцарении Бориса Годунова и Федора Борисовича. Самозванец повторил прием, к которому прибег Борис Годунов, а затем его сын. Добиваясь трона, Борис велел сразу после смерти Федора Ивановича принести присягу на имя вдовы царицы Ирины и на свое имя. Федор Борисович поставил на первое место имя вдовы-царицы Марии Годуновой, когда потребовал присяги от думы и народа.

Ни в Самборе, ни в Путивле самозванец не ссылался на возможное свидетельство «матери», заточенной в глухом северном монастыре. После переворота в Москве он решил использовать авторитет вдовы Грозного, чтобы навязать свою власть стране. Присяга на имя вдовы Грозного была еще одной попыткой самозванца мистифицировать страну. После смерти Федора Ивановича Борис Годунов пытался править страной от имени вдовы-царицы. Пострижение царицы Ирины положило конец ее карьере как правительницы. Равным образом не могла царствовать и старица Марфа Нагая — вдова царя Ивана.

Отрепьев знал о вражде старицы Марфы к Годуновым и не без основания рассчитывал на ее помощь. Готовясь к неизбежной встрече с мнимой «матерью», самозванец приблизил первого же ее родственника, попавшего к нему в руки. В Туле он пожаловал чин постельничего дворянину Семену Ивановичу Шапкину потому, «что он Нагим племя».

Дьяки самозванца исключили из текста присяги запреты добывать ведунов на государя, портить его «на следу всяким ведовским мечтанием», насылать лихо «ведовством по ветру» и пр. Подданные кратко обещали не «испортить» царя и не давать ему «зелье и коренье лихое». Вместо пункта о Симеоне Бекбулатовиче и «воре», назвавшемся Дмитрием Углицким, в тексте присяги появился пункт о «Федьке Годунове». Подданные обещали «не подыскивать царство под государями» «и с изменники их, с Федькою Борисовым сыном Годуновым и с его матерью и с их родством, и с советники не ссылаться письмом никакими мерами».

Членам низложенной царской семьи удалось спастись вдень восстания. Но вскоре их убежище было открыто, и тогда Боярская дума распорядилась заключить их под домашний арест. «Царицу же и царевича и царевну, — записал летописец, — поимаша и сведоша их на старой двор царя Бориса и даша их за приставы».

Московская знать, презиравшая худородного Бориса, пожелала посмертно лишить его царских почестей. Свежая могила Годунова в Архангельском соборе была раскопана, тело умершего вынесено из церкви. Очевидец событий Яков Маржарет засвидетельствовал, что все это сделано было «по просьбе вельмож». По словам «хранителя» царских гробов в Архангельском соборе, произошло это 5 июня 1605 г. Очевидец события епископ Архангельского собора Арсений отметил, что тело Бориса вынули из гроба «ради поругания». Автор «Нового летописца» говорит о том же: «…яко же и мертвенное тело поругано бысть». И лишь поздний «Морозовский летописец» сообщает подробности: «Царя Бориса извергоша из храма архистратига Михаила и повелеша извлеши на сонмище с великим поруганием: и камение на него метати, и ногами пхати тело его, поверженное и на земле лежащее».

Руководители думы надеялись заслужить милость самозванца. Фактически же их действия развязали руки Отрепьеву.

По словам Конрада Буссова, в Серпухове «царь Дмитрий» объявил, что он не приедет в Москву, «прежде чем не будут уничтожены те, кто его предал, все до единого, и раз уж большинство из них уничтожено, то пусть уберут с дороги также и молодого Федора Борисовича с матерью, только тогда он приедет и будет им милостивым государем».

Известие Буссова находит неожиданное подтверждение в английском сочинении 1605 г. Автор сочинения весьма неловко скомпоновал черновые записки, полученные им от членов английского посольства. Поэтому сведения о письме самозванца оказались некстати включенными в рассказ о прибытии в Москву Г. Пушкина. По словам англичан, в письме «царя Дмитрия» значилось, что он отправил к москвичам «лиц знатного происхождения, как-то: князя Федора Ивановича Мстиславского и князя Дмитрия Ивановича Шуйского — и поручил им лишить его врагов занимаемых ими мест и заключить в неволю Годуновых и иных, пока он не объявит дальнейшей своей воли, с тем чтобы истребить этих чудовищ кровопийц и изменников…».

Ф. И. Мстиславский и Д. И. Шуйский были как раз теми боярами, которые ездили в Серпухов. Английский автор попытался смягчить смысл приказа «Дмитрия», которого он всячески восхвалял. Однако рассказ Буссова доказывает, что в письме из Серпухова самозванец требовал казни низложенного царя и прочих Годуновых (требовать их «заключения в неволю» не имело смысла, потому что все они уже находились под стражей).

Взявшись выполнить поручение Лжедмитрия, руководители думы фактически санкционировали расправу над царской семьей.