Вилькабамба могла предложить больше материальных богатств, чем подробностей смерти ее великомученика. Вскоре в этом районе испанцы стали обнаруживать рудные месторождения — сбылось то самое опасение, которое подсказало Титу Куси убить старателя Ромеро. В 1586 году вдова Сайри-Тупака Мария Куси Уаркай, которой в то время было уже за пятьдесят, написала вице-королю, предлагая открыть ему местонахождение ртутных, золотых и серебряных руд в Вилькабамбе. В особенности она упоминала некое богатое золотое месторождение под названием Усанби, расположенное на реке в джунглях недалеко от города Вилькабамба. Она писала, что может вернуться в свою родную провинцию со своим двоюродным братом Хорхе де Меса, сыном знаменитого конкистадора, и одной из принцесс Инков, и шестью-семью родственниками. Возможно, вице-король и соблазнился этим предложением, но он понимал, что будет слишком рискованно разрешить пылкой Марии возвратиться в Вилькабамбу, и поэтому отказал ей. Она также упоминала о серебряных копях в Уамани и Уаманате, и они вскоре были обнаружены испанцами. Они располагались на водоразделе рек Виткос и Пампаконас вблизи карового озера Онкой, где экспедиция, направлявшаяся в Вилькабамбу, нашла стада крупного рогатого скота.

Открытие месторождений серебра вызвало вполне предсказуемую вспышку ажиотажа. Вице-король докладывал, что новые рудники оказались даже богаче рудников Потоси. Новая горняцкая деревушка вскоре переросла любую другую общину в Вилькабамбе. Бальтасар де Окампо от имени горожан отправился за разрешением переместить испанский город под названием Вилькабамба поближе к рудникам. Город Сан-Франсиско-де-ла-Витория-де-Вилькабамба был официально перенесен на открытые всем ветрам горы между Пукьюрой и Пампаконасом. В нем появилась большая церковь ордена Милосердия.

В течение некоторого времени в конце XVI века серебряные рудники процветали. Испанцы выделили для них 480 митайос из Андауайласа, Чумбивилькаса и Абанкая (эти районы были удобно расположены между территориями, которые относились к Потоси и Уанкавелике), чтобы разрабатывать серебряные месторождения Вилькабамбы. Но залежи не оправдали ожиданий. Альфонсо Мессия и другие доказывали, что «результат разработки рудников Вилькабамбы был очень невелик», и позднее вице-король перевел некоторое количество митайос на работу в другое место. Антонио Васкес де Эспиноса и Мартин де Муруа сообщали, что рудники еще действовали в начале XVII века, но их дни были сочтены. Когда месторождения Вилькабамбы истощились, она сразу же потеряла свою привлекательность. В описании Перу начала XVII века говорилось, что Вилькабамба — это место, «где есть небогатые месторождения серебра, в которых ежегодно добывают 500 мер серебра». Почти единственными испанцами, все еще заинтересованными в этом краю, были странствующие испанские торговцы, которые эксплуатировали и обманывали населяющих его индейцев.

Точно так же на какое-то время в Вилькабамбе расцвели и другие отрасли: производство сахара и коки. Один испанец по имени Торибио де Бустаманте делал на производстве сахара 10 тысяч песо в год и имел возможность преподнести в дар церквам города Куско церковную утварь из древесины вилькабамбского кедра. Сюда были завезены африканские рабы для работы в горячих цехах сахарных заводов, расположенных в долинах вблизи моста Чукичака. Но негры восстали, и сахарные плантации, как и рудники, вскоре стали слишком нерентабельными, чтобы продолжать на них работу. Члены ордена Милосердия бросили свою огромную церковь в шахтерском городке Вилькабамба, оставив даже «церковную утварь, потиры, колокола и святые образа», потому что их религиозное братство слишком резко сократилось, когда оттуда, в конце концов, убрали всех митайос. К тому времени, когда Бальтасар де Окампо приступил к своим записям, сорок лет спустя после вторжения Уртадо де Арбьето, в Вилькабамбе уже подошел к концу период ее эксплуатации испанцами и начался быстрый упадок. К XVIII веку от городов Сан-Франсиско-де-ла-Витория и Сан-Хуан-де-Лукма остались только две крошечные деревушки. В 1768 году Косме Буэно писал, что в Вилькабамбе «осталась только память об уединении здесь последнего Инки и о городе Сан-Франсиско-де-ла-Витория, который в былые времена был крупным населенным пунктом с богатыми рудниками, дававшими большую прибыль. Все еще можно увидеть останки дворца Инки [в Виткосе], где индейцы жестоко убили преподобного отца Диего Ортиса».

