Находившийся в те дни в Кремле поляк А. Лавицкий писал, что Шуйских судили на большом (многочисленном) соборе, состоявшем из сенаторов, духовенства и других сословий. Капитан Маржарет, перешедший на службу к Лжедмитрию, утверждал, что Шуйские подверглись суду «в присутствии лиц, избранных от всех сословий». Следуя рассказам поляков из окружения самозванца, Г. Паэрле записал, что в суде участвовали как «сенат» («дума»), так и народ.

Свидетельства иностранцев полностью совпадают с данными русских источников. Как подчеркнул автор «Нового летописца», Лжедмитрий «повеле собрати собор» с приглашением духовных «властей», бояр и лиц «ис простых людей».

Самозванец пришел к власти на волне народных восстаний. Поэтому нет ничего удивительного в том, что в первые дни своего пребывания в Москве он продолжал видеть в восставшем народе союзника. Представители столичного населения были приглашены на соборный суд, чтобы нейтрализовать возможные выступления приверженцев Шуйских. В высшем государственном органе — Боярской думе — Шуйские имели много сторонников, и самозванец опасался их происков.

С обвинениями против Шуйских на соборе выступил сам Лжедмитрий. По «Новому летописцу», он объявил членам собора: «…умышляют сии на меня». С. Немоевский записал со слов секретаря Лжедмитрия обширную обвинительную речь «государя». Род князей Шуйских, утверждал самозванец, всегда был изменническим по отношению к московской династии: блаженной памяти отец Иван семь раз приказывал казнить своих изменников Шуйских, а брат Федор за то же казнил дядю Василия Шуйского. Фактически Лжедмитрий отказался от версии о наличии разветвленного заговора. Трое братьев Шуйских, заключил он, намеревались осуществить переворот своими силами: «…подстерегали, как бы нас, заставши врасплох, в покое убить, на что имеются несомненные доводы».

«Царь» утверждал, что имеет несомненные доказательства заговора Шуйских, а потому на соборном суде не было никакого разбирательства с допросом свидетелей и другими формальностями. Авраамий Палицын отметил, что Василия Шуйского осудили тотчас после публичной казни Петра Тургенева и Федора Калачника.

Под впечатлением убийств и казней даже близкие к Шуйским члены «думы» и освященного собора не посмели выступить в их защиту. Инициатива полностью перешла в руки «угодников» Лжедмитрия — патриарха Игнатия, бояр Б. Я. Бельского, П. Ф. Басманова, М. Г. Салтыкова, новоиспеченных думных людей из путивльской «думы». Как с горечью отметил автор «Нового летописца», «на том же соборе ни власти, ни из бояр, ни из простых людей нихто же им (Шуйским. — Р.С.) пособствующе, все на них кричаху».

Опытному царедворцу Василию Шуйскому удалось пережить грозу в правление Бориса Годунова, которая едва не стоила ему головы. Он знал, чем можно заслужить снисхождение, и повинился во всех преступлениях, которые ему приписывали. «Виноват я тебе… царь государь: все это (о Расстриге и пр. — Р.С.) я говорил, но смилуйся надо мной, прости глупость мою!» — будто бы сказал Шуйский. В заключение князь Василий смиренно просил патриарха и бояр сжалиться над ним, страдником, и просить за него «рыцаря». По словам поляков, Василий признался во всем в самом начале розыска, «боясь быть на пытке».

Собор осудил Василия Шуйского на смерть, а его братьев на заключение в тюрьму и ссылку. Лжедмитрий спешил с казнью и назначил экзекуцию на следующий день. Все было готово для казни. По существу, самозванец ввел в столице осадное положение: «…по всему городу уготовлены быша все стрельцы, вооружены во всем оружии, яко на битву» (по словам Массы, стрельцов было 8 тыс.).

На Пожаре распоряжался новый глава Стрелецкого приказа — боярин П. Ф. Басманов. Несколько тысяч стрельцов оцепили всю площадь полукругом. Преданные самозванцу казачьи отряды и поляки с копьями и саблями заняли Кремль и все ключевые пункты города. Были приняты все меры безопасности против возможных волнений. Выехав на середину площади, Басманов прочел приговор думы и собора о преступлениях Шуйского. Вслед за тем палач сорвал с осужденного одежду и подвел его к плахе, в которую был воткнут топор. Сообщение Массы, будто Василий Шуйский продолжал обличать еретика Гришку, будучи на эшафоте, а московский народ рыдал, слушая его речь, относится к числу вымыслов. На площади осужденный вел себя совершенно так же, как и на суде. Стоя подле плахи, он с плачем молил о пощаде. «…От глупости выступил против пресветлейшего великого князя, истинного наследника и прирожденного государя своего», просите «за меня — помилует меня от казни, которую заслужил…» — взывал князь Василий к народу.

Во время казни Петра Тургенева и Федора Калачника москвичи «ругахуся» на них. Из толпы кричали, что суд им «поделом» был. Шуйские пользовались популярностью в народе, и их осуждение вызвало среди москвичей разные толки. По свидетельству поляков, даже сторонники Шуйских боялись обнаружить свои чувства, чтобы не попасть под подозрение. По словам же Массы, народ выражал явное недовольство. С казнью медлили. Отмена казни не входила в расчеты П. Ф. Басманова, и он проявлял видимое нетерпение. Дело кончилось тем, что из Кремля на площадь прискакал один из телохранителей «царя», остановивший казнь, а следом за ним появился дьяк, огласивший указ о помиловании.

В Москве много говорили о том, что прошения Шуйскому добились вдова Грозного старица Марфа Нагая, поляки братья Бучинские, Слонский и др.

Отрепьев впервые увидел в глаза свою мнимую мать 18 июля 1605 г., когда ее привезли в Москву. Очевидно, Нагая просила за Василия Шуйского не при первом, а при втором его помиловании, когда Лжедмитрий вернул Шуйских из ссылки.

Секретарь самозванца Бучинский был решительным противником Шуйских и в отличие от Нагой категорически возражал против освобождения их из ссылки. В собственноручном письме Лжедмитрию Бучинский напомнил: «Коли яз бил челом вашей царской милости о Шуйских, чтоб их не выпущал и не высвобождал, потому как их выпустить, и от них будет страх… и вы мне то отказали, что наперед всего Богу ты обещал того ся беречи, чтоб ни одной хрестьянской крови не пролилося».

Авторы записок и сказаний воспроизвели обнародованную Лжедмитрием версию помилования Шуйского, соответствовавшую определенному политическому расчету. Самозванец желал подтвердить свое родство с вдовой Грозного еще до ее приезда. Он также стремился закрепить за польскими советниками репутацию боярских заступников.

Сподвижник Лжедмитрия С. Борша точнее других объяснил причины помилования Василия Шуйского. «Царь даровал ему жизнь, — писал он, — по ходатайству некоторых сенаторов». Бояре не посмели открыто перечить «царю» на соборе. Но после собора они сделали все, чтобы не допустить казни князя Василия. Ни один из предшественников Лжедмитрия на троне не решал дела без участия Боярской думы. Самозванец, заняв престол, должен был следовать традиции. Отмена казни Шуйского явилась первым успехом думы.

Имущество Шуйских, их вотчины и дворы подверглись конфискации. Князь Василий и его братья Дмитрий и Иван были заключены в тюрьму в галицких пригородах. Круг советников, настаивавших на жестких мерах в отношении бояр-«заговорщиков», потерпел поражение. Поборник опричных методов Богдан Бельский должен был отступить в тень. Лжедмитрий вознаградил усердие Бельского, произведя его в бояре, но вскоре отослал из Москвы в Новгород.