Первыми эмиссарами самозванца в Москве были Гаврила Пушкин и атаман Корела. Но у Пушкина не было думного чина, а Корела не располагал достаточными силами, чтобы принудить к подчинению высший орган государства — думу.

Завершив переговоры с Ф. И. Мстиславским, Лжедмитрий отправил в столицу особую боярскую комиссию. Формально ее возглавлял князь В. В. Голицын, обладавший необходимым чином. Фактически же главными доверенными лицами самозванца в московской комиссии стали члены путивльской «воровской» думы В. М. Мосальский и дьяк Б. Сутупов. Вместе с комиссией в Москву был направлен П. Ф. Басманов.

В «Сказании о Гришке Отрепьеве» упоминается о том, что посланцы Отрепьева явились в Москву «со многими людьми служивыми и с казаками». «Летопись о многих мятежах и о разорении Московского государства» уточняет, что Лжедмитрий вскоре «с ратию посла Петра Басманова». В «Новом летописце» тот же текст читается иначе: «вор» отрядил в Москву «на злое свое умышление» Голицына и двух других лиц, «а с ратию посла Петра Басманова».

По «Новому летописцу», миссия Басманова заключалась в том, чтобы навести страх на столицу и искоренить там измену.

Голицын и Басманов привезли в Москву обращение Лжедмитрия к освященному собору, Боярской думе и «всему народу великой Москвы». Послание касаюсь судеб низложенной царской семьи и, по словам очевидцев, «было исполнено яда».

Прибыв в Москву, боярская комиссия тотчас выполнила приказ самозванца. Экзекуцией непосредственно руководили дворяне М. Молчанов и А. Шерефединов из бывших опричников. Они явились на старое подворье Бориса Годунова в сопровождении отряда стрельцов, захватили царицу и ее детей и развели «по храминам порознь». Царица Мария Годунова-Скуратова обмерла от страха и не оказала палачам никакого сопротивления. Федор Годунов отчаянно сопротивлялся — стрельцы долго не могли с ним справиться. После казни боярин В. В. Голицын велел созвать перед домом народ и, выйдя на крыльцо, объявил «миру», что «царица и царевич со страстей испиша зелья и помроша, царевна же едва оживе». Новые власти сделали все, чтобы утвердить официальную версию смерти царя Федора и его матери. Но столичное население не поверило им. Когда два простых гроба с убитыми были выставлены на общее обозрение, народ нескончаемой толпой двинулся на подворье Годуновых. Как записал шведский агент Петр Петрей, он видел собственными глазами вместе со многими тысячами людей следы от веревок, которыми были задушены царица Мария и царь Федор Годуновы.

Следуя версии о самоубийстве, бояре запретили традиционный погребальный обряд. Труп вдовы-царицы Марии Годуновой отвезли в женский Варсонофьев монастырь на Сретенке и там зарыли вне стен церкви, внутри монастырской ограды. В одну яму с ней были брошены тела Бориса и Федора Годуновых.

Распоряжавшийся в Кремле Б. Я. Бельский не принимал непосредственного участия в расправе над царицей Марией, которая приходилась ему двоюродной сестрой. Басманов тоже оставался в стороне. Но именно эти лица довершили разгром Годуновых, их родни и приверженцев в Москве.

Имущество Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых было отобрано в казну. Бояр Годуновых отправили в ссылку в Сибирь и в Нижнее Поволжье. Исключение было сделано лишь для недавнего правителя С. М. Годунова. Его отправили в Переяславль-Залесский с князем Ю. Приимковым-Ростовским. Пристав имел приказ умертвить его в тюрьме. По некоторым сведениям, С. М. Годунова уморили голодом. По свидетельству Разрядных книг, в тюрьме был умерщвлен и старший из Годуновых — Степан Васильевич, который ранее в чине дворецкого возглавлял Дворцовый приказ.

15–16 июня 1605 г. в Серпухове был получен приказ везти арестованных Сабуровых и Вельяминовых в Казанский и Астраханский край. Спустя четыре дня из Москвы повезли жен и детей опальных. Семьи должны были присоединиться к своим родным в местах ссылки.