Этот же самый Косме Буэно сообщил о том, что появились первые признаки нового интереса к Вилькабамбе: начались поиски потерянного убежища последних Инков, живших в ней. «Несколько лет назад кое-какие люди, заинтересовавшись преданием о древнем городе Чоккекирау, переправились через реку Апуримак на плотах и углубились в горы, покрытые джунглями. Они обнаружили заброшенный населенный пункт, построенный из карьерного камня и поросший лесом. Там было очень жарко. В постройках признали великолепные дворцы и дома». Чоккекирау находится в Вилькабамбе ближе к Апуримаку на седловине горной вершины, поднимающейся на 5 тысяч футов над глубоким речным каньоном. Это огромное орлиное гнездо владело воображением историков-романтиков в течение полутора веков. Его упоминал историк Пабло Хосе Орикаин в 1790 году, и в первые дни Перуанской Республики здесь искал сокровища некий сеньор Техада, состоятельный землевладелец, имевший в своей собственности эти крутые горные склоны.

Притягательность затерянного города привела в 1834 году в Чоккекирау первого серьезного посетителя, француза графа де Сартижа. Сартиж выбрал чрезвычайно трудный путь для достижения своей цели: он сошел с дороги в Куско, переправившись через Апуримак в Вилькабамбу, и взобрался на высокогорный перевал между ледниками Сорей и Салькантай. Отсюда он спустился к поместью Уадкинья на Урубамбе, расположенному в нескольких милях вниз по течению реки от Мачу-Пикчу. Он прошел близко от этих колоссальных руин, не подозревая об их существовании. Вперед были посланы 15 индейцев, чтобы начать прорубать в джунглях путь от Уадкиньи к Чоккекирау. Но помимо этого Сартижу и его людям пришлось идти пешком и прорубать себе дорогу через высокие травы и бамбуковые заросли. Однажды, измученные жестокой жаждой, они полчаса бежали к первому ледяному потоку, который встретился им на пути. Мухи и москиты были так немилосердны, что им приходилось спать в середине кольца из дымящих костров, укрывшись с головы до ног толстыми одеялами. На берегу Апуримака исследователям пришлось преодолевать тяжелый спуск по крутым горным склонам, поросшим джунглями, ниже ледника горы Янама. Наконец, на пятый день после выхода из местечка Уадкинья, группа спустилась к Чоккекирау и провела неделю, расчищая подлесок на этом месте. Сартиж испытал разочарование, найдя там не так уж много предметов, принадлежащих инкам, но его привела в восхищение заградительная полоса из трапециевидных арок, скрывающая скалистый край горного отрога, которая выглядела почти так, как будто она была сделана в Египте. Он вспомнил, что одна группа посланцев к Сайри-Тупаку переправилась через Апуримак и встретилась с Инкой в городке на правом берегу реки. Он сделал заключение, что резиденция последних Инков была скорее в Чоккекирау, чем в каком-либо другом месте, названном Вилькабамбой.

Следующим посетителем Чоккекирау был еще один француз месье Ангран, который пробрался сквозь леса к этим далеким руинам в 1847 году. Ангран следовал по тому же трудному маршруту, что и Сартиж, приближаясь к Чоккекирау сзади, вниз по поросшим густыми джунглями склонам горы Янама. Теперь, когда историей завоевания стали все больше интересоваться в Европе, привлекательность «затерянного города» стала возрастать. Анграна привело в Чоккекирау предание о «несметных сокровищах, сокрытых в руинах, когда уцелевшие представители народа Солнца удалились в это дикое место, ставшее им приютом». Ангран измерил постройки в этих руинах и заметил ряд любопытных каменных колец, вделанных во внутреннюю стену одного длинного дома на центральной площади. Эти кольца и по сей день все еще находятся там и выглядят как место швартовки кораблей у какой-то старой каменной пристани. Очевидно, их использовали для того, чтобы привязывать что-либо, и Ангран небезосновательно заключил, что единственными животными, нуждавшимися в таких прочных кольцах, были пумы. Французский исследователь повторил местную легенду о том, что Чоккекирау был последним убежищем Тупака Амару.