В московском правительстве не было людей образованных, подготовленных к тому, дабы обустроить государство. Поэтому Филарет решил сосредоточить свои помыслы на образовании. У него было много задумок, но он успел положить только начало делу. Филарет понимал, что, если не дать людям знаний, они будут бессильно делать своё дело, будут непостоянны, нерешительны. Он пробовал поговорить с боярами, но они либо отмалчивались, либо отделывались пустяками. Невосприимчивость к трудностям и сложностям жизни была всеобщей.

В науке нуждалась и церковь — для чистоты своего учения. Вот почему на Руси так часто поднимала голос ересь. Просвещённые попы были редки. Многие из них плохо знали буквенное учение и не умели довести до прихожан смысл Священного Писания. Между священнослужителями и прихожанами нередко завязывалась брань. Ругательные слова были делом обычным. Не хватало церковных книг, а те, что были, нуждались в исправлении.

Филарет, посоветовавшись с высшими духовными чинами, решил завести в Чудовом монастыре греко-латинское училище, руководство которым было поручено Арсению Глухому, справщику Печатного двора, который при архимандрите Дионисии занимался исправлением книг и вместе с ним попал в беду. Не хватало учителей, но надо было спешить. Очевидное непросвещение даже лучших людей мешало внешним делам и было помехой в сближении с иностранцами, которые к тому времени начинали играть значительную роль во внутренних делах русского государства.

На человека, утомлённого постоянными недомоганиями, одновременно свалилось немало дел. Филарет не выдержал, и в самом разгаре деловых забот его вновь настигла болезнь. К счастью, она оказалась недолгой, но кризис был тяжёлым. Видно, за него кто-то постоянно молился, ибо Филарету беспрерывно досаждали свои же близкие люди.

Однажды к нему наведался родич. Филарет не любил его за необразованность, грубые шутки и пустые разговоры. Он и на этот раз донёс до Филарета сомнительную весть, которая, однако, ранила патриарха:

— Марфа-то уже праздновала твою кончину. Не по её вышло, вот она ныне злая и ходит.

Филарет прогнал родича, но на душе осталась неясная тревога. Он опасался таких тревожных минут, зная, что за ними обычно следовала беда.

Его снова начали мучить тревожные сны, и снились ему чаще всего слова. Однажды он отчётливо услышал библейское изречение: «У коварного и действия гибельные». Кто же сей коварник? Свой же, родич, что пришёл к нему с наветами? И он подумал с досадой на себя: «Почему меня, патриарха всея Руси, задели грубые слова невежды, и как я мог поверить, что Марфа прилюдно радовалась моей болезни?» Да, злоба в ней была, и она просыпалась всякий раз, когда Марфа не понимала его замыслов и дел. Может быть, потому он и поверил родичу, что всякий раз после огорчений, связанных с Марфой, на память ему приходили слова Писания: «Можно перенести всякую рану, только не рану сердечную, всякую злость, только не злость женскую». Последнее время Марфа как будто помягчела сердцем, да надолго ли? Может быть, он не всегда понимал Марфу и не умел убедить её в своей правоте?

Он гнал от себя эти мысли, ибо от них в душе его насевалась смута. Не в его привычках было сомневаться в себе.

Как ни была Марфа занята внуками, но дела, связанные с открытием училища в Чудовом монастыре, живо заинтересовали её. Она была лучшей советчицей Филарета в подборе учителей, помогала ему собирать по церквам и монастырям нужные книги, иногда сама привозила их в своей колымаге, и при этом с прибауткой: «Кто знает аз да буки, тому и книги в руки». Она была полна энергии, порой, как думалось Филарету, излишней. Марфа по-прежнему продолжала вмешиваться в дела духовные, которые к тому времени стали осложняться по причине иноземного влияния на внутренние дела Русского государства.

Произошли события, связанные с особыми правами иностранных купцов на беспошлинную торговлю, точнее, со злоупотреблением этими правами. Торговые люди из-за рубежа часто действовали украдкой, чтобы не платить пошлин. Царь Михаил дал строгий указ воеводам на местах, чтобы чужие люди не торговали по сёлам и деревням, где им легче, чем в городах, уклоняться от пошлин. Беда была не только в том, что царская казна недополучала денег от вороватых людей, — они чинили великое стеснение русской торговле.

Одно из таких событий случилось на Псковской земле. Немцам разрешили поставить в Пскове торговый двор.

Между тем псковитяне видели, что немцы привезли с собой ещё и самозванцев, у которых не было жалованной государевой грамоты на торговлю. Свои товары они доставили тайно. Когда псковитяне выявили это, немцы сказали, что то их родня, братья, племянники да служилые люди.

Псковитяне скоро почувствовали, сколь убыточным будет для них подобное нашествие. Немцы вели себя как хозяева на завоёванной земле. Они перехватили у псковитян торговлю их главным товаром — льном, не гнушались и прочими товарами. Никто из псковитян не смел без немецкого указа ни купить, ни продать. От этого были большие убытки не только торговым людям Пскова, но и монастырям, и всей духовной братии, и чиновному люду.

Горожане послали в Москву челобитную. Составили её обстоятельно, со смыслом. Перечислили все свои беды, пересчитали да прикинули, какие будут недоборы в казну. Бил челом сам архиепископ Иоасаф. Но псковское челобитье в Москве не приняли, а у самого Иоасафа отняли благословение и службу. В Пскове начался мятеж.

Случилась эта история во время болезни Филарета. Когда же он во всём разобрался, то без особого труда обнаружил нити, связывающие псковских доброхотов немцев с Марфой и людьми её духовного окружения. Для Филарета это было полной неожиданностью, хотя он хорошо знал склонность Марфы к интригам. Всё же ему казалось, что она последнее время присмирела.

Непонятно было, однако, почему Марфа держала руку немцев. Он послал за ней — не пришла. В другой раз послал — опять не пришла. Пошёл к Марфе сам в её монастырские покои игуменьи, но вокруг неё собралось столько братии, что и подступиться к ней было нельзя. Он сказал:

— Марфа, поговорить надобно. У тебя в келье али ко мне зайдёшь?

Она произнесла, даже не взглянув на него:

— Ныне к спеху беседы многие.

Когда они встретились во дворце, она отошла от него, не дав ему и слова вымолвить. Он спросил насмешливо:

— Опять дела?

Марфа ответила тоном старой хлопотуньи:

— Али велишь дитё без присмотра оставить?

Она не отходила от новорождённой внучки Анны.

Филарет ограничился тем, что послал в Псков свою грамоту, велел поместному собору решить дело с Иоасафом по правде. Поговорил и с сыном Михаилом, как отец и государь. Беседовал осторожно, без укора матери. Впрочем, и без слов было ясно, что вся эта смута в Пскове дело рук Марфы.

Однако с ней он так и не поговорил. Истории, подобные псковской, затевались и в других городах. Многие духовные лица терпели по службе наравне с чиновным людом. За одно лишь радение отеческой поместной торговле людей отстраняли от дел, а в монастырях накладывали епитимью.