Самозванец не мог занять трон, не добившись покорности от Боярской думы и церковного руководства. Между тем патриарх Иов не желал идти ни на какие соглашения со сторонниками Лжедмитрия. Неразборчивый в средствах, Отрепьев пытался вести двойную игру: провинцию он желал убедить в том, что Иов уже «узнал» в нем прирожденного государя, а в столице готовил почву для расправы с непокорным патриархом.

Одна из провинциальных летописей сохранила тексты двух грамот «вора» к церковникам. По словам автора летописи, одну из этих грамот, адресованную патриарху, привез в Москву князь В. В. Голицын. Содержание послания наводит на мысль, что оно не моглобыть написано в тульский период, к которому относится посылка В. В. Голицына в Москву. Во-первых, в грамоте нет и намека на происшедший в Москве переворот. О восшествии на трон самозванец упоминает как о неопределенном будущем. Во-вторых, Лжедмитрий именовал Иова «первым всеа Русии изменником», нелепым советником («совешателем»), искоренителем «царского корени» и пр. и вместе с ним, не выбирая слов, бранил весь московский освященный собор. Патриарх, писал он, желал «нас лишити проклятием своим и ложным собором нашего праотеческого царьского престола, еще на нас… богоненавистным своим собором вооружился еси проклятию вдати нас…».

Приведенное послание Отрепьева скорее всего явилось ответом на прежние грамоты Иова и постановления освященного собора, обличавшие «вора». Оно было составлено, вероятно, до московского восстания и привезено в столицу с запозданием.

Свое второе послание Лжедмитрий адресовал рязанскому архиепископу Игнатию. Едва П. Ляпунов и прочие мятежники вернулись в Рязань из лагеря под Кромами, Игнатий немедленно примкнул к победившей стороне. Он первым из иерархов признал «царя Дмитрия» и поспешил на поклон к нему в Тулу. В письме Лжедмитрий благодарил его за службу: «…твоими молитвами и благословеньем Рязань и Кошира и все иные города нашему величеству добил и челом…»

Патриарх Иов сохранял верность Годуновым до последнего момента и потому должен был разделить их участь. В прощальной грамоте 1607 г. Иов живо описал свои злоключения вдень переворота 1 июня. «…Множество народа царствующего града Москвы, — писал он, — внидоша во святую соборную и апостольскую церковь (Успенский собор. — Р.С.) с оружием и дреколием во время святого и божественного пения… и внидоша во святый олтарь и меня, Иова патриарха, из олтаря взяша и во церкви и по площади таская, позориша многими позоры…»

С красочными подробностями описывает расправу «История о первом патриархе». Когда Иова притащили на Лобное место, повествует автор «Истории», «мнози» в толпе «плакаху и рыдаху», тогда как другие ругали и били пленника; те, кто хотел убить Иова, стали одолевать тех, кто плакал, но тут на площадь прибежали «воры», побывавшие на патриаршем дворе; они кричали: «Богат, богат, богат Иов патриарх, идем и разграбим имения его!» Толпа бросилась грабить патриаршие палаты, и жизнь Иова была спасена.

Достоверность приведенного рассказа невелика, поскольку первая биография («Житие») Иова была составлена позднее (после 1652 г.), и в ней, как отметил С. Ф. Платонов, невозможно обнаружить непосредственных впечатлений очевидца и современника Смуты.

Можно предположить, что сторонники Лжедмитрия, захватив патриарха в Успенском соборе, в дальнейшем постарались изолировать его, для чего заключили под домашний арест, как и семью низложенного Федора Годунова. Получив весть о перевороте в Москве, Лжедмитрий решил окончательно избавиться от Иова, предварительно использовав авторитет его имени. 5 (15) июня 1605 г. иезуит А. Лавицкий, близкий к особе самозванца, писал в письме следующее: «Теперь новость: московский патриарх признает светлейшего Дмитрия наследственным государем и молит о прошении себе, но москвитяне так на него распалились, что упрямому старцу ничего, кроме смерти, не оставалось…